简历
文志宁 博士，副教授。主要从事化学计量学、化学信息学及生物信息学方向的研究。2008年-2010年，于美国食品药品监督管理局（U.S. Food and Drug Administration）直属的国家毒理学研究中心（NCTR）从事博士后研究，作为主研人员参与了微阵列基因芯片性能评价及基于基因表达的临床预测模型评估的国际合作项目。已主持国家自然科学基金（面上项目）1项、国家自然科学基金（青年基金）1项，国家重点实验室开放基金1项，参与多项自然科学基金项目、国家973、863项目以及教育部教改项目。已发表论文50余篇，其中SCI收录论文30余篇，总他引次数500余次。
主要学习及工作经历：
1.1997 – 2001 工学学士，四川联合大学化工学院
2.2001 – 2006 理学硕-博士，四川大学化学学院
3.2006 – 2013 讲师，四川大学化学学院
4.2008 – 2010 博士后研究，美国食品药品监督管理局（US FDA）国家毒理学研究中心（NCTR）
5.2013 – 至今 副教授，四川大学化学学院
6.2014 – 至今 硕士生导师

主要研究方向
1.化学计量学新算法的开发
2.化学计量学算法在临床快速诊断及样本定量分析中的应用
3.临床基因组学数据分析与建模

主要工作业绩
主持科研项目：
1.国家自然科学基金（面上），基于转录组学大数据的临床复杂样本单类细胞定量解析方法研究，2016 – 2019。
2.国家自然科学基金（青年），化学计量学在基因表达定量解析及临床预测模型构建中的应用研究，2013 – 2015。
3.国家重点实验室开放基金，复杂生物样本基因表达数据定量解析方法研究，2011 – 2013。
4.四川大学青年教师科研启动基金，基于机器学习的蛋白质抗原表位快速识别算法研究，2007 – 2008。
部分参研项目：
1.国家高技术研究发展计划（863 计划），组学大数据的质量控制与临床应用标准化研究，2015 – 2017。
2.国家973中药专项课题，平性药药性本质及其调节机体平衡科学内涵的研究，2008– 2011。
3.教育部立项项目，信息技术辅助化学基础课程的建设。2008 – 2010。
学术专著：
1.李梦龙，文志宁，熊庆。《化学信息学》，“十一五”国家级规划教材，化学工业出版社，2011。
部分获奖及荣誉：
1.2015年，教育部高等学校科学研究优秀成果奖（自然科学二等奖）。（第三完成人）
2.2014年，课堂教学质量优秀奖。
3.2014年，大学生课外科技实践活动优秀指导教师。
4.2008年，四川省教改成果三等奖。（第三完成人）
5.2007年，四川大学青年骨干教师奖。

代表性成果 (获奖成果、专著、论文、专利)
代表性成果
1.Yuan Liu; Yu Liang; Qifan Kuang; Fanfan Xie; Yingyi Hao; Zhining Wen*; Menglong Li*, Post-modified non-negative matrix factorization for deconvoluting the gene expression profiles of specific cell types from heterogeneous clinical samples based on RNA-sequencing data. Journal of Chemometrics2017, e2929. DOI: 10.1002/cem.2929.
2.Jiwei Xue; Fanfan Xie; Junmei Xu; Yuan Liu; Yu Liang; Zhining Wen*; Menglong Li*. A New Network-Based Strategy for Predicting the Potential miRNA-mRNA Interactions in Tumorigenesis. International Journal of Genomics2017, Article ID **.
3.Junmei Xu; Runyu Jing; Yuan Liu; Yongcheng Dong; Zhining Wen*; Menglong Li*. A new strategy for exploring the hierarchical structure of cancers by adaptively partitioning functional modules from gene expression network. Scientific Reports2016, 6:28720.
4.Huijun Wang; Liqiu Huang; Runyu Jing; Yongning yang; Keqin Liu; Menglong Li; Zhining Wen*. Identifying oncogenes as features for clinical cancer prognosis by Bayesian nonparametric variable selection algorithm. Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems2015, 146, 464-471.
5.Yuan Liu; Runyu Jing; Junmei Xu; Keqin Liu; Jiwei Xue; Zhining Wen*; Menglong Li*. Comparative analysis of oncogenes identified by microarray and RNA-sequencing as biomarkers for clinical prognosis. Biomarkers in medicine2015, 9, 1067-78.
6.Liqiu Huang; Runyu Jing; Yongning Yang; Xuemei Pu; Menglong Li; Zhining Wen*; Yi Li*. Characteristic wavenumbers of Raman spectra reveal the molecular mechanisms of oral leukoplakia and can help to improve the performance of diagnostic models. Analytical Methods2015, 7, 590.
7.Lina Jiang; Liqiu Huang; Qifan Kuang; Juan Zhang; Menglong Li; Zhining Wen*; Li He*. Improving the prediction of chemotherapeutic sensitivity of tumors in breast cancer via optimizing the selection of candidate genes. Computational Biology and Chemistry2014, 49, 71-8.
8.Di Wu; Gang Yang; Lifang Zhang; Jiwei Xue; Zhining Wen*; Menglong Li*. Genome-wide association study combined with biological context can reveal more disease-related SNPs altering microRNA target seed sites. BMC genomics 2014, 15, 669.
9.Juan Zhang; Lifang Zhang; Gang Yang; Di Wu; Lina Jiang; Liqiu Huang; Zhining Wen*; Menglong Li*. Nonnegative matrix factorization for the improvement in sensitivity of discovering potentially disease-related genes. Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems2013, 126, 100-107.
10.Lifang Zhang; Juan Zhang; Gang Yang; Di Wu; Lina Jiang; Zhining Wen*; Menglong Li*. BMC Bioinformatics2013, 14, 143.
11.Zhining Wen; Zhijun Wang; Steven Wang; Ranadheer Ravula; Lun Yang; Jun Xun; Charles Wang; Zhong Zuo; Moses S.S. Chow; Lengming Shi*; Ying Huang*. Discovery of Molecular Mechanisms of Traditional Chinese Medicinal Formula Si-Wu-Tang Using Gene Expression Microarray and Connectivity Map. PLoS ONE2011, 6: e18278.