20世纪60年代初期，中国科学院于1963年2月责成中国科学院地理研究所协助中国科学院西南分院（中国科学院成都分院前身）在成都筹建地理机构，暂作为地理研究所下属的一个分支机构，定名为中国科学院地理研究所西南地理室，并于1964年3月正式成立。

　　20世纪60年代中期,为加强西南“三线”建设,国家科委于1965年1月批准将地理研究所的有关研究部门一分为二调整到成都与西南地理室合并，成立“中国科学院西南地理研究所”。为加强业务领导,国家科委又于1966年2月决定将“中国科学院西南地理研究所”改名为“中国科学院地理研究所西南分所”。

　　1970年7月，中国科学院决定把中国科学院地理研究所西南分所下放到四川省，定名为“四川省地理研究所”,由四川省科技局领导。

　　1978年1月，中国科学院决定收回四川省地理研究所，改名为“中国科学院成都地理研究所”。

　　1987年10月，经中国科学院批准，将“中国科学院成都地理研究所”改名为“中国科学院成都山地灾害与环境研究所”。

　　1989年8月,根据该所要求,决定对该所实行中国科学院和水利部的双重领导,改名为“中国科学院·水利部成都山地灾害与环境研究所”并一直使用至今。