2001年2月，在复旦大学与上海医科大学合并的框架下，原复旦大学社会科学基础部和原上海医科大学人文社科部融合，组成新的复旦大学社会科学基础部（简称社科部）。

社会科学基础部是负责全校思想政治理论课的教学行政单位。有教职工50人，其中教授7人、正高级讲师2人、副教授27人、高级讲师2人；博士生导师6人；有博士及硕士学位的28人。根据学科建设的需要，组建了马克思主义原理教研室、马克思主义中国化教研室、道德与法律教研室、中国近现代史与党史教研室等四个教研室。

在学校党委的领导下，社会科学基础部配合以复旦学院为组织载体的本科教学改革，从管理体制和教学体制入手，积极推进思想政治理论课改革，力求使思想政治理论课教学更具时代性和实效性。针对学生的不同需求，围绕思想政治理论核心课程，开设一系列具有拓展性的配套选修课程，提供了近20种选修课的“菜单式选课服务”，包括“生命伦理学”、“生命教育”、“应用伦理学”、“中共党史人物述评”、“中国共产党与中国现代化”、“中国农村公共政策研究”、“当代世界政治经济与国际关系”、“科学哲学导论”、“国外马克思主义思潮”、“当代西方政治哲学”、“科学与宗教”、“中国社会文化概论”、“人生哲学”、“社会主义改革与资本市场”、“社会主义市场经济学基础”、“心理健康导论”、“现代职场引论”等。尽可能适应和满足完全学分制背景下的学生对于理论素养和社会素养的个性化需求。此外，社会科学基础部还承担了上海市高校思想政治理论课青年教师的培训任务。

社会科学基础部在从事思想政治理论课教学的同时，根据学科的具体情况，设立了专业研究项目和教学研究项目，支持教师从事专业研究和教学研究，以科研促教学，为加强和改进思想政治理论教育教学提供坚实的学科基础。近年来，多门课程被评定为复旦大学名牌课程、重点课程、精品课程，出版多部学术专著和教材，发表论文数百篇，承担国家、教育部、上海市、市教委的多项科研课题，更有多项学术成果获奖。

2005年1月，经国务院学位办批准，在政治学一级学科博士学位授权点下设立中共党史（含党建）专业博士点。2006年2月，社会科学基础部成为国内第一批获得马克思主义理论一级学科博士学位授权点的单位。该一级学科下设马克思主义基本原理、马克思主义发展史、马克思主义中国化、国外马克思主义、思想政治教育5个二级学科。

2006年7月1日，复旦大学马克思主义研究院正式成立，日常协调工作放在社会科学基础部。马克思主义研究院发挥研究平台的作用，整合校内外资源，开展马克思主义理论体系研究。通过研究院的组织平台，社科部将进一步加强马克思主义理论一级学科的建设，以此推动学校思想政治理论课教学。

2007年，我校马克思主义基本原理专业被评为国家重点(培育)学科。目前承担教育部重大攻关课题《改革开放以来马克思主义在中国的发展》。教育部全国高校辅导员培训与研修基地办公室挂靠社科部，承担全国高校辅导员专业博士学位的培养任务和思想政治理论课教师攻读博士学位的任务，目前2008年报名工作已经启动。