基本信息Personal Information
教授博士生导师
硕士生导师
主要任职:无
性别:男
毕业院校:哈尔滨工业大学
学位:博士
在职信息:在职
所在单位:软件学院
学科:软件工程 计算机应用技术
办公地点:大连经济技术开发区图强街321号, 大连理工大学软件学院综合楼309房间
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个人简介Personal Profile
何增有,工学博士,大连理工大学软件学院教授、博士生导师。分别于2000年、2002年以及2006年在哈尔滨工业大学计算机学院获学士、硕士、博士学位;2007年至2010年在香港科技大学电子与计算机工程系从事博士后研究;2010年至今,大连理工大学软件学院任教。主要从事数据挖掘与机器学习算法及其在生物信息领域的应用方面的研究工作。主持/完成国家自然科学基金项目2项,完成英文学术专著1部,发表国际期刊论文40余篇,发表的论文被引用4000余次(Google Scholar)。获得省部级奖励4项:黑龙江省自然科学2等奖1项(2008)、辽宁省自然科学3等奖1项(2014)、教育部自然科学2等奖1项(2016)、辽宁省自然科学2等奖1项(2017)。已培养研究生12人,指导的硕士生中1人获得大连理工大学硕士生学术之星称号,4人获得研究生国家奖学金,1人获得华为奖学金,1人毕业论文为辽宁省优秀硕士学位论文。教育经历Education Background
工作经历Work Experience
2002.92006.11
哈尔滨工业大学
计算机应用
博士
2000.92002.7
哈尔滨工业大学
计算机应用
硕士
1996.92000.7
哈尔滨工业大学
计算机应用
学士
1993.91996.7
哈尔滨市第六中学
无
2010.3至今
大连理工大学
副教授
2007.22010.2
香港科技大学
博士后
研究方向Research Focus
社会兼职Social Affiliations
数据挖掘及其应用
生物信息学
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当前位置: 中文主页 >> 科学研究
研究领域
数据挖掘与机器学习
生物信息学
论文成果 More>>
Zengyou He, Hao Liang, Zheng Chen, Can Zhao, Yan Liu. Computing Exact P-values For Community Detection. Data Mining and Knowledge Discovery, 2020.
Zengyou He, Can Zhao, Hao Liang, Bo Xu, Quan Zou. Protein Complexes Identification with Family-Wise Error Rate Control. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2019.
Bo Tian, Qiong Duan, Can Zhao, Ben Teng, Zengyou He. Reinforce: An Ensemble Approach for Inferring PPI Network from AP-MS Data. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2019, 16(2): 365-376.
Zengyou He, Simeng Zhang, Jun Wu. Significance-based Discriminative Sequential Pattern Mining. Expert Systems with Applications, 2019, 122: 54-64
Zengyou He, Simeng Zhang, Feiyang Gu, Jun Wu.Mining conditional discriminative sequential patterns. Information Sciences, 2019, 478: 524-539
Bo Xu, Kun Li, Wei Zheng, Xiaoxia Liu, Yijia Zhang, Zhehuan Zhao, Zengyou He. Protein Complexes Identification Based on GO Attributed Network Embedding. BMC Bioinformatics, 2018, 19:535.
专利
暂无内容
著作成果
Z. He, T. Huang, C. Zhao, B. Teng. Protein Inference. In: Modern Proteomics: Sample Preparation, Analysis and Practical Applications, Springer, 2016
Z. He. Data mining for bioinformatics applications. WP| Elsevier, 2015
科研项目
基于多重假设检验的生物网络分析, 国家自然科学基金项目, 2019/08/16, 进行
面向AP-MS数据的蛋白质相互作用网络推断算法研究, 国家自然科学基金项目, 2015/08/18, 进行
基于数据融合的蛋白质鉴定算法研究, 国家自然科学基金项目, 2010/09/25-2013/12/31, 完成
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论文成果
当前位置: 中文主页 >> 科学研究 >> 论文成果[1]Zengyou He, Hao Liang, Zheng Chen, Can Zhao, Yan Liu. Computing Exact P-values For Community Detection. Data Mining and Knowledge Discovery, 2020.
[2]Zengyou He, Can Zhao, Hao Liang, Bo Xu, Quan Zou. Protein Complexes Identification with Family-Wise Error Rate Control. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2019.
[3]Bo Tian, Qiong Duan, Can Zhao, Ben Teng, Zengyou He. Reinforce: An Ensemble Approach for Inferring PPI Network from AP-MS Data. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2019, 16(2): 365-376.
[4]Zengyou He, Simeng Zhang, Jun Wu. Significance-based Discriminative Sequential Pattern Mining. Expert Systems with Applications, 2019, 122: 54-64
[5]Zengyou He, Simeng Zhang, Feiyang Gu, Jun Wu.Mining conditional discriminative sequential patterns. Information Sciences, 2019, 478: 524-539
[6]Bo Xu, Kun Li, Wei Zheng, Xiaoxia Liu, Yijia Zhang, Zhehuan Zhao, Zengyou He. Protein Complexes Identification Based on GO Attributed Network Embedding. BMC Bioinformatics, 2018, 19:535.
[7]Bo Xu, Yu Liu, Chi Lin, Jie Dong, Xiaoxia Liu, Zengyou He. Reconstruction of the Protein-protein Interaction Network for Protein Complexes Identification by Walking on the Protein Pair Fingerprints Similarity Network. Frontiers in Genetics, 2018,9:272
[8]Youfu Su, Can Zhao, Zheng Chen, Bo Tian, Zengyou He. On the Statistical Significance of Protein Complex. Quantitative Biology, 2018, 6(4): 313-320.
[9]Qiong Duan, Hao Liang, Chaohua Sheng, Jun Wu, Bo Xu, Zengyou He. RPML: A Learning-based Approach for Reranking Protein-Spectrum Matches. ICIC'18, 2018.
[10]段琼,田博,陈征,王洁,何增有. CUDA-TP: 基于GPU的自顶向下完整蛋白质鉴定并行算法. 计算机研究与发展,2018, 55(7): 1525-1538.
[11]吴军,段琼,张琳,何增有. 磷酸化基序精确置换检验p-value的计算方法.中国科学(信息科学), 2017, 47(10): 1334-1348
[12]B. Tian, C. Zhao, F. Gu, Z. He. A two-step framework for inferring direct protein-protein interaction network from AP-MS data. BMC Systems Biology, 2017, 11(Suppl 4):82
[13]Z.He, F. Gu, C. Zhao, X. Liu, J. Wu, J. Wang. Conditional Discriminative Pattern Mining: Concepts and Algorithms. Information Sciences, 2017, 375: 1-15.
[14]Y. Liu, X. Zeng, Z. He, Q. Zou. Inferring microRNA-disease associations by random walk on a heterogeneous network with multiple data sources. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2017, 14(4):905-915
[15]谷飞洋, 田博, 张思萌, 陈征, 何增有. 基于置换检验的聚类结果评估. 智能系统学报(第六届中国数据挖掘会议论文,CCDM'16), 2016, 11(3): 301-309.
[16]J. Wu, Z. He, F. Gu, X. Liu, J. Zhou, C. Yang. Computing Exact Permutation p-Values for Association Rules. Information Sciences, 2016, 346–347: 146–162
[17]Z. He, et al. Protein inference: A protein quantification perspective. Computational Biology and Chemistry, 2016, 63:21-29 (APBC'16).
[18]C. Zhao, D. Liu (Joint first author), B. Teng, Z. He. BagReg: Protein Inference through Machine Learning. Computational Biology and Chemistry, 2015, 57:12-20 (APBC'15).
[19]X. Liu, J. Wu, F. Gu, J. Wang, Z. He. Discriminative Pattern Mining and Its Applications in Bioinformatics. Briefings in Bioinformatics, 2015, 16(5): 884-900.
[20]B. Teng, C. Zhao, X. Liu, Z .He. Network Inference from AP-MS Data: Computational Challenges and Solutions. Briefings in Bioinformatics, 2015, 16(4): 658-674.
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专利
当前位置: 中文主页 >> 科学研究 >> 专利共0条0/0
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当前位置: 中文主页 >> 科学研究 >> 著作成果Z. He, T. Huang, C. Zhao, B. Teng. Protein Inference. In: Modern Proteomics: Sample Preparation, Analysis and Practical Applications, Springer, 2016
Z. He. Data mining for bioinformatics applications. WP| Elsevier, 2015
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科研项目
当前位置: 中文主页 >> 科学研究 >> 科研项目基于多重假设检验的生物网络分析, 国家自然科学基金, 2019/08/16, 进行
面向AP-MS数据的蛋白质相互作用网络推断算法研究, 国家自然科学基金, 2015/08/18, 进行
基于数据融合的蛋白质鉴定算法研究, 国家自然科学基金, 2010/09/25-2013/12/31, 完成
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