为了进一步适应中国西部大开发战略部署的要求，根据“十一五”期间中国国民经济发展的需要，统筹兼顾四川农业大学学科发展的基础和方向， 2007年5月信息与工程技术学院对工程类学科进行了新的布局，将农业工程系下设的农业水利工程、农业建筑环境与能源工程二个本科专业从中剥离出来成立了水利与建筑工程系。现有在校本科生共计约550人。 农业水利工程专业的前身是2000年经四川省人民政府批准在原四川省水利电力学校基础上设立的四川农业大学水利电力学院，农业水利工程专业于2001年起在四川农业大学校本部（雅安）信息与工程技术学院独立招生至今。 农业建筑环境与能源工程专业成立于1992年，已有十多年的历史，其前身是四川农业大学职业技术学院下设的农业建筑与环境工程专业，主要为职业高中培养师资；2000年起在四川农业大学信息与工程技术学院独立招生至今；2003年更名为农业建筑环境与能源工程专业。 水利与建筑工程系立足西部、面向全国，大力开展本科生教育和科学研究，积极为中国的水利水电工程建设和社会主义新农村建设的发展服务；积极开展国内外学术交流与合作，多次参加国内国际学术会议并积极交流。值得特别一提的是，本系教师在农村饮水安全的教学与科研方面独树一帜，取得了很好的科研业绩，应中国农业节水技术协会的邀请，先后在云南昆明、四川成都、广西北海、海南海口等地举办的全国农村饮水安全工程建设管理培训班上，为来自全国各省（市）的水利局长、处长、站长等高层管理人员进行了技术培训讲座。近年来，到本系进行访问、讲学与合作研究的国内外专家10多人次，与清华大学、郑州大学、河海大学、四川大学、首都师范大学、吉林大学、西北农林科技大学、中国农业大学、武汉大学、重庆大学、西南大学等知名高校保持着良好的交流关系。 水利与建筑工程系面向全校农业水利工程、农业建筑与能源环境、环境工程、水土保持与荒漠化防治、环境规划及管理、水利水电工程等工程类专业的学生实行开放式教学与管理。 多年以来，水利与建筑工程系受到了学校各级领导和有关部门的高度重视，不断加大资金投入力度，现已形成中国农业类“211”高等院校中规模和结构合理、特色和亮点鲜明、效益显著的水利与建筑工程类学科。