姓 名 张林 性 别 女
出生年月 1981年10月 籍贯 海安
民 族 汉族 政治面貌 中共党员
最后学历 博士研究生 最后学位 工学博士
技术职称 副教授 导师类别 博、硕导
行政职务 Email lin.zhang@cumt.edu.cn
工作单位 中国矿业大学 邮政编码 221116
通讯地址 江苏省徐州市大学路1号
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个人简介
张林，博士/博士后，副教授，博/硕士生导师。
主要从事人工智能领域的相关研究，主要研究工作集中在开发和利用深度学习、统计学习、推荐系统、信息处理等方法对生物领域中产生的各种大数据进行分析、处理、整合，从而对相关生物学领域的重要问题进行探索和研究。研究领域包括RNA甲基化数据处理、特征基因识别、多组学大数据整合等。这些研究方向是近年来信息科学、生命科学等诸多领域交叉研究的前沿和热点，具有重要的理论意义和实际指导意义。目前，主持和参与国家、省部级、校内、校企合作等科研项目近10项。在国内外学术期刊和国际会议上发表学术论文30余篇，其中SCI检索20余篇。单篇最高影响因子11.561，单篇最高引用85次。担任多家学术期刊和国家自然科学基金评审工作。出版专著3部。获得国家级奖励2项。
主要研究方向：
深度学习、人工智能、大数据分析处理及预测、数字信号处理。
硕士招生：
欢迎硕士研究生保送、报考，及优秀本科生实习！英语读写能力强，数学建模、程序设计有经验者优先考虑！
联系方式：
手机/微信：**
电子邮箱：lin.zhang@cumt.edu.cn

获奖、荣誉称号
2013，“机器学习理论及其在复杂系统分析与控制中的应用”获教育部自然科学奖二等奖，排名7，证书编号：2013-071；
2014,“生物信息学中的数据挖掘方法及应用”获中国电子学会自然科学类三等奖，排名3

社会、学会及学术兼职
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics审稿
BMC Genomics审稿
Frontiers in Genetics期刊审稿
《电子学报》、《生物信息学》期刊审稿
ICIC、ICMLC、GENSIPs国际会议审稿
IEEE会员
中国电子学会会员
中国自动化学会会员
江苏省人工智能学会会员
中国人工智能学会会员
江苏省生物医学工程学会会员

研究领域
1. 深度学习、机器学习、统计学习
2. 大数据分析处理及预测、信号与信息处理
3. 嵌入式系统设计

科研项目
1. 基于DNA甲基化微阵列的DPMM的构建及生物标记发现策略的研究，（2010.1-2013.1），中国矿业大学青年科研基金
2. 多组学融合的卵巢癌诊断分型方法研究，（2012.5-2014.5），中国博士后基金面上资助项目
3. 多组学融合的癌症特征基因稀疏挖掘方法研究，（2014.1-2017.12），中国矿业大学青年科研基金
4. 基于基因调控的miRNA 靶标预测算法研究，（2013.1-2015.12），青年科学基金
5.基于非参数贝叶斯推断的RNA甲基化谱分解及关键致病酶基因的预测，（2016.1-2018.12）国家自然科学基金青年项目
6.MeRIP-seq高通数据处理及复杂疾病相关多组学关联预测，（2020.1-2023.12）国家自然科学基金面上项目

发表论文
在内外学术期刊和国际会议上发表学术论文40余篇，其中SCI检索30余篇。单篇最高影响因子10.126，单篇最高引用69次。部分代表性论文如下：
期刊论文：
[1] Lin Zhang, Shutao Chen，Jiani Ma，Zhaoyang Liu, Hui Liu*. REW-ISA V2: a biclustering method fusing homologous information for analyzing and mining epi-transcriptome data，Frontiers in Genetics, 2021，（JCR3区，中科院3区，IF：3.26）
[2] Jiani Ma, Hui Liu, Shutao Chen, Lin Zhang*. A Brief Review of RNA Modification Related Database Resources. Methods,（JCR1区，中科院2区，IF：3.812）
[3] Lin Zhang, Jin Chen, Jiani Ma, Hui Liu*. A Deep Learning Approach for m7G Site Disease Association Prediction，Frontiers in Genetics，2021（JCR3区，中科院3区，IF：3.26）
[4] 张林，张雪利，路霖，刘辉. 基于改进的残差U型神经网络的重叠染色体分割方法. 重庆邮电大学学报.
[5] Jiani Ma, Lin Zhang*, Jin Chen, Bowen Song, Chenxuan Zang and Hui Liu. m7GDisAI: N7-methylguanosine(m7G) Sites and Diseases Associations Inference Based on Heterogeneous Network. BMC Bioinformatics，2021（JCR1区，中科院2区，IF：3.242）
[6] Shutao Chen, Lin Zhang*, Lin Lu, Jia Meng and Hui Liu. FBCwPlaid: A Functional Bi-clustering Analysis of Epi-transcriptome Profiling Data via a Weighted Plaid Model. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2021（JCR1区，中科院2区，IF：3.015）
[7] Lin Zhang, Shutao Chen, Jia Meng, Hui Liu*. REW-ISA: Unveiling local functional blocks in epi-transcriptome profiling data via an RNA expression-weighted iterative signature algorithm. BMC Bioinformatics, 2020, 21:447 （JCR1区，中科院2区，IF：3.242）
[8] Lin Zhang, Yanling He, Haiting Song, Xuesong Wang, Nannan Lu, Lei Sun, Hui Liu*. Elastic Net Regularized Softmax Regression Methods for Multi-subtype Classification in Cancer. Current Bioinformatics, 2020, 15(3):212-224（JCR2区，中科院4区，IF：2.068）
[9] Xiangyu Wu, Zhen Wei, Kunqi Chen, Qing Zhang, Jionglong Su, Hui Liu, Lin Zhang*, Jia Meng*. m6Acomet: large-scale functional prediction of individual m6A RNA methylation sites from an RNA co-methylation network. BMC Bioinformatics, 2019, 20:223(SCI, 中科院2区，IF：2.511)
[10] Lin Zhang, Yanling He, Huaizhi Wang, Hui Liu*, Yufei Huang, Xuesong Wang, Jia Meng*. Clustering Count-Based RNA Methylation Data Using a Nonparametric Generative Model. Current Bioinformatics, 2019, 14(1):11-23.(SCI, 中科院4区，IF：0.6)
[11] Jian Liu, Yuhu Cheng, Xuesong Wang, Lin Zhang, Z. Jane Wang. Cancer Characteristic Gene Selection via Sample Learning Based on Deep Sparse Filtering. Scientific Reports, 2018,8(1): 8270. (SCI, 中科院3区，IF：4.259)
[12] Hui Liu, Yan Zhao, Lin Zhang, Xing Chen*. Anti-cancer drug response prediction using neighbor-based collaborative filtering with global effect removal. Molecular Therapy-Nucleic Acids, 2018, 13(12): 303-311. (SCI, 中科院2区，IF：5.660)
[13] Lin Zhang, Xing Chen, Nana Guan, Hui Liu, Jianqiang Li. A hybrid interpolation weighted collaborative filtering method for anti-cancer drug response prediction. Frontiers in Pharmacology, 2018, 9(9): 1017. (SCI, 中科院2区，IF：3.831)
[14] Tapsya Nayak, Tinghe Zhang, Zijing Mao, Xiaojing Xu, Lin Zhang, Daniel J.Pack, Bing Dong, Yufei Huang. Prediction of Human Performance Using Electroencephalography under Different Indoor Room Temperatures. Brain Science, 2018, 8(4):74.
[15] Teng Zhang, Shao-wu Zhang, Lin Zhang, Jia Meng. Trumpet: Transcriptome-guided quality assessment of m6A-seq data. BMC Bioinformatics, 2018,19(1):1471-2105. (SCI, 中科院2区，IF：2.448)
[16] Hui Liu, Huaizhi Wang, Zhen Wei, Songyao Zhang, Gang Hua, Shao-Wu Zhang, Lin Zhang, Shou-Jiang Gao, Jia Meng, Xing Chen1, and Yufei Huang. MeT-DB V2.0: elucidating context-specific functions of N6-methyl-adenosine methyltranscriptome [J]. Nucleic Acids Research, 2018, Vol. 46: D281–D287. (SCI, 中科院1区，IF：10.126)
[17] Xing Chen*, Ya-Zhou Sun, Hui Liu, Lin Zhang*, Jian-Qiang Li*, Jia Meng. RNA methylation and diseases: experimental results, databases, Web servers and computational models [J]. Briefings in Bioinformatics, 2017,1-22. (SCI, 中科院1区，IF：5.134)
[18] Brandon Tan, Hui Liu, Songyao Zhang, Suzane Ramos da Silva, Lin Zhang, Jia Meng, Xiaodong Cui, Hongfeng Yuan, Océane Sorel, Shao-Wu Zhang, Yufei Huang, Shou-Jiang Gao. Viral and cellular N6-methyladenosine and N6,2′-O-dimethyladenosine epitranscriptomes in the KSHV life cycle [J]. Nature Microbiology, 2018, 3: 108-120.(SCI, Nature子刊)
[19] Jian Liu, Yuhu Cheng, Xuesong Wang, Lin Zhang, Hui Liu. An Optimal Mean Based Block Robust Feature Extraction Method to Identify Colorectal Cancer Genes with Integrated Data. Scientific Reports, 2017.(SCI, 中科院3区，IF：4.259)
[20] Lin Zhang, Hui Liu, Yufei Huang, Xuesong Wang，Yidong Chen, Jia Meng. Cancer Progression Prediction Using Gene Interaction Regularized Elastic Net [J]. IEEE Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2017, 14(1):145-154. (SCI, 中科院2区，IF：1.955)
[21] Xiaodong Cui, Wei Zhen, Lin Zhang, Hui Liu, Lei Sun, Shaowu Zhang, Yufei Huang, Jia Meng. Guitar: An R/Bioconductor Package for Gene Annotation Guided Transcriptomic Analysis of RNA-Related Genomic Features. BioMed Research International, 2016:**. (SCI, 中科院3区，IF：2.476)
[22] Yuchen Zhang, Shao-Wu Zhang, Lian Liu, Lin Zhang, Hui Liu, Xiaodong Cui, Yufei Huang, and Jia Meng. Spatially enhanced differential RNA methylation analysis from affinity-based sequencing data with hidden Markov model. BioMed Research International, 2015:852070. (SCI, 中科院3区，IF：2.476)
[23] Xiaodong Cui, Lin Zhang, Jia Meng, Manjeet K.Rao, Yidong Chen, Yufei Huang. MeTDiff: a Novel Differential RNA Methylation Analysis for MeRIP-Seq Data[J]. IEEE Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2015, pp(99):1-1 (SCI, 中科院3区，IF：1.955)
[24] Lian Liu, Shaowu Zhang, Yuchen Zhang, Hui Liu, Lin Zhang, Runsheng Chen, Yufei Huang and Jia Meng. Clustering of RNA methylome reveals regulatory factors of epitranscriptome[J]. Molecular Biosystem, 2015, 11(1): 262–274. (SCI, 中科院3区，IF：2.781)
[25] Lei Sun, Hui Liu, Lin Zhang, Jia Meng. lncRScan-SVM_ A Tool for Predicting Long Non-Coding RNAs Using Support Vector Machine [J]. PLOS ONE 10(10), 2015. (SCI, 中科院3区，IF：2.806)
[26] Lian Liu, Shaowu Zhang, Yuchen Zhang, Hui Liu, Lin Zhang, Runshen Chen, Yufei Huang, Jia Meng. Decomposition of RNA methylome reveals co-methylation patterns induced by latent enzymatic regulators of epitranscriptome[J]. Molecular BioSystems, 2014, 11(1) (SCI, 中科院3区，IF：2.781)
[27] Hui Liu, Mario A Flores, Jia Meng, Lin Zhang, Xinyu Zhao, Manjeet K. Rao, Yidong Chen, and Yufei Huang. MeT-DB: a database of transcriptome methylation in mammalian cells [J]. Nucleic Acids Research, 2015, 43: D197-203.(SCI, 中科院1区，IF：10.126)
[28] Jia Meng, Zhiliang Lu, Hui Liu, Lin Zhang, Shaowu Zhang, Yidong Chen, Manjeet K. Rao, Yufei Huang. A protocol for RNA methylation differential analysis with MeRIP-Seq data and exomePeak R/Bioconductor package [J]. Methods. 2014 Jun 27. pii: S1046-2023(14). (SCI, 中科院2区，IF：2.002)
[29] 孙磊, 张林, 刘辉*. 基于RNA-Seq的长非编码RNA预测[J]. 生物化学与生物物理进展. 2012, 39(12): 1156~1166. (SCI, 中科院4区，IF：0.571)
[30] Lin Zhang, Jia Meng, Hui Liu, Yufei Huang. A nonparametric Bayesian approach for clustering bisulfate-based DNA methylation profiles [J]. BMC Genomics, 2012. (SCI, 中科院2区，IF：4.21)
[31] 张林, 刘辉. DNA甲基化微阵列的非参数贝叶斯聚类算法[J]. 自动化学报.2012. (EI)
[32] 张林, 刘辉. Dirichlet过程混合模型的聚类算法[J]. 中国矿业大学学报. 2012.1. (EI)
[33] 张林, 刘辉. 基于Dirichlet过程无限混合模型的基因表达数据聚类算法[J]. 统计与决策. 2012
[34] 张林, 徐钊, 刘辉. 煤矿网络传输层平台的跨环传输方法研究[J]. 中国矿业大学学报.2010,39(6). (EI)
[35] Jianqiu Zhang, Xiaobo Zhou, Honghui Wang, Anthony Suffredini, Lin Zhang, Yufei Huang, Stephen T. C. Wong. Bayesian peptide peak detection for high resolution TOF mass spectrometry [J]. IEEE Transactions on Signal Processing, 2010,58(11): 5883-5894 (SCI, 中科院2区，IF：2.651)
[36] Hui Liu, Dong Yue, Lin Zhang, Yidong Chen, Shou-Jiang Gao and Yufei Huang. A Bayesian Approach for Identifying miRNA Targets by Combining Sequence Prediction and Gene Expression Profiling. BMC Genomics 2010, 12, Suppl. 3, S12. (SCI, 中科院2区，IF：4.21)
[37] 刘辉, 张林, 徐钊. 基于机器学习的miRNA靶标预测方法. 中国科技论文在线精品论文.Vol.1(10)2008.9

会议论文：
[1] Lin Zhang, Jia Meng, Hui Liu, Xiaodong Cui, Shaowu Zhang, Yidong Chen and Yufei Huang. Detecting differentially methylated mRNA from MeRIP-Seq with likelihood ratio test[C]. Signal and Information Processing (GlobalSIP), 2014 IEEE Global Conference on, 2014. Atlanta, Georgia, USA 1368-1371
[2] Yu-Chen Zhang, Shao-Wu Zhang, Lian Liu, Lin Zhang, Hui Liu, Xiaodong Cui, Yufei Huang, Jia Meng. Differential analysis of RNA methylome with improved spatial resolution. Signal and Information Processing (GlobalSIP), 2014 IEEE Global Conference on, 2014. Atlanta, Georgia, USA 1372-1375
[3] Lin Zhang, Hui Liu, Jia Meng, Xuesong Wang，Yidong Chen，Yufei Huang. Integration of gene expression, genome wide DNA methylation and gene networks for clinical outcome prediction in ovarian cancer [C]. BIBM, 2013. Shanghai, China
[4] Jia Meng, Xiaodong Cui, Hui Liu, Lin Zhang, Shaowu Zhang, Manjeet K. Rao, Yidong Chen, Yufei Huang. Unveiling the dynamics in RNA epigenetic regulations [C]. BIBM, 2013. Shanghai, China
[5] Lin Zhang, Hui Liu, Tzu-Hung Hsiao, Yidong Chen, Yufei Huang. An investigation of clinical outcome prediction from integrative genomic profiles in ovarian cancer[C]. GENSIPs, 2012. Washington DC, U.S.A.
[6] Lin Zhang, Jia Meng, Hui Liu, Yufei Huang. Beta Dirichlet Process Mixture Model Based Clustering of DNA Methylation Array Data [C]. 45th Asilomar Conference on Signals, Systems and Computers, 2011. Pacific Grove, California, U.S.A.
[7] Lin Zhang, Jia Meng, Hui Liu, Yufei Huang. Clustering DNA Methylation Expressions Using Nonparametric Beta Mixture Model [C]. GENSIPs, 2011. San Antonio, Texas, U.S.A. (Ei) 302
[8] Lin Zhang, Hui Liu, Hui He, Qi-long Sun. Fuzzy C-means Clustering Algorithm based on K-L divergence[C]. IEEE International Conference on Computers, Communications, Control and Automation 2011. Hongkong, P.R.C.
[9] Lin Zhang, Hui Liu, Dong Yue, Hui He, Yufei Huang. miRNA Target Prediction Method Based on the Combination of Multiple Algorithms. Proceedings of International Conference on Intelligent Computing, 2010. Changsha, Hunan, P.R.C. 258-265 (Ei Compendex, 427)
[10] Zhang Lin. Inter-ring transmission method in Mine Next Generation Network-Transmission Layer Platform. Procedia Earth and Planetary Science[C], v1, n1, 2009：1367-1374. Xuzhou, Jiangsu, P.R.C.(Ei Compendex, 962)
[11] Lin Zhang, Jianqiu Zhang, Yufei Huang, Xiaobo Zhou. A novel feature selection and disease classification algorithm using probabilistic information of peptide peaks in MALDI prOTOF data. 56th ASMS conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, 2008,6. Denver, Colorado, U.S.A.
[12] Lin Zhang, Jianqiu Zhang, Xiaobo Zhou, Honghui Wang, Yufei Huang, Hui Liu, Stephen Wong. Feature selection and classification of prOTOF data based on soft information. Proceedings of the 7th International Conference on Machine Learning and Cybernetics, v 7, 2008：4018-4023.Kunming, Yun-nan, P.R.C. （Ei Compendex，707）
[13] Zhang Lin, Xu Zhao, Yuan Wei-Chen. Study on key technology of digital mine integrated transmission platform. Proceedings of the 2007 International Conference on Information Acquisition, 2007：75-78. Jeju City, Korea (Ei Compendex，073)

出版专著和教材
1. 王雪松，程玉虎，张林. 生物信息学中的机器学习分析方法. 南京：科学出版社，2014.11
2. 张林，刘辉. 矿区下一代网络体系结构和传输层关键技术研究. 徐州：中国矿业大学出版社，2016.5
3. 刘辉，张林. miRNA靶标预测的系统生物学方法研究. 徐州：中国矿业大学出版社，2016.5

科研创新
发明专利：
基于环标识路由的弹性分组环多环互连传输方法．（专利号：7）
基于可变形U型网络的重叠染色体分割方法.（专利申请号：5.X）
基于多尺度特征提取的重叠染色体分割网络.（专利申请号：2.6）
软件著作权：
无参数贝叶斯贝塔混合模型聚类分析软件（2014SR035286）
基于权重的ISA模型聚类分析软件（2020SR**）
基于词嵌入的NN模型细胞药物响应预测软件（2020SR**）
基于可变形卷积的重叠染色体分割软件（2020SR**）
多尺度重叠染色体分割网络软件（2020SR**）
基于集成深度学习方法的mRNAm6A位点预测软件（2020SR**）
基于残差胶囊网络模型图像分类软件（2020SR**）
基于受限玻尔兹曼机的药物响应预测算法软件（2021SR**）


教学活动
主讲本科生课程：
《数字信号处理》
《DSP原理及应用》
《电工技术与电子技术》
主讲研究生课程：
《信息处理技术与应用》
《大数据分析处理及预测》
《高等数字信号处理》
《深度学习及应用》
主持教改项目：
“数字信号处理”双语教学课程建设的研究与实践
数字信号处理“动力中国·课程思政”示范项目
基于OBE的《电工技术与电子技术》多元化教学改革与实践
基于人工智能的信息学科硕士研究生创新能力培养研究与改革


指导学生情况
已毕业研究生：4人
在读研究生：10人