赵琪博士
出生年月：1982年7月
邮箱: zhaoqi@lnu.edu.cn, zhaoqi.shenyang@gmail.com
个人主页：http://www.escience.cn/people/zhaoqi
通讯地址: 中国辽宁省沈阳市皇姑区崇山中路66号辽宁大学数学院
邮编110086
教育及工作经历
2016/10-至今 辽宁大学硕士生导师
2014/02/12-2014/08/05 爱尔兰都柏林大学爱尔兰系统生物学研究所 访问学者
（合作者：Prof. Boris Kholodenko, Dr. Lan Nguyen）
2013/12-至今 辽宁大学数学院 副教授
2013/08-2016/11 厦门大学物理科学与技术学院博士后 （导师：帅建伟教授）
2012/02/15-2012/03/26 以色列特拉维夫大学 访问学者（合作者：Prof. Eshel Ben-Jacob）
2011/07-2013/12 辽宁大学数学院 讲师
2009/04/20/-2010/04/29 美国密歇根州立大学数学系 联合培养博士研究生
（导师：魏国卫教授）
2006/09-2011/07 中国科学院武汉物理与数学研究所应用数学专业 硕博连读
（导师：占萌教授，易鸣教授）
2001/09-2005/07 武汉大学数学与统计学院 信息与计算科学系 本科

研究兴趣
研究领域：生物信息学，非线性动力学，智能计算方法与大数据分析，生物医药大数据的统计挖掘
感兴趣的研究方向：生物网络的数学建模及动力学，非编码RNA与疾病、蛋白质关系预测，

英文论文（按时间倒序，*号为通讯作者,#为并列第一作者）
(1) Qi Zhao*, Di Xie, Hongsheng Liu, Fan Wang, Gui-Ying Yan,Xing Chen*, SSCMDA: Spy and Super Cluster strategy for MiRNA-Disease Association prediction,Oncotarget, 2018, 9(2):1826-1842
(2) Xing Chen^#*, Li Huang^#, Di Xie, Qi Zhao, EGBMMDA: Extreme Gradient Boosting Machine for MiRNA-Disease Association prediction, Cell Death & Disease, 2018, 9(1):3
(3) Yang Bai, Zhong-Xia Li, Yue-Tong Zhao, Mo Liu, Yun Wang, Guo-Chao Lian,Qi Zhao*,Huai-Liang Wang*, PCPA protects against monocrotaline-induced pulmonary arterial remodelingin rats: potential roles of connective tissue growth factor, Oncotarget, 2017, 8(67):111642-111655
(4) Chunyu Zhu^#, Fangliang Zheng^#, Junfeng Zhu, Meichen Liu, Na Liu, Xue Li, Li Zhang, Zaidong Deng, Qi Zhao, Hongsheng Liu*, The interaction between NOLC1 and IAV NS1 protein promotes host cell apoptosis and reduces virus replication, Oncotarget, 2017, 8(55): 94519-94527
(5) Hongsheng Liu^#, Guofei Ren^#, Huan Hu, Li Zhang, Haixin Ai, Wen Zhang,Qi Zhao*,LPI-NRLMF: LncRNA-protein Interaction Prediction by Neighborhood Regularized Logistic Matrix Factorization, Oncotarget, 2017, 8(61):103975-103984
(6) Li Zhang^#, Haixin Ai^#, Shimeng Li, Mengyuan Qi, Jian Zhao, Qi Zhao, Hongsheng Liu*, Virtual screening approach to identifying influenza virus neuraminidase inhibitors using molecular docking combined with machine-learning-based scoring function, Oncotarget, 2017, 8(47): 83142-83154
(7) Xing Chen*, Di Xie, Qi Zhao, Zhuhong You, MicroRNAs and complex diseases: from experimental results to computational models, Briefings in Bioinformatics, 2017, bbx130
(8) Huan Hu^#, Chunyu Zhu^#, Haixin Ai, Li Zhang, Jian Zhao, Qi Zhao*, Hongsheng Liu*. LPI-ETSLP: LncRNA-protein interactions prediction using Eigenvalue Transformation-based Semi-supervised Link Prediction, Molecular BioSystems,2017, 13(9):1781-1787
(9)Li Zhang, Haixin Ai, Qi Zhao, Junfeng Zhu, Wen Chen, Xuewei Wu, Liangchao Huang, Zimo Yin, Jian Zhao, Hongsheng Liu*, Computational prediction of influenzaneuraminidase inhibitors using machine learning algorithms and recursive featureelimination method, ISBRA 2017,2017, LNBI 10330, 344–349
(10) Li Zhang^#, Haixin Ai^#, Wen Chen, Zimo Yin, Huan Hu, Junfeng Zhu, Jian Zhao, Qi Zhao, Hongsheng Liu*, CarcinoPred-EL: Novel models for predicting the carcinogenicity of chemicals using molecular fingerprints and ensemble learning methods, Scientific Reports, 2017, 7(1): 2118
(11) Xing Chen^#*, Zhichao Jiang^#, Di Xie, Deshuang Huang*,Qi Zhao, Guiying Yan, Zhuhong You, A novel computational model based on super-disease and miRNA for potential miRNA–disease association prediction, Molecular BioSystems, 2017, 13(6): 1202-1212
(12) Shuai Liu, Chenggui Yao, XiaofangWang,Qi Zhao*,Resonance in an ensemble of excitable reaction-diffusionsystems under spatially periodic force, Physica A, 2017,467:184-191
(13) Qi Zhao*, Hongsheng Liu, Chenggui Yao, Jianwei Shuai,Xiaoqiang Sun*, Effect of dynamic interaction between microRNA and transcription factor on gene expression,BioMed Research International, 2016, 2016:**
(14) Xiaoqiang Sun^*, Jiajun Zhang, Qi Zhao, Xing Chen, Wenbo Zhu^*, Guangmei Yan and Tianshou Zhou^*, Stochastic modeling suggests that noise reduces differentiation efficiency by inducing a heterogeneous drug response in glioma differentiation therapy,BMC Systems Biology,2016,10(1): 73
(15)Qi Zhao*, Chenggui Yao, Jun Tang, Liwei Liu,Study of spatial signal transduction in bistable switches, Frontiers of Physics,2016,11(5):1-6
(16) Chenggui Yao^*, Qi Zhao, Wei Zou, Eliminating amplitude death by the asymmetry coupling and process delay in coupled oscillators, European Physical Journal B,2016,89(2): 1-6
(17) Liwei Liu^*, Chao Li, Fenglan Bai, Qi Zhao, Ying Wang,An optimization approach and its application to compare DNASequences, Journal of Molecular Structure,2015,1082: 49-55
(18) LanNguyen^*, Qi Zhao, ThawfeekVarusai, Boris Kholodenko^*, Ubiquitin chain specific auto-ubiquitination triggers sustained oscillation, bistable switches and excitable firing, IET Systems Biology,2014,8(6): 282-292
(19) Chenggui Yao^*, Qi Zhao, Weiqing Liu, Jun Yu, Collective dynamics induced by diversity takenfrom two-point distribution in globally coupled chaoticoscillators,Nonlinear Dynamics,2014,75(1-2): 17-26
(20) Tong-Bo Liu, Jun Ma, Qi Zhao,Jun Tang^*, Force exerted on the spiral tip by theheterogeneity in an excitablemedium, Europhysics Letters,2013,104(5): 298-304
(21) Chenggui Yao^*, Qi Zhao, Jun Yu^*, Complete synchronization induced bydisorder in coupled chaoticlattices,Physics Letters A,2013,377(5): 370-377
(22) Chenggui Yao^*, Wei Zou, Qi Zhao,The study of amplitude death in globally delay-coupled nonidentical systems based on order parameter expansion, Chaos,2012,22(2):023149
(23) Qi Zhao, Ming Yi^*, Yan Liu,Spatial distribution and dose-response relationship for different operation modes in a reaction-diffusion model of MAPK cascade,Physical Biology,2011,8(5):055004
(24) Qi Zhao, Chenggui Yao, Ming Yi^*,Spatiotemporal stochastic resonance in a bistable FitzHugh-Nagumo ring with phase-repulsive coupling, European Physical Journal B,2011,84(2):299-305
(25) Ming Yi ^#*,Qi Zhao^#, Jun Tang, Canjun Wang, A theoretical modeling for frequency modulation of Ca2+ signal on activation of MAPK cascade, Biophysical Chemistry,2011,157(1-3):33-42
(26) Qi Zhao, Ming Yi, KelinXia, Meng Zhan^*,Information propagation from IP3 to target protein: a combined model for encoding and decoding of Ca2+ signal,Physica A,388(19):4105-4114
(27) Wei Zou, Xingang Wang, Qi Zhao, Meng Zhan^*,Oscillation death in coupled oscillators, Frontiers of Physics,2009,4(1): 97-110
中文论文（按时间倒序，带*号为通讯作者）
(28)赵琪,于海帆, 胡桓，张力，刘宏生*. 推荐系统算法在生物信息学中应用的研究进展，辽宁大学学报自然科学版44卷，357-363(2017).
(29)赵琪*,张久军, 姚成贵. 大学数学文化课教学的实践与探索，辽宁大学学报自然科学版43卷，281-284 (2016).
(30)刘帅, 王婷婷, 张久军*, 赵琪*.概率论与数理统计课程教学改革探索与实践，辽宁大学学报自然科学版43卷，285-288(2016).
(31)刘帅, 赵琪*.浅谈划分的思想在条件分布中的应用，教育现代化第3卷第40期，173-174(2016).
(32)刘帅, 王婷婷, 周仁元，张久军, 赵琪*.数学史融入高等数学教学的实践与探索，当代教育实践与教学研究2016年12期，190-191(2016).

主持或参加科研项目（课题）及人才计划项目情况（按时间倒序）
1.辽宁省博士科研启动基金，，基于复杂网络预测长非编码RNA与蛋白质相互作用关系的研究，2017/09-2019/08，3万元，在研，主持
2.国家自然科学基金面上项目，**，多视角识别长非编码RNA和人类复杂疾病关联预测研究，2018/01-2018/12，16万元，在研，参加
3. 国家自然科学基金青年科学基金项目，**，胞质钙信号调控细胞凋亡的动力学机制研究，2016/01-2018/12，22.28万元，在研，参加
4. 辽宁省高等学校创新团队，LT**，生物大分子的计算模拟及其功能与应用研究，2015/09-2018/09，100万元，在研，参加
5. 国家自然科学基金委对外交流与合作项目，，仿真与生物系统的摩擦与能量耗散国际会议，2013/11-2013/12，1.5万元，结题，主持
6. 国家自然科学基金青年科学基金项目，**，芽殖酵母细胞信息素信号网络的动力学以及功能研究，2013/01-2015/12，22万元，结题，主持
7. 教育部人文社会科学研究青年基金项目，12YJC630328，基于契约的需求驱动型供应链协调机制研究，2012/01-2014/12，7万元，结题，参加
8. 国家自然科学基金面上项目，**，斑图的耦合与操控理论研究，2011/01-2013/12，35万元，结题，参加
9. 国家自然科学基金青年科学基金项目，**，ERK信号转导通路的时空动力学及其随机效应，2010/01-2012/12，18万元，结题，参加
10. 国家自然科学基金专项基金项目数学天元基金，**，信号转导通路的数学建模及动力学分析，2010/01-2010/12，3万元，结题，参加

教学
常微分方程，离散数学，数值分析，高等数学，数学漫谈，数学分析习题课等


社会兼职及荣誉
辽宁省生物数学学会理事
中国生物信息学会生物医学数据挖掘与计算专业组委员
The 14th International Conference on Intelligent Computing（ICIC 2018）Program Committee member
Guest editor of Frontiers in Microbiology (影响因子4.076, 中科院二区)
Guest editor of Current Medicinal Chemistry (影响因子3.249, 中科院二区)
Guest editor of Current Topics in Medicinal Chemistry (影响因子2.864, 中科院三区)
Guest editor of Protein &Peptide Letters(影响因子0.964, 中科院四区)
BMC Systems Biology、Scientific Reports、Oncotarget、Physica A、PLOS ONE、BioMed Research International、The International Symposium on Bioinformatics Research and Applications（ISBRA，2017）和生物信息学等期刊的审稿人。
2016 the IET Systems Biology Premium Award
2016年度《生物信息学》优秀审稿专家
2013年入选辽宁省第七批“百千万人才工程”万人层次
辽宁大学第五批优秀青年教师
辽宁大学第四批优秀青年教师
2013年辽宁省自然科学学术成果三等奖
2012年沈阳市自然科学学术成果三等奖