基本信息Personal Information

教授
博士生导师
硕士生导师
主要任职：无
性别：男
毕业院校：厦门大学
学位：博士
在职信息：在职
所在单位：生物工程学院
学科：物理化学 生物化工 生物工程与技术
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个人简介Personal Profile

研究领域:
计算化学与计算生物学，含量子化学、分子动力学模拟、计算机辅助药物设计。我们发展和使用这些领域的方法，研究化学和生物大分子之间以及与小分子的相互作用。探索功能分子设计，如催化剂的理性设计。研究调控生物体系过程的途径，包含机理研究、新药设计等。
研究方向:
1、生物大分子之间以及与小分子的相互作用
2、量子化学精确计算与分块化计算
3、计算机辅助药物设计
4、环境治理催化材料的理性设计和数据库建设
招生专业:
1、物理化学 (专业代码: 070304 , 在化学学院招生)
2、生物化工 (专业代码: 081703 , 在生命科学与技术学院招生)
3、生物工程与技术 (专业代码: 0831Z2 , 在生命科学与技术学院招生)
4、生物学
课题组情况：
1，在读：4名博士生，5名硕士生。
2，毕业：1名访问学者，1名博士后，6名硕士。
3，经费：1项国家自然科学基金重点项目（2016-2020）。
论文选列：
Book Chapter:
34. Zhong,S,; Oashi, T.; Yu, W.; Shapiro, P.; and MacKerell, A.D., Jr., (2012) Prospects of Modulating Protein-Protein Interactions, in Protein-Ligand Interactions, First Edition (ed Holger Gohlke), (the 53th book in the series: Methods and Principles in Medicinal Chemistry), Wiley-VCH, Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim, Germany. doi: 10.1002/**47.ch15, p295-329.
Patent:
35. Tomkinson, A.; Chen, X.; Dziegielewska, B.; MacKerell, A. D.; Zhong, S.; Wilson, G., Compounds that Inhibit Human DNA Ligases and Methods of Treating Cancer. The World Intellectual Property Organization, Patent No.: US 8,445,537 B2, Date of Patent: May 21, 2013.
Articles:
40. Yu, H.; Lu, Y.; Qiao, X.; Wei, L.; Fu, T.; Cai, S.; Wang, C.; Liu, X.; Zhong, S.; Wang, Y., Novel Cathelicidins from Pigeon Highlights Evolutionary Convergence in Avain Cathelicidins and Functions in Modulation of Innate Immunity. Sci Rep 2015, 5, 11082.
39. Li, T.; He, X.; Thomas, J. M.; Yang, D.; Zhong, S.; Xue, F.; Smith, W. W., A novel GTP-binding inhibitor, FX2149, attenuates LRRK2 toxicity in Parkinson's disease models. PLoS One 2015, 10, (3), e**.
38. Gao, J.; Yuan, W.; Kong, L.; Xiang, R.; Zhong, S., Efficient ethanol production from inulin by two-stage aerate strategy. biom. bioe. 2015, 80, 10-16.
37. Chu, Y.; Sun, L.; Zhong, S., How Y357F, Y276F mutants affect the methylation activity of PRDM9: QM/MM MD and free energy simulations. J Mol Model 2015, 21, (5), 125. 酶催化下的甲基化机理计算
36. Li, T.; Yang, D.; Zhong, S.; Thomas, J. M.; Xue, F.; Liu, J.; Kong, L.; Voulalas, P.; Hassan, H. E.; Park, J. S.; MacKerell, A. D., Jr.; Smith, W. W., Novel LRRK2 GTP-binding inhibitors reduced degeneration in Parkinson's disease cell and mouse models. Hum Mol Genet 2014, 23 (23), 6212-22.
33. Zhong, S.; Zhang, Y.; Xiu, Z., Rescoring ligand docking poses, Curr. Opin. Drug Discov. Devel., 2010, 13 (3), 326-334. 分析如何优化蛋白质与小分子结合的打分函数
32. Cerchietti, L. C.; Ghetu, A. F.; Zhu, X.; Da Silva, G. F.; Zhong, S.; Matthews, M.; Bunting, K. L.; Polo, J. M.; Fares, C.; Arrowsmith, C. H.; Yang, S. N.; Garcia, M.; Coop, A.; Mackerell, A. D., Jr.; Prive, G. G.; Melnick, A., A Small-Molecule Inhibitor of BCL6 Kills DLBCL Cells In Vitro and In Vivo. Cancer Cell, 2010, 17(4), 400-411. 从计算到获得蛋白质-小分子复合物晶体
31. Vanommeslaeghe, K.; Hatcher, E.; Acharya, C.; Kundu, S.; Zhong, S.; Shim, J.; Darian, E.; Guvench, O.; Lopes, P.; Vorobyov, I.; Mackerell, A. D., Jr., CHARMM General Force Field: A Force Field for Drug-Like Molecules Compatible with the CHARMM All-Atom Additive Biological Force Fields. J. Comput. Chem. 2010, 31 (4), 671-690. 构建了一些药物小分子的CHARMM力场
28. Zhong, S.; Barnes, E.C. and Petersson, G.A., Uniformly Convergent n-tuple-Zeta Augmented Polarized (nZaP) Basis Sets for CBS Extrapolations. I. Atomic SCF Energies. J. Chem. Phys. 2008, 129, 184116. 构建了最精确而不多耗时的量子化学基组，与Gaussian软件合作
27. Zhong, S.; Chen, X.; Zhu, X.; Dziegielewska, B.; Ellenberger, T.; Wilson, G.M.; Tomkinson, A.E.; MacKerell, Jr., A.D., Identification and validation of human DNA ligase inhibitors using computer-aided drug design, J. Med. Chem. 2008, 51(15), 4553-4562. 计算与实验配合，设计并确定了DNA链接酶的抑制剂
26. Zhong, S.; MacKerell, Jr., A.D., Pose scaling: Geometrical assessment of ligand binding poses. J. Theor. Comput. Chem. 2008, 7(4), 833-852. 一种标度方法，结合能量与几何选位 来改进小分子在蛋白质表面结合的打分函数
25. Chen, X.; Zhong, S.; Zhu, X.; Dziegielewska, B.; Ellenberger, T.; Wilson, G. M.; MacKerell, A. D., Jr.; Tomkinson, A. E., Rational design of human DNA ligase inhibitors that target cellular DNA replication and repair. Cancer Res. 2008, 68, (9), 3169-3177. 计算与实验相结合的药物设计研究
24. Zhong, S.; MacKerell, Jr., A. D. Binding response: A descriptor for selecting ligand binding site on protein surfaces. J. Chem. Inf. Model. 2007, 47 (6), 2303-2315.
(Journal Cover Figure) 一种确定蛋白质表面活性位的方法，可直接与分子对接软件配合
22. Zhong, S.; Macias, A. T.; MacKerell, A. D., Computational identification of inhibitors of protein-protein interactions. Curr. Top. Med. Chem. 2007, 7, (1), 63-82. 分析计算机辅助药物设计的各个环节，并给出了一套成熟的方案
19. Petersson, G. A.; Zhong, S. ; Montgomery, J. A.; Frisch, M. J., On the Optimization of Gaussian Basis Sets. J. Chem. Phys. 2003, 118 (3), 1101-1109. 使用多项式来优化量子化学高斯基组
18. Zhong, S.; Dadarlat, V. M.; Glaeser, R. M.; Head-Gordon, T.; Downing, K. H, Modeling chemical bonding effects for protein electron crystallography: the Transferable Fragmental Electrostatic Potential (TFESP) Method. Acta Crystallogr. A 2002, 58, 162-170. 发展了分块化方案来计算蛋白质的分子静电势，以改进电子衍射构建的蛋白质结构模型
17. Wu, W.; Zhong, S.; Shaik, S., VBDFT(s): a Huckel-type semi-empirical valence bond method scaled to density functional energies. Application to linear polyenes. Chem. Phys. Lett. 1998, 292, (1-2), 7-14. 用密度泛函理论的能量来标度的一种价键理论方法
15. Zhong, S.; Wang, Y.; Zhang, Q., Analogy between real irreducible tensor operator and molecular two-particle operator. Theor. Chem. Acc. 1997, 96, (2), 135-139. 把不可约张量算子技巧用于量子化学双电子分子积分
14. Zhong, S.; Liu, C., Possible binding modes for dinitrogen activation by the FeMo-cofactor in nitrogenase. Polyhedron 1997, 16, (4), 653-661. 探索固氮酶辅基固氮活化的模式
13. Zhong, S. ; Liu, C., Stability of X4Y24q (X=C, Si; Y=B, Al, C, Si, N, P; q=-4 to 4) and C28X4 (X=H, F, Cl, Br, I). J. Mol. Struc-Theochem. 1997, 392, 125-136. 混杂团簇小分子的稳定性
12. Shi, J.; Wen, T.; Zheng, Y.; Zhong, S. ; Wu, D.; Liu, Q.; Kang, B.; Wu, B.; Mak, T. C. W., Palladium complexes with simultaneous O:S coordination, syntheses, structures and characterization of complexes with 2-mercaptophenol or 2-mercaptopyridine N-oxide. Polyhedron 1997, 16, (3), 369-375. 计算与实验相结合研究过渡金属原子配合物
11. Zhong, S. ; Wang, Y.; Zhang, Q., Symmetry reduction of the matrix elements of a two-particle operator. Int. J. Quantum Chem. 1996, 60, (4), 833-841. 利用分子对称性简化量子化学双电子分子积分的计算
10. Zhong, S. ; Wang, Y.; Zhang, Q., Real irreducible tensorial sets. Int. J. Quantum Chem. 1996, 59, (3), 173-182 建立了不可约张量集的实基体系，用于构造量子化学中的轨道
教育经历Education Background
工作经历Work Experience
1990.91994.3
厦门大学
化学
博士
1985.91988.7
吉林大学
化学
硕士
1979.91983.7
兰州大学
化学
学士
2011.11至今
大连理工大学生命科学与技术学院
科研教学 教授
1996.61999.2
厦门大学网络计算中心
计算科学 副教授
1994.61996.5
中科院福建物质结构研究所
计算化学 博士后

研究方向Research Focus
社会兼职Social Affiliations

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基本信息Personal Information

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研究领域

量子化学、分子动力学模拟、计算机辅助药物设计，发展方法和应用研究。

论文成果 More>>

解昭,钟世钧.探究Pd掺杂Au、Ag、Cu、Ni团簇的稳定性[A],第十一届全国环境催化与环境材料学术会议,2018,1
钟世钧.Assessment of The Peptide-Protein Binding Performances[A],第二届世界华人计算生物和分子模拟大会,2018
钟世钧.分子间静电相互作用能的计算:用分子静电势还是原子电荷[A],中国化学会第31届学术年会,2018
卢晓琴,钟世钧.分子间相互作用计算:重新参数化的B3LYP杂化泛函[A],2017,75-75
刘权,钟世钧.絮凝蛋白柔性loop运动的分步模拟方法[A],2017,1-1
巩梦雪,钟世钧.分子静电势计算以及对分子间静电相互作用能的影响[A],2017,1-1

专利

Compounds that Inhibit Human DNA Ligases and Methods of Treating Cancer

著作成果

Methods and Principles in Medicinal Chemistry | Protein-Ligand Interactions | Prospects of Modulating Protein-Protein Interactions

科研项目

优化细胞自絮凝强化生物炼制生产强度和产物浓度及生物量低成本采收, 国家自然科学基金项目, 2015/11/19, 进行

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论文成果

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[1]解昭,钟世钧.探究Pd掺杂Au、Ag、Cu、Ni团簇的稳定性[A],第十一届全国环境催化与环境材料学术会议,2018,1
[2]钟世钧.Assessment of The Peptide-Protein Binding Performances[A],第二届世界华人计算生物和分子模拟大会,2018
[3]钟世钧.分子间静电相互作用能的计算:用分子静电势还是原子电荷[A],中国化学会第31届学术年会,2018
[4]卢晓琴,钟世钧.分子间相互作用计算:重新参数化的B3LYP杂化泛函[A],2017,75-75
[5]刘权,钟世钧.絮凝蛋白柔性loop运动的分步模拟方法[A],2017,1-1
[6]巩梦雪,钟世钧.分子静电势计算以及对分子间静电相互作用能的影响[A],2017,1-1
[7]Gao, Jiaoqi,Feng, Hualiang,Yuan, Wenjie,Li, Yimin,Hou, Shengbo,Zhong, Shijun,Bai, Fengwu.Enhanced fermentative performance under stresses of multiple lignocellulose-derived inhibitors by overexpression of a typical 2-Cys peroxiredoxin from Kluyveromyces marxianus[J],BIOTECHNOLOGY FOR BIOFUELS,2017,10(1):79
[8]钟世钧.呈现蛋白质构象转变的插值旋转优化方法[A],第14届全国计算(机)化学学术会议,2017
[9]袁文杰,钟世钧.Enhanced fermentative performance under stresses of multiple lignocellulose-derived inhibitorsby overexpression of a typical 2-Cys peroxiredoxin from Kluyveromyces marxianus[J],Biotechnology for Biofuels,2017,10:79-92
[10]Gao, Jiaoqi,Yuan, Wenjie,Li, Yimin,Bai, Fengwu,Zhong, Shijun,Jiang, Yu.Application of redox potential control to improve ethanol productivity from inulin by consolidated bioprocessing[J],PROCESS BIOCHEMISTRY,2016,51(10):1544-1551
[11]武希箭,钟世钧.分子动力学方法研究菊粉水解过程[A],2016,1-1
[12]符婷婷,钟世钧.一种逐步增长肽段的柔性对接过程[A],2016,1-1
[13]高彧辉,钟世钧.酵母絮凝蛋白和甘露糖与葡萄糖结合的模式与途径[A],2016,1-1
[14]钟世钧,巩梦雪,孙璐,卢晓琴,崔娟.新型nZaP高斯基组的一些应用[A],2016,1-1
[15]崔娟,钟世钧.提高能量精度的nZaP基组及其CBS外推方案[A],2016,1-1
[16]卢晓琴,钟世钧.提高B3LYP能量精度的nZaP辅助基组[A],2016,1-1
[17]黄梦楠,钟世钧.α-葡萄糖苷酶抑制剂的虚拟筛选和分子动力学模拟[A],2016,1-1
[18]孙璐,钟世钧.利用化学相似性和分子对接方法寻找LRRK2的抑制剂[A],2016,1-1
[19]赵丹,孙璐,钟世钧.PTP1B抑制剂的结合模式与虚拟筛选[A],2016,1-1
[20]钟世钧.一种逐步增长肽段的柔性对接过程(学生符婷婷论文)[A],中国化学会第30届学术年会,2016
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Compounds that Inhibit Human DNA Ligases and Methods of Treating Cancer
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计算化学与计算生物学 /2019-2020 /春学期 /2.0学分 /**
计算化学与计算生物学 /2019-2020 /春学期 /32课时 /2.0学分 /**
生物信息学(双语) /2019-2020 /秋学期 /32课时 /2.0学分 /**
生物信息学(双语) /2019-2020 /秋学期 /32课时 /2.0学分 /**
计算化学与计算生物学 /2018-2019 /春学期 /32课时 /2.0学分 /**
生物信息学(双语) /2018-2019 /秋学期 /32课时 /1.5学分 /**

教学成果

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本科生课程

课程名称学年学期学时学分课程号 计算化学与计算生物学 2019-2020 春学期 - 2 ** 生物信息学(双语) 2019-2020 秋学期 32 2 ** 生物信息学(双语) 2019-2020 秋学期 32 2 ** 生物信息学(双语) 2018-2019 秋学期 32 1.5 ** 生物信息学(双语) 2017-2018 秋学期 32 1.5 **

研究生课程

课程名称学年学期学时学分课程号 计算化学与计算生物学 2019-2020 春学期 32 2 ** 计算化学与计算生物学 2018-2019 春学期 32 2 ** 计算化学与计算生物学 2017-2018 春学期 32 2 **

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