二十年多年前，湖泊富营养化现象相当普遍，富营养化湖泊占到近八成，给生态环境和社会经济造成损害，富营养化成为困扰水环境治理业界的突出问题。何文辉经过十余年的潜心研究驯化改良了大型溞，将其体型增大到4~6mm，增强了抗蓝藻毒素能力和野外稳定性，并实现产业化培养。改良的大型溞在消灭蓝藻方面表现出强大的能力，何文辉形象地称它为“食藻虫”。2002年在滇池富营养化治理（试点）中暂露头角，成为水生态修复领域的明星虫。其时，已开发了各种水生植物治理富营养化水体的技术，但在应用上存在季节性限制、治理效果不稳定等问题。何文辉经过八年技术攻关，优选和改良出一种四季常绿型矮化苦草，这种苦草不开花、不结籽，耐盐、耐磷、耐低温，根茎发达，光合作用强，解决了富营养水环境治理中的诸多问题。知今，已形成以“富营养水生态修复方法”国际发明专利为核心，八大水生态要素构建方法为骨架，涵盖数十项修复技术专利的体系。
科技进步成果只有转化为生产力才能解决实际问题，才能给人民以实惠。何文辉在2010年成立了太和水环境科技有限公司，在水环境生态治理实践领域推广应用这套被誉为“中国原创、世界首创”的食藻虫引导水下生态修复技术。秉持“唯德动天，道法自然”的理念，凭着独树一帜的虫草组合优势，何文辉在上海、江西、广西等地建设基地开展食藻虫和苦草大规模培育，在全国各地承接生态修复工程项目，为河湖富营养化水体提供生态系统构建维护一体化解决方案和技术服务。经过十年的发展，公司成为水环境生态治理行业的领军企业，水生态修复工程项目覆盖全国百余个城市，其中不乏太湖、巢湖、滇池、国家湿地公园、世博会、进博会、大学生运动会等重点水域工程。
中国特色社会主义进入新时代，满足人民日益增长的优美生态环境需求要求我们加快生态文明建设，“两山”理念已经成为社会共识。何文辉以“世界处处清水流”为奋斗目标，锐意进取，睿成人生，在生态修复领域取得的成功，为践行两山理论、建设生态文明树立了典型范例。然而，生无所息，进无止境。作为上海市优秀中国特色社会主义事业建设者，何文辉的家国情怀不仅凝聚在美丽中国的天地间，也融入到了乡村振兴的不懈奋斗中。
何文辉不仅在水生态治理领域取得了成功，而且在现代农业领域取得了优异的成绩。何文辉技术团队开发“设施农业、仿山地种植、种养结合、南果北移、微生物有机肥、食疗同源”六大生态、有机、系统、高效的环境友好型现代农业技术，大大提高了农业综合效益和竞争力。2017年，何文辉在革命老区江西抚州创建了态何源田园综合体，之后在上海、江苏等地推广田园综合体。这些田园综合体以绿色经济为导向，集循环农业、创意农业、农事体验于一体，带动地区资源、功能、要素整合，实现农业、加工业、服务业深度融合，农业、文旅、生态关联共生，促进农村产业升级和现代化发展，带动农民再就业，在科技兴农、乡村振兴方面起到了引领示范作用。
科技推广不忘教师使命，产教融合反哺人才培养。金山基地刚刚建立时就成为学校的产学研基地，每年承担大批学生的教学实习任务。何文辉发挥实践经验丰富的优势，手把手地指导学生研究食藻虫和水草习性，教导生物培养技能。他的很多研究生都有基地学习劳动经历，成长为生态修复领域的行家里手。在他的带领下，公司的高级技术人员都加入到人才培养工作中，受聘为上海海洋大学的行业导师。现在，何文辉任生态工程系主任，积极发挥行业优势，整合社会资源，大力推进校企合作、产教融合，规划建设一批高质量的三全育人实践基地，打造乡村振兴社会服务特色品牌，努力为国家生态文明和美丽中国建设培养社会主义有用人才。
