2004年1月28日，在中国国家主席胡锦涛和法国总理拉法兰的见证下，中国科学院副院长陈竺和法国巴斯德研究所所长菲利普·库里尔斯基签署了中国科学院与法国巴斯德研究所建立上海巴斯德研究所的合作意向书。

　2004年3月-8月 　　 谈判合作协议

2004年3月，法国代表团访问中科院		2004年5月，中科院代表团访问巴斯德所

　2004年8月30日　　　签署合作总协议

2004年8月30日，中国科学院、上海市人民政府和法国巴斯德研究所在上海签署建立中国科学院上海巴斯德研究所的合作协议，中国科学院副院长陈竺、上海市副市长严隽琪和法国巴斯德研究所所长菲利普·库里尔斯基出席了签字仪式。

　2004年10月11日 　　举行揭牌仪式

2004年10月11日，中科院上海巴斯德研究所举行揭牌仪式，法国总统希拉克、中科院副院长陈竺、上海市副市长唐登杰共同为研究所揭牌。

　2005年7月 　　研究组进驻科研大楼

经过专家委员会严格选拔，2005年7月，第一批4名科学家被聘任为研究组长，并正式在上海巴斯德所建立实验室。

　2006年12月19日　

截止2006年12月，上海巴斯德研究所人员已拥有一支由72人组成的队伍，图为理事会与研究所全体人员合影。