食品工程系是从事食品科学与工程及制冷与空调领域教学与科研的工程系，其中食品科学与工程专业的前身为水产品加工专业。水产品加工专业是1952年建校伊始就成立了，多年来，为国家培养了大量的专业人才，1993年食品与工程专业升为本科，1997年水产品加工及贮藏工程成为校级重点学科，2000年水产品加工及贮藏工程硕士点成立，并开始招生。

　　食品工程系现有二个本科专业，一个硕士点，一个学科，一个食品工程研究所。其中食品科学与工程专业主要培养具备化学、生物学、食品工程技术知识，能在食品领域内从事食品生产技术管理、品质管理、产品研发、科学研究、工程设计等方面工作的工程技术人才。掌握先进的科学技术，促进水产品生产从数量型向质量型转变，掌握国际食品先进管理经验和质量标准，把水产品精深加工作为提高水产品价值的主要途径。热能与动力工程专业制冷与空调方向主要培养具备制冷与低温技术、空调工程及热能工程技术知识，能在制冷及空调行业及相关领域内从事系统开发及设计、设备研发及制造、工程设计及施工管理、实验研究、营销等方面的高级工程技术人才。

　　水产品加工及贮藏工程学科主要以水生生物资源利用，水产食品科学，水产品贮藏工程为研究方向，以现代生物化学、生物技术以及先进的加工技术等为研究方法，为水产原料的高效利用提供科学依据。

　　多年来，食品工程的教研人员积极投入教学与科研工作，已完成省、部、市级科研项目多项，其中①农业部项目“节水高效冻品解冻装置研究”，于1997年获农业部科技进步三等奖，②与美国阿拉斯加大学合作项目“水产干品研究”，项目来源——theu.s.departmentofcommerce，noaa，saltonstall-kennedygrantprogram.awardna76fd0041，于1998年9月完成，得到了合作各方和美国渔业局的好评。③辽宁省科技厅项目“利用贝类加工副产品制造水解动物蛋白的研究”，于2001年8月通过省科技厅组织的专家鉴定，研究成果居国内领先水平。该课题于2002年9月获得辽宁省科技进步三等奖。④辽宁省科技厅项目“低值鱼类深加工利用技术研究”，已于2002年4月通过省科技厅组织的专家鉴定，鉴定结果为国内领先水平。目前仍承担着国家、省、市级、国际合作项目十多项，拥有科研经费350多万元，拥有仪器、设备总产值350余万元。