制药工程学院是沈阳药科大学办学历史最长的院（系）之一。其前身为沈阳药学院制药系，成立于1949年。几十年来，制药系在各级领导的亲切关怀下，在全体同仁的不断努力下，走出了一条健康发展之路，它曾在我国医药事业的蓬勃发展进程中发挥了重要的作用。1976年粉碎“四人帮”后，学校进入了药学高等教育新的发展时期和历史阶段，制药系步入了新的发展阶段，办学规模不断扩大。在招收化学药物制造工艺和抗菌素药物制造工艺专业本科生的基础上，又增设药物化学专业和生物制药专业本科生，同时分别开始招收药物化学硕士研究生和博士研究生、微生物与生化药学专业硕士、博士研究生。1993年批准增设生物药学和制药工程学两个硕士学位授予权。1995年开始我校与吉林大学联合培养本——硕连读生物（技术）制药六年制学生。1994年经国家教委批准学校更名为沈阳药科大学。学校设一院三系、三部（药学系、制药系、中药系、工商管理学院、基础部、政教部、体育部）。制药系下设化学制药、微生物制药（由抗菌素药物制造工艺改名）、药物化学、生物（技术）制药四个专业。

　　伴随着教育和医药事业的飞速发展，凝聚着艰苦奋斗、自强不息、顽强拼搏革命历史传统和勇攀科学高峰精神的制药系，在学科建设、师资培养、教学、科研等各方面，都发生了日新月异的变化。在迎来沈阳药科大学70周年华诞之际，学校撤系建院，于2001年6月将原基础部的有机化学、无机化学教研室，科研处的合成二室，药学系的药物化学教研室并入制药系，合并组建了制药工程学院。现设有化学制药系和生物制药系。2002年6月教研室调整，将原13个教研室、研究室重组为现七个教研室，两个实验中心，2003年增设环境科学教研室。

　　人才培养

　　学院现有二个博士、四个硕士学位授予点和一个国家生命科学与技术人才培养基地（2002年教育部批准）。可招收制药工程、生物工程、生物技术、环境科学（2003年批准开始招生）专业本科生及生物技术本——硕连读学生和药物化学、微生物与生化药学专业硕士、博士研究生和生物化工、应用化学专业硕士研究生，在校学生千余人。全院108名教职员工中，教授17人，副教授27人，教授级高级工程师1人，高级工程师7人，讲师22人，工程师11人，助理级人员13人，专职干部8人。教师中研究生以上学历的占总数85%以上。学院现有博士生导师9人，硕士生导师33人。

　　学院目前承担面向全校本科11个专业共52门的基础课、专业基础课和专业课的教学任务，其中20余门课程由教授担任主讲。同时，还承担两个专业研究生13门课程的教学任务。此外，还主编无机化学、发酵工艺原理、生物药物分析、化学制药工艺学、制药装备与车间设计、生物技术制药等全国统编教材多部。

　　科学研究

　　学院有着较强的科研力量和先进的仪器设备，科研工作十分活跃。主要科研方向有针对重大疾病的创新药物研究，包括受体药物和酶抑制剂的合理药物设计，如抗癌、抗生素、抗病毒、抗溃疡、抗炎、抗哮喘以及中枢神经系统、心血管系统药物等创新药物的发现和发展；天然活性物质的全合成及其结构改造研究；组合化学和绿色化学在新药研究中的应用研究；化合物库的建立与发展和化学信息学研究；非专利药物合成工艺产业化研究；药用二次代谢产物的基因工程和细胞工程；微生物转化法合成生理活性物质；微生物药物生物合成及代谢调控等十几个方向。是沈阳药科大学进行化学合成原料药和生物技术药物研究与开发的主要单位。在人才培养和技术开发等方面，为我国医药事业的发展做出了重要贡献。近年来，先后承担国家863计划项目、创新药物重大专项、国家自然科学基金项目、国家攻关项目、国家新药基金项目和省部级项目40余项，面向生产的横向课题30余项，国际合作研究项目5项。研究开发成功国家一类新药1项，获得2个一类新药证书，为我国“九五”期间的5个一类新药之一，受到国家有关部门的表奖。全院共获得各类新药证书20余个。有关开发项目取得了良好的经济效益和社会效益，并多次获得省部级以及市级科技进步奖。近五年在国内外学术刊物和会议上发表论文500余篇，申报专利12项。在学术交流和人才培养方面，制药工程学院同北京大学、吉林大学和军事医学科学院等单位保持着良好的合作关系，开展合作办学、合作研究和合作培养研究生等。在加强国内学校交流同时，与英国、美国、日本、荷兰和俄罗斯等国外大学相关学科建立了稳定的学术交流与合作关系，大力开展合作培养博士生的工作并选派青年教师到国外相关学校进修。

　　七十余年风雨洗礼，七十余年顽强拼搏。如今，制药工程学院基础更加坚实，实力更加雄厚，教学科研更具活力。全体教职员工在敬业奉献的优良传统激励下，继往开来，不断创新。正以饱满的激情，求真务实、锐意进取的精神，朝着建设一流教学、一流科研、一流管理的目标奋斗。并有信心有决心自强不息，扩大交流，蓬勃发展，把制药工程学院建设成为居国内领先，与国际接轨的、开放式的人才培养基地和科研基地。