曹洋 博士， 副教授
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研究兴趣：
1）探索蛋白质的序列、结构、功能三者密切联系的奥秘
2）探索人工设计非天然蛋白质的方法，赋予其生物学特性
3）探索高效开发靶向药物的计算方法
4）探索在生物数据海洋中挖掘信息的方法
研究成果：
1）提出基于碰撞回避的自适应迭代搜索算法,编写蛋白质结构预测软件CISRR ，该工作被写入为Springer出版社分子生物学丛书《Protein Structure Prediction》（第三版）。
2）提出基于Tolman length的溶剂模型和算法, 可广泛用于疏水作用的分析研究。
3）提出耐药突变预测算法，用于研究靶向药物失效的分子机制。
4）建立药物分子虚拟筛选计算平台，并在对AchE、MDM2、PB等多个重要蛋白抑制剂的研究中发现活性分子。
5）建立抗体计算分析平台，用于抗体改造和的人源化设计。
6）参与发展了一套以结构模板为基础的蛋白质三维结构预测计算平台,在 2010 年国际蛋白质结构预测比赛 CASP9 比赛中, 取得了当时国内历届参赛小组的最好成绩(小组排名第 9)。
工作经历：
2011-2014，四川大学，生命科学学院，讲师
2014-今， 四川大学，生命科学学院，副教授
教育经历：
2016-2017，美国密歇根大学，生物信息学，访学
2004-2010，中国科学院生物物理研究所，生物信息学，博士
2000-2004，西南交通大学，应用物理学，学士
主要论著：
1. Cao Y*, Li L., Improved protein-ligand binding affinity prediction by using a curvature dependent surface area model,Bioinformatics, 30(12):1674-80. 2014
2. Huang L#,Cao Y#, Zhou J, Qin K, Zhu W, Zhu Y, Yang L, Wang D, Wei H*, Shu Y*., A conformational restriction in influenza A virus neuraminidase binding site by R152 caused the combinational effect of I222T with H274Y on oseltamivir resistance.Antimicrob Agents Chemother. 58(3), 1639-1645, 2014 (#co-first author)
3. Cao Y, Song L, Miao Z, Hu Y, Tian L, Jiang T*. Improved side-chain modeling by coupling clash-detection guided iterative search with rotamer relaxation.Bioinformatics.27(6): 785-790. 2011
4. Cao Y, Koh X, Dong L, Du X, Wu A, Ding X, Deng H, Shu Y, Chen J, Jiang T*. Rapid Estimation of Binding Activity of Influenza Virus Hemagglutinin to Human and Avian Receptors.PLoS One. 6(4):e18664. 2011
5. Guo J#,Cao Y#, Qin K, Zhao X, Wang D, Li Z, Xin L, Shu Y, Zhou J. Limited effect of recombinant human mannose-binding lectin on the infection of novel influenza A (H7N9) virus in vitro.Biochem Biophys Res Commun. 458(1):77-81. 2015 (#co-first author)
6. Bu C, Peng B,Cao Y, Wang X, Chen Q, Li J, Shi G. Novel and selective acetylcholinesterase inhibitors for Tetranychus cinnabarinus (Acari: Tetranychidae).Insect Biochem Mol Biol.66:129-35. 2015
7. Miao Z,Cao Y,Jiang T. "Modeling of protein side-chain conformations with RASP",Protein Structure Prediction, 3rd Edition (Methods in Molecular Biology), Edited by D. Kihara, ISBN: 978-1-4939-0365-8 (Print) 978-1-4939-0366-5 (Online). Springer, 2014
8. Larson AM, Wang H,Cao Y, Jiang T, Chen J, Klibanov AM*. Conjugating drug candidates to polymeric chains does not necessarily enhance anti-influenza activity.J Pharm Sci.101(10): 3896-905. 2012
9. Miao Z,Cao Y, Jiang T*. RASP: rapid modeling of protein side chain conformations,Bioinformatics. 27(22): 3117-22. 2011
10. Hu Y, Dong X, Wu A,Cao Y, Tian L, Jiang T*. Incorporation of local structural preference potential improves fold recognition.PLoS One. 6(2): e17215. 2011
11. Zhao Y, Zhang Y,Cao Y,Qi J, Mao L, Xue Y, Gao F, Peng H, Wang X, Gao GF, Ma Y*. Structural analysis of alkaline β-Mannanase from alkaliphilic Bacillus sp. N16-5: implications for adaptation to alkaline conditions.PLoS One.6(1): e14608. 2011
12. Du X, Wang Z, Wu A, Song L,Cao Y, Hang H, Jiang T. Networks of genomic co-occurrence capture characteristics of human influenza A (H3N2) evolution.Genome Research, 18(1): 178–187, 2008