环境工程系下设二个专业，环境工程专业和金属材料专业。
　　
　　环境工程专业：环境工程是环境科学与工程学科中最主要的组成部分，在解决环境问题中起着重要作用。环境工程具有综合性、边缘性的特点，以研究控制和改善环境质量的技术原理和工程学方法为主要任务，综合运用环境、生物、化学、物理、地学和管理等学科的知识，研究开发污染治理的新技术和新设备，探求控制环境污染、保护和改善环境质量的新途径，建设环境与经济协调、社会持续发展的优良环境。
　　
　　本专业设有环境工程博士和硕士、环境科学硕士学位授予点以及环境工程工程硕士点，现有正、副教授18人，师资力量雄厚、科研成果丰硕，实验设备先进。
　　
　　本专业毕业生可适用下列部门工作：各级企事业单位环境保护管理和技术部门、环境科学研究所、环境监测站、设计单位等；
　　
　　环保产业的市场研究开发：化工、轻工、冶金、医药、石油、能源、海洋、航天、国防等工业企业的职能部门；
　　
　　高等院校的教学和科研工作：
　　
　　其他科研部门。
　　
　　金属材料工程专业：人类的历史自石器时代以来就是一部材料应用史，人类的生活、经济、文化均与材料的制造和利用息息相关并深受影响。材料科学与技术也是国家与上海市今后重点发展的高新技术和产业领域之一，而金属材料工程是材料科学与技术中不可缺少的重要组成部分。金属材料工程的专业内容包括金属材料的理论基础、制造与加工成型技术以及制备新型金属材料。
　　
　　本专业现有教授2人、副教授5人、讲师3人，其中博士生导师2人，硕士生导师2人。曾获得国家发明奖和科技进步奖3项，部委及上海市科技进步奖10项。
　　
　　本专业毕业生可在下列单位从事有关工作：航天、机械、能源、环保、化工、轻工、石油、冶金、汽车、电子信息、纺织、电力、造船等工厂企业从事设备加工、制造与保护工作；中央部委和各省市所属的研究所、设计院从事新材料研究、开发与应用，设备选材与设计工作；高等院校教学科研工作；有关金属材料专业公司的技术与管理工作。