中国水产科学研究院东海水产研究所创建于 1958 年 10 月，是我国三大海区中面向东海的国家综合性渔业研究机构，现隶属于农业部中国水产科学研究院。建所近 50 年来，为我国渔业经济的发展做了大量开创性工作，取得了一大批科研成果。自 1978 年全国科技大会以来，先后获得国家各级科技奖励 200 多项，其中，国家级科技奖励 18 项，省部级科技奖励 118 项，突出体现了科技作为第一生产力的良好社会效益和经济效益。

　　全所现有科技人员 150 余人，研究员 20 人、副研究员 43 人；博士生导师 3 人、硕士生导师 17 人；国家新世纪百千万人才工程国家级人选 1 人、中国水产科学研究院首席科学家 3 人；农业部有突出贡献的中青年专家 6 人，享有国务院政府特殊津贴的专家 32 人。

　　2003 年，以较强的科技实力进入国家科技创新体系（国家非营利性科研机构） , 确定的主要研究领域是开展渔业资源调查评估与管理、远洋与极地渔业资源开发、渔业水域生态环境监测与保护、渔业信息技术、水产养殖容量和健康养殖、水产生物技术、水产品食用安全与质量监控、渔业产物资源与生物制品、负责任捕捞技术与渔业工程基础、特殊生境养殖生物学、水产标准化等研究。

　　2005 年，通过了中国质量体系认证中心 ISO9001 ： 2000 质量管理体系认证，取得了包括海洋水产科研项目（设计、开发）、科技成果转化的质量管理系统认证证书，成为我国渔业科研系统第一个进入 ISO9001 质量管理体系的单位。

　　2006 年，经中华人民共和国人事部和全国博士后管理委员会批准，建立了“东海水产研究所博士后科研工作站”。

　　2008 年，经上海市学位委员会、上海市科教技教育委员会等 9 部门批准，我所成为“上海研究生联合培养基地”。