环境科学系建立于1986年，是我国最早的环境科学教育单位之一。现有教职工26人，其中教授副教授14人，讲师7人。并且聘请了12位顾问教授、兼职教授。环境科学系下属4个研究室：生态学、环境地学、环境生物学和环境化学，建立了配备较为完善齐全的专业实验室、主要的仪器设备有10万级超净培养与实验装置、综合电生理与生理信号分析系统、原子吸收分光光度计、气相色谱、硫自动测定仪、DNA扩散仪及分析系统等。环境科学系具有生态学和环境科学的博士和硕士授予权，每年约招收20名左右研究生。其中生态学为上海市重点学科。全系教师主要开展植被生态学、城市生态学、分子生态学、污染环境学、生态工程与规划、生物多样性保护、环境评价、环境规划与管理、环境生理与毒理、环境微生物学、环境监测、污染治理、环境教育等方面的研究工作。近年来，获得国家自然科学基金以及教育部、上海市等机构资助的项目50余项，并且获得多项国家和省市部级奖励。环境科学系与德国、英国、美国、日本等国家的环境科研机构建立了良好的合作关系。
