经济管理学院的研究生教育始于1997年。至2011年有“农林经济管理”一级学科硕士点和“产业经济学”、“渔业经济管理”2个二级学科硕士点；“农村与区域发展”的农业推广专业硕士点；以及“渔业经济与管理”二级学科博士点。
1996年7月，经国务院学位委员会批准，获得产业经济学硕士学位授予点，次年招收硕士研究生。2000年12月新增农业经管理硕士点，2004年6月新增农业推广硕士点（在职，农村与区域发展方向），2004年7月增设渔业经济与管理硕士点。
三个学术硕士专业和一个专业硕士专业的介绍如下：

1.产业经济学硕士专业
产业经济学专业的培养目标是培养具有产业经济学的基础理论和系统的专门知识，掌握产业发展理论，有较宽广的知识结构，有较强的管理技能，能胜任产业经济学的研究和管理工作的高层次专门人才。学制三年。主要研究方向有：1）产业可持续发展理论；2）产业政策与区域经济；3）产业经济比较研究。学位课程主要有：产业经济学、博弈论与信息经济学、中级经济分析、高级计量经济学。

2.农林经济管理硕士专业
农林经济管理专业的培养目标是培养具有农林经济管理学的基础理论和专门知识，具有较强的理论研究能力和管理技能，能胜任农林经济领域的研究和管理工作的高层次专门人才。学制三年。主要研究方向有：1）农产品市场与流通；2）农业资源与环境；3）农产品供应链与食品安全；4）农业企业经营管理；5）农业政策与管理。学位课程主要有：高级管理学、高级运筹学、农业项目管理、中级经济分析、农业市场与政策。

3.渔业经济与管理硕士专业
渔业经济与管理专业的培养目标是培养精通渔业经济与管理理论与方法，具有较强的理论研究能力和管理技能，能胜任渔业经济与管理领域的研究和管理工作的高层次专门人才。学制三年。主要研究方向有：1）渔业产业经济与管理；2）渔业行政管理；3）水产品市场与政策。学位课程主要有：环境与自然资源经济学、渔业生物经济分析、中级经济分析、农业市场与政策、农业项目管理。

4.农村与区域发展硕士专业
农村与区域发展属于专业学位，主要为农业技术研究、应用、开发及推广、农村发展、农业教育等企事业单位和管理部门培养具有综合职业技能的应用型、复合型高层次人才。学制三年。主要研究方向有：1）农村区域经济与发展；2）农村产业发展；3）农村可持续发展。学位课程主要有：农业推广理论与实践、产业经济学、环境与自然资源经济学、发展经济学、区域经济学、农村发展概论、农村社会学、农业项目管理。