姓名： 李炯棠 导师类别： 硕导

所在专业： 水产养殖 研究方向： 生物信息学，基因组学
学院/单位： 水科院院部
专业所属学院： 水产与生命学院
专业技术职务： 研究员 行政职务： 副主任（主持工作）
性别： 男 E-Mail： lijt@cafs.ac.cn
最高学位： 博士
通讯地址： 北京丰台区青塔西路150号
备注：
简历

中国水产科学研究院生物技术研究中心主任，农业部水生动物基因组学重点实验室副主任。主要从事水产基
教育经历

2005年毕业于南华大学，获学士学位
2010年毕业于北京大学生命科学学院，获博士学位，研究领域：生物信息学，基因组学

工作经历

2020年-迄今 中国水产科学研究院生物技术研究中心，主任
2019年-迄今 中国水产科学研究院生物技术研究中心，研究员
2017年-2019中国水产科学研究院生物技术研究中心，副主任（主持工作）
2013年-2018中国水产科学研究院生物技术研究中心，副研究员
2010年-2012年中国水产科学研究院生物技术研究中心，助理研究员

研究成果

首先共同完成鲤基因组图谱。这是世界上首个异源四倍体硬骨鱼类基因组图谱，也是在脊椎动物中完成测序的染色体数目最多的基因组图谱，该成果发表在Nature Genetics上。另外联合绘制其他大宗养殖水产动物的全基因组图谱。雅罗鱼适应盐碱生境分子机制的研究成果发表在Molecular Biology and Evolution上。在生物信息技术开发方面，开发三项基因组装配软件，加快基因组资源挖掘。L_RNA_scaffolder国际上首次利用单端转录组数据组装全基因组；PEP_scaffolder利用蛋白组装全基因组，比现有算法快282倍；P_RNA_scaffolder利用双端转录组测序数据组装全基因组，在同类算法中准确性最高，速度最快。三项组装软件已被56个国家和包括英国帝国理工学院、新加坡淡马锡生命研究院和华大基因等机构应用于多个物种的全基因组计划。发表SCI论文收录42篇，其中以第一作者或通讯作者在Nature Genetics, Cell Research, Molecular Biology and Evolution, Nucleic Acids Research, Bioinformatics，Scientific Reports等SCI杂志发表论文22篇。合著3部学术专著，其中1部中文专著和2部英文专著；以第一完成人授权3项发明专利，以第一完成人登记6项软件著作权。

获奖情况

（1）中国水产科学研究院十大科技亮点，2018
（1）农业农村部****农业科学家，2017
（2）农业农村部神农中华农业科技奖二等奖，2017
（3）基于基因产物的全基因组拼接系统开发与应用，中国水产科学研究院科技进步二等奖，2016
（4）中国水产科学研究院“中青年拔尖人才”暨“天邦人才和谐成长奖励基金奖”，2015
（5）鲤鱼基因组和遗传多态性研究，中国水产科学研究院大渔创新奖，2014
（6）基于细菌人工染色体的鲤鱼基因组学研究，中国水产科学研究院科技进步二等奖，2014
（7）中国水产科学研究院“百名科技英才培养计划”人选，2013

专利著作

软件著作权：
1，基于转录组的基因组装配软件（RNA-scaffolder），软件著作权登记号：2012SR023314
2，利用蛋白质序列进行基因组序列的软件(Protein_scaffolder)，软件著作权登记号2014SR091212
3，利用双端转录组测序拼接和组装基因组的软件V1.0，软件著作权登记号2016SR158658
4，水产物种公共DNA条形码数据库软件v1.0，软件著作权登记号2017SR063820
5，利用基因产物的全基因组拼接软件v1.0，软件著作权登记号2017SR064636
6，一种利用长DNA片段填补基因组Gap的软件，软件著作权登记号2017SR663203
专利：
（1）利用长转录组测序结果装配基因组的方法及装置，授权专利号：ZL 2012 1 **.1
（2）鱼类线粒体全基因组DNA扩增，授权专利号：ZL 2015 1 **.2
（3）基于转录组双端测序数据组装基因组序列的方法和装置，授权专利号：9.3
著作：
(1)《水产生物基因组技术和研究进展》，2011年，海洋出版社
(2) Dealing with Complex Polyploidy Genomes: Considerations for Assembly and Annotation of the Common Carp Genome, 2017, Wiley Blackwell
(3) Genomics in the common carp, 2016, Elsevier

论文发表

代表作（第一作者或者通讯作者）：
1. Genome sequence and genetic diversity of the common carp, Cyprinus carpio. Nature Genetics,2014,46(11), 1212-1219.(IF=29.648)
2. Genomic Basis of Adaptive Evolution: The Survival of Amur Ide (Leuciscus waleckii) in an Extremely Alkaline Environment. Molecular Biology and Evolution, 2017.1, 34(1): 145~159(IF=10.2)
3. P_RNA_scaffolder: a fast and accurate genome scaffolder using paired-end RNA-sequencing reads. BMC Genomics, 2018.3.2, 19(1): 175. ( IF=3.7)
4. PEP_scaffolder: using (homologous) proteins to scaffold genomes.Bioinformatics, 2016.6.22, 32(20): 3193~3195 ; (IF=5.5)
5. Gene map of large yellow croaker (Larimichthys crocea) provides insights into teleost genome evolution and conserved regions associated with growth.Scientific Reports.2015, 5:18661(IF=4.1)
6. The fate of recent duplicated genes following a fourth-round whole genome duplication in a tetraploid fish, common carp (Cyprinus carpio). Scientific Reports, 2015.2.3, 5(8199) (IF=4.1)
7. The genetic map of goldfish (Carassius auratus) provided insights to the divergent genome evolutions in the Cyprinidae family.Scientific Reports, 2016.10.6, 6: 34849(IF=4.1)
8. Gene Expression Variations of Red—White Skin Coloration in Common Carp (Cyprinus carpio).International Journal of Molecular Science.2015, 16(9):21310-29 (IF=3.7)
9. The Transcriptomes of the Crucian Carp Complex (Carassius auratus) Provide Insights into the Distinction between Unisexual Triploids and Sexual Diploids. International Journal of Molecular Sciences, 2014.5.27, 15(6): 9386~9406. (IF=3.7)
10.L_RNA_scaffolder: scaffolding genomes with transcripts. BMC Genomics, 2013.9.8, 14(604) . (IF=3.7)
11. Bidirectional regulation between WDR83 and its natural antisense transcript DHPS in gastric cancer. Cell Research, 2012.4.10, 22(9): 1374-1389. （IF=15.4）
12.Identification of common carp (Cyprinus carpio) microRNAs and microRNA-related SNPs. BMC Genomics, 2012.8.21, 13: 413 ; （IF=3.7）
13. Transcriptome analysis reveals the time of the fourth round of genome duplication in common carp (Cyprinus carpio). BMC Genomics, 2012.3.19, 13: 96 （IF=3.7）
14. Candidate Mycobacterium tuberculosis genes targeted by human microRNAs.Protein Cell, 2010, 1(5): 419-21 （IF=6.2）
15. Trans-natural antisense transcripts including noncoding RNAs in 10 species: implications for expression regulation. Nucleic Acids Research, 2008.7.23, 36(15): 4833-44 （IF=11.6）