姓名： 张东升 导师类别： 硕导

所在专业： 生物学 研究方向： 生物信息学，鸟类生态学
学院/单位： 水产与生命学院
专业所属学院： 水产与生命学院
专业技术职务： 副教授 行政职务：
性别： 男 E-Mail： dszhang@shou.edu.cn
最高学位： 博士
通讯地址：
备注：
简历

张东升，男1975年12月生。博士，水产与生命学院生物系副教授。1998年7月获得上海师范大学生物学学士学位，2001年7月获得中科院上海昆虫所动物学硕士学位，2008年从美国美国伊利诺伊大学获得细胞和发育生物学学博士学位,2008-20012年在美国伊利诺伊大学攻读生物信息学硕士学位。
教学工作情况
讲授《生物信息学》，《生物信息学上机实践》，《鸟类生态和鉴赏》
主要研究方向
1，通过比较生物学和分子进化生物学等生物信息学手段，从基因组，转录组和分子水平研究鱼类的适应性进化，尤其是鱼类对温度和水中氧气含量等环境因素的适应。目前主要通过序列分析，进化分析和基因表达分析等手段研究能量代谢相关基因和鱼类低氧适应之间的关系。
2，结合湿地生态调查和鸟类生态调查，研究临港新城地区鸟类种群，了解环境对于鸟类的影响。该项目结合公民科学研究和学校传统研究方法，推动鸟类生态的科研和保育工作。
主要技能：
生物信息学：
编程技能：Python, R和MySQL
生物学数据库：NCBI, ENSEMBL, Uniprot, KEGG, GO等
生物信息学分析：序列比对，进化树构建，适应性进化分析，蛋白质二级和三级结构预测，二代测序数据分析（序列拼接，注释，表达分析，enrichment分析）
分子生物学：熟悉和了解QPCR，免疫荧光分析，western blot, Northern blot, 遗传学筛选和分析，共聚焦显微镜
主持和参与的科教项目
抗冻蛋白基因LD4提高鱼类抗寒性能的分子机制研究，（国家自然基金委面上项目，2016年1月— 2019年12月（参与）
寒冷环境下转座子大规模扩张的表观一次调控机制研究（国家自然科学基金委员会项目，2014年1月—2017年12月，参与）
南极持续寒冷环境下鱼类蛋白质组的适应性进化研究（国家自然科学基金委员会项目，2010年1月— 2013年12月，参与）
青藏高原裂腹鱼类遗传种质资源开发及应用研究（国家自然科学基金委员会项目，2012年1月-2016年12月，参与）
通过转录组和基因组的进化分析研究南极地区鱼类低温环境适应的分子机制 （上海海洋大学博士科研启动基金，2016年1月-2017年12月，主持）
“高校-社区-鸟友”鸟类生态保护三方联动复合体系的构建 （世界自然基金会和深圳市一个地球自然基金会“一个长江”野生动植物保护小额基金，2020.3-2021.1，主持）

教育经历

2008/8–2012/5， 伊利诺伊大学， 农学系， 其他， 导师： Gustavo Caetano-Anollés
2002/9–2008/8， 伊利诺伊大学， 细胞和发育生物学系， 博士， 导师：Huey Hing
1998/9–2001/7， 中科院植物生理生态研究所， 动物学， 硕士， 导师：沈建华
1994/9–1998/7， 上海师范大学， 生物系，学士

工作经历


研究成果


获奖情况


专利著作


论文发表

Lu Yao, Xing Hu Zhang D, Evidence for relaxed selection of mitogenome in rapid?flow cyprinids 2019 Genes Genomics.Jul;41(7):863-869. doi: 10.1007/s13258-019-00817-7. Epub 2019 Apr 23.
Dongsheng Zhang, Peng Hu, Taigang Liu, Jian Wang, Shouwen Jiang, Qianghua Xu and Liangbiao Chen. GC bias lead to increased small amino acids and random coils of proteins in coldwater fishes. BMC Genomics, 2018, 19(1):315
Dongsheng Zhang#, Mengchao Yu#, Peng Hu#, Sihua Peng, Yimeng Liu, Weiwen Li, Congcong Wang, Shunping He, Wanying Zhai, Qianghua Xu*, Liangbiao Chen*. Genetic adaptation of the Schizothoracine fishes to the phased uplifting of Qinghai-Tibetan plateau, G3: Genes, Genomes, Genetics, 2017, 7(4):1267-1276
Mengchao Yu#, Dongsheng Zhang#, Peng Hu, Sihua Peng, Weiwen Li, Shunping He, Wanying Zhai, Qianghua Xu*, Liangbiao Chen*. Divergent adaptation to Qinghai-Tibetan Plateau implicated from transciptome study of Gymnocypris dobula and Schizothorax nukiangensis, Biochemical Systematics and Ecology, 2017, 71: 97-105
Qianghua Xu*, Chi Zhang, Dongsheng Zhang, Huapeng Jiang, Sihua Peng, Yang Liu, Kai Zhao, Congcong Wang, Liangbiao Chen*. Analysis of the erythropoietin of a Tibetan Plateau schizothoracine fish (Gymnocypris dobula) reveals enhanced cytoprotection function in hypoxic environments. BMC Evolutionary Biology, 2016, 16(1): 11
Yimeng Liu, Liangbiao Chen, Dongsheng Zhang*. Complete mitochondrial genome of the Antarctic crocodile icefish, Chionodraco hamatus (Perciformes: Channichthyidae). Mitochondrial DNA Part B: Resources, 2016, 2359 (1): 146-147
Yimeng Liu, Min Yang, Tao Zhou, Hu Xing, Liangbiao Chen, Dongsheng Zhang*. Complete mitochondrial genome of the Antarctic cod icefish, Pagothenia borchgrevink (Perciformes: Nototheniidae). Mitochondrial DNA Part B: Resources, 2016, 1(1): 432-433
Qianghua Xu*, Chang Cai, Xingxing Hu, Yun Liu, Yanan Guo, Peng Hu, Zuozhou Chen, Sihua Peng, Dongsheng Zhang, Shouwen Jiang, Zhichao Wu, Jiulin Chan, Liangbiao Chen*. Evolutionary suppression of erythropoiesis via the modulation of TGF-β signalling in an Antarctic icefish. Molecular Ecology, 2015, 24(18): 4664-4678
Dongsheng Zhang, Weiguang Zhou, Chong Yin, Weitao Chen, Rie Ozawa, Lay-Hong Ang, Lavanya Anandan, Toshiro Aigaki, Huey Hing*. Misexpression screen for genes altering the olfactory map in Drosophila. Genesis, 2006, 44(4): 189-201
Guofang Lin, Qingwen Ma, Dongsheng Zhang, Yonglin Zha, Kejian Lou, Jianhua Shen*. Polymorphism of alpha-estrogen receptor and aryl hydrocarbon receptor genes in dementia patients in Shanghai suburb. Acta Pharmacol Sin, 2003, 24(7): 651-656
Dongsheng Zhang, Guofang Lin, Qingwen Ma, Jianhua Shen*. Nonassociation of aryl hydrocarbon receptor genotypes with susceptibility to bladder cancer in Shanghai population. Acta Pharmacol Sin, 2002, 23(2): 188-192