姓 名 陈兴 性 别 男
出生年月 1984年11月 籍贯 安徽巢湖市
民 族 汉族 政治面貌 民盟
最后学历 博士研究生毕业 最后学位 理学博士
技术职称 教授 导师类别 博、硕导
行政职务 副院长 Email xingchen@cumt.edu.cn
工作单位 中国矿业大学 邮政编码 221116
通讯地址 江苏省徐州市大学路1号中国矿业大学南湖校区
单位电话
个人主页 http://www.escience.cn/people/xingchen/index.html


个人简介
请报考控制科学与工程专业硕士研究生和博士研究生的同学务必提前与我取得联系，xingchen@cumt.edu.cn
陈兴，中国矿业大学教授、博士生导师（均31岁时直接破格，2016-至今），2019、2020年连续当选科睿唯安全球高被引科学家，2017年全球排名前十万科学家（排名全球第12060位），斯坦福大学发布的世界前2%科学家，中国矿业大学人工智能研究院副院长，中国矿业大学生物信息研究所所长，中国矿业大学人工智能研究院大数据研究中心主任，中国矿业大学首批越崎****，江苏省六大人才高峰高层次人才，中国工业与应用数学学会数学生命科学专业委员会秘书长，中国计算机学会生物信息学专业委员会委员，中国人工智能学会青年工作委员会委员，中国自动化学会智能健康与生物信息专业委员会委员，江苏省双创团队核心成员。担任中科院一区杂志IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics（影响因子5.223）、JCR一区杂志Journal of Cellular and Molecular Medicine (影响因子4.658)、中科院二区杂志BMC Bioinformatics(影响因子2.213)、中科院二区杂志BMC Systems Biology(影响因子2.605)、SCI杂志Interdisciplinary Sciences-Computational Life Sciences(影响因子0.796)四家SCI杂志副主编，担任International Journal of Molecular Sciences（影响因子4.183）、International Journal of Biological Sciences（影响因子4.067）、Briefings in Functional Genomics（影响因子3.133）、Scientific Reports（影响因子4.122）、Current Protein & Peptide Science (影响因子2.696）、Current Gene Therapy（影响因子2.218）、Current Proteomics (影响因子0.606）、Current Bioinformatics(影响因子0.54）八家SCI杂志编委，担任JCR一区杂志Frontiers in Microbiology（影响因子4.019）、International Journal of Molecular Sciences（影响因子3.687）、Current Topics in Medicinal Chemistry（影响因子3.374）等六家SCI杂志首席特约编委。担任国际生物信息学会议ISB 2012, ISB 2013, ISB 2014, TBC 2014, ISB 2016, ISBRA 2017, ISB 2017, ISBRA 2018, ISBRA 2019, BIBM 2019, CBC 2019, APBC 2020，ISBRA 2020, BIBM 2020的程序委员会成员。陈兴从事生物信息学和系统生物学领域的相关研究，主要研究工作集中在开发和利用复杂网络、机器学习、深度学习、图论、组合数学等方法对于复杂疾病、非编码RNA和网络药理学方面的系统生物学领域的多个重要问题进行探索和研究，并取得一系列重要进展。研究方向包括致病基因识别、microRNA与疾病关系预测、疾病相关的非编码RNA-环境因子组合作用预测、lncRNA与疾病关系研究、非编码RNA大规模功能类似性网络构建、疾病-微生物关联预测研究、药物靶点预测、药物组合研究、蛋白质相互作用预测等。这些研究方向是近年来数学、计算机科学和生命科学等诸多领域交叉研究的前沿和热点，具有很重要的理论意义和实际指导意义。至今在Bioinformatics (影响因子5.481，5篇，数学与计算生物学中科院一区，4篇第一作者，5篇通讯作者)、PLoS Computational Biology(影响因子4.428, 6篇，数学与计算生物学中科院一区，4篇第一作者，5篇通讯作者)、Nucleic Acids Research (影响因子11.561, 2篇，生物大类中科院一区，生化与分子生物学中科院一区，1篇通讯作者) 、Briefings in Bioinformatics (影响因子9.101，9篇，生物大类中科院一区，数学与计算生物学中科院一区，生化研究方法中科院一区，均为通讯作者，7篇第一作者)等国际期刊发表SCI论文119篇，其中第一作者55篇, 通讯作者99篇。以一作或通讯发表中科院一区论文21篇，以一作或者通讯发表中科院二区以上论文61篇。发表论文被Nature Reviews Genetics、Nature Chemistry、Nature Reviews Endocrinology等国际著名杂志引用共计3050次，14篇论文入选最新一期ESI高被引论文，其中被影响因子5以上杂志他引400余次，H-因子为29，20篇论文引用次数超过50，8篇论文引用次数超过100，单篇最高引用次数为441，曾获教育部高等学校科学研究优秀成果奖自然科学奖二等奖、江苏省科学技术奖三等奖、江苏省教育教学与研究成果奖高校自然科学研究类一等奖、中国自动化学会自然科学奖二等奖、2019和2020年连续两年的科睿唯安全球高被引科学家、2017年全球排名前十万科学家（排名全球第12060位）、斯坦福大学发布的世界前2%科学家、中国矿业大学首批越崎****、江苏省第十四批“六大人才高峰”高层次人才、国际网络博弈论大会最佳论文奖、第七届图论与组合算法国际研讨会"青年论文奖" 二等奖、第四届世界华人数学家大会新世界数学奖、第六届淮海科学技术奖—科技英才奖、2016—2017年度徐州市自然科学优秀学术论文二等奖、2018沈阳市自然科学学术成果奖二等奖、第六届徐州市优秀科技工作者、2018-2019年度中国矿业大学“科研育人”先进个人、中科院数学院院长奖学金等荣誉，主持或以骨干身份参与国家自然科学基金重点项目（2项，1项为子课题负责人）、国家自然科学基金重大研究计划、国家自然科学基金面上项目（主持2项）、国家自然科学基金青年基金、国家自然科学基金专项基金项目数学天元基金、江苏省第十四批“六大人才高峰”高层次人才项目、江苏省“双创计划”团队项目、中国科学院国家数学与交叉科学中心数学与生物医学交叉研究部重大专项、中国矿业大学越崎****人才引进项目、中国矿业大学重大项目培育专项、中国矿业大学学科前沿科学研究专项面上项目、中国矿业大学优秀****专项、广东省移动互联网应用中间件工程技术研究中心开放课题、深圳大学大数据系统计算技术国家工程实验室开放课题、深圳大学深圳移动互联网应用中间件技术工程实验室开放课题等21项重要项目。担任国际知名生物信息学杂志《Nature Communications》、《Nucleic Acids Research》、《Bioinformatics》、《PLoS Computational Biology》、《Briefings in Bioinformatics》、《Chemical Communications》、《EBioMedicine》、《European Journal of Human Genetics》、《Journal of Molecular Biology》、《Molecular Therapy》、《RNA》、《RNA Biology》、《Oncotarget》、《BMC Genomics》、《Journal of Chemical Information and Modeling》、《Molecular Therapy-Nucleic Acids》、《Scientific Reports》、《Knowledge-Based Systems》、《IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics》、《Frontiers in Microbiology》、《Journal of Cellular and Molecular Medicine》、《Biomedicine & Pharmacotherapy》、《International Journal of Biological Sciences》、《Frontiers in Bioengineering and Biotechnology》、《International Journal of Oncology》、《Frontiers in Genetics》、《Molecular BioSystems》、《PLoS ONE》、《BMC Bioinformatics》、《BMC Systems Biology》、《International Journal of Molecular Sciences》、《Journal of Biomedical Informatics》、《IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics》、《Computational and Structural Biotechnology Journal》、《Carcinogenesis》、《Molecular Genetics and Genomics》、《Genes》、《Expert Opinion On Drug Metabolism and Toxicology》、《Computer Methods and Programs in Biomedicine》、《Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems》、《Molecular Therapy - Methods & Clinical Development》、《Cells》、《Artificial Intelligence in Medicine》、《Frontiers in Cell and Developmental Biology》、《IEEE Transactions on NanoBioscience》、《Molecular Omics》、《International Journal of Molecular Medicine》、《Journal of Theoretical Biology》、《Journal of Molecular Structure》、《IEEE Access》、《Current Gene Therapy》、《Cancer Management and Research》、《Current Genomics》、《Archives of Biochemistry and Biophysics》、《RSC Advances》、《BioMed Research International》、《Cell Proliferation》、《Phytomedicine》、《Molecules》、《FEBS Letters》、《Biomarkers in Medicine》、《Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering》、《OncoTargets and Therapy》、《Chemical Biology & Drug Design》、《Physica A-Statistical Mechanics and its Applications》、《Journal of Central South University》、《Oncology Letters》、《Cancer Biology & Therapy》、《Oncology Reports》、《The Scientific World Journal》、《The Computer Journal》、《Interdisciplinary Sciences-Computational Life Sciences》、《Neurocomputing》、《IET Systems Biology》、《Computational and Mathematical Methods in Medicine》、《Current Bioinformatics》、《Bulletin of Mathematical Biology》、《Computational Biology and Chemistry》、《Molecular Medicine Reports》、《Theory in Biosciences》、《Biophysical Chemistry》、《BioSystems》、《Complexity》、《Quantitative Biology》、《Current Proteomics》、《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》、《Journal of Biological Systems》、《Computers in Biology and Medicine》、《Computational Intelligence》、《Clinical and Translational Medicine》、《Journal of Computer Science and Technology》、《Experimental and Therapeutic Medicine》、《Acta Mathematicae Applicatae Sinica》、《Biomedical Engineering》、《Chinese Journal of Biochemistry Molecular Biology》、《Machine Vision and Applications》和国际会议ISB2012, ISB 2013, ISB 2014, TBC 2014, InCoB2014, ISB 2016, ISMB/ECCB 2017, RECOMB 2020, ICIC2020等的审稿人。担任北京青少年科技俱乐部活动委员会学术指导导师和《2012－2013运筹学学科发展报告》编写组成员。

获奖、荣誉称号
2020年科睿唯安全球高被引科学家，2020
2018-2019年度中国矿业大学“科研育人”先进个人，2020
2019年科睿唯安全球高被引科学家，2019
2017全球排名前十万科学家，2019
江苏省科学技术奖三等奖《基于大数据处理与挖掘技术的生物信息学研究》，2019
江苏省教育教学与研究成果奖高校自然科学研究类一等奖《基于复杂网络和机器学习的生物信息学研究》，2018
第六届淮海科学技术奖—科技英才奖，2018
2016—2017年度徐州市自然科学优秀学术论文二等奖，2018
沈阳市自然科学学术成果奖二等奖，2018
第六届徐州市优秀科技工作者, 2018
中国矿业大学2018年度高质量通识教育公选课（大数据时代的人工智能算法及其应用）, 2018
江苏省第十四批“六大人才高峰”高层次人才，2017
第七届图论与组合算法国际研讨会青年论文奖二等奖，2017
教育部高等学校科学研究优秀成果奖自然科学奖二等奖《复杂生物数据的特征建模及高效学习理论与应用》，2016
中国矿业大学越崎****，2016
Best Paper Award of the 2014 5th International Conference on Game Theory for Networks, 2014.
中国科学院博时奖学金特等奖，2012
中国科学院永安期货奖学金优秀奖，2011
中科院研究生院数学科学学院2011年博士(后)学术论坛最佳报告奖，2011
中国科学院数学与系统科学研究院院长奖学金优秀奖，2010
中国科学院英达奖学金优秀奖，2010
2009中科张江杯青年技术创新大赛三等奖，2009
第四届世界华人数学家大会新世界数学奖优异奖（第一次评选），2007
美国数学建模竞赛国际一等奖（队伍队长），2006
全国数学建模竞赛国家二等奖（队伍队长），2005
全国大学生英语竞赛国家二等奖，2005
2019年科睿唯安全球高被引科学家，2019

社会、学会及学术兼职
中国矿业大学人工智能研究院副院长
中国矿业大学人工智能研究院大数据研究中心主任
中国矿业大学生物信息研究所所长
中国工业与应用数学学会数学生命科学专业委员会秘书长
中国计算机学会生物信息学专业委员会委员
中国人工智能学会青年工作委员会委员
江苏省生物信息学专业委员会委员
江苏省人工智能学会智能系统与应用专业委员会委员
《2012－2013运筹学学科发展报告》编写组成员
北京青少年科技俱乐部活动委员会学术指导导师
副主编:Journal of Cellular and Molecular Medicine(SCI, 影响因子4.658，2020-至今) 、Frontiers in Genetics (SCI, 影响因子4.151，2018-2019)、Frontiers in Plant Science (SCI, 影响因子3.678，2018-2019)、BMC Bioinformatics(SCI, 影响因子2.213，2019-至今）、BMC Systems Biology (SCI, 影响因子2.050，2017-至今）、Interdisciplinary Sciences-Computational Life Sciences (SCI, 影响因子0.796，2018-至今）
杂志编委：International Journal of Molecular Sciences（影响因子4.183，2019-至今）、International Journal of Biological Sciences（影响因子4.067，2020-至今）、Briefings in Functional Genomics（影响因子3.133，2020-至今）、Scientific Reports (SCI,影响因子4.122，2017-至今）、Current Protein & Peptide Science (SCI, 影响因子2.696，2017-至今）、Current Gene Therapy（影响因子2.218，2020-至今）、Current Proteomics(SCI, 影响因子0.606，2018-至今）、Current Bioinformatics (SCI, 影响因子0.54，2019-至今）
杂志首席特约编委： Frontiers in Microbiology (SCI, 影响因子4.019, Special issue on Bioinformatics in Microbiota，2017-2019); Current Medicinal Chemistry (SCI, 影响因子3.469, Special issue on Computational Methods for drug discovery，2017-2018); International Journal of Molecular Sciences (SCI, 影响因子3.687, Special issue on Computational Models in Non-Coding RNA and Human Disease，2018-2019); Current Topics in Medicinal Chemistry (SCI, 影响因子3.374, Special issue on Application of Computational Techniques in Pharmacy and Medicine, 2017-2018); Current Protein & Peptide Science (SCI, 影响因子2.696, Special issue on Identifying drug–target interactions based on heterogeneous biological data，2014-2018); BioMed Research International (SCI, 影响因子2.583, Special issue on Current Computational Models for Prediction of the Varied Interactions Related to Non-Coding RNAs, 2016); Protein & Peptide Letters (SCI, 影响因子1.039, Special issue on Current Computational Models for Prediction of the Varied Interactions Related to Protein, 2017-2019).
国际会议程序委员会成员：The 6th IEEE International Conference on Systems Biology (ISB 2012), The 7th International Conference on Systems Biology (ISB 2013), The 8th International Conference on Systems Biology (ISB 2014), The 4th Translational Bioinformatics Conference (TBC 2014), The 10th International Conference on Systems Biology (ISB 2016), The 13th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA 2017), The 11th International Conference on Computational Systems Biology (ISB 2017), The 14th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA 2018), The 15th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA 2019), 2019 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM 2019), The Fourth CCF Bioinformatics Conference (CBC 2019), The 18th Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2020), The 16th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA 2020), 2020 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM 2020)
国际杂志和国际会议审稿人：Nature Communications、Nucleic Acids Research、Bioinformatics、PLoS Computational Biology、Briefings in Bioinformatics、Chemical Communications、EBioMedicine、European Journal of Human Genetics、Journal of Molecular Biology、Molecular Therapy、RNA、RNA Biology、Oncotarget、BMC Genomics、Journal of Chemical Information and Modeling、Molecular Therapy-Nucleic Acids、Scientific Reports、Knowledge-Based Systems、IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics、Frontiers in Microbiology、Journal of Cellular and Molecular Medicine、Biomedicine & Pharmacotherapy、International Journal of Biological Sciences、Frontiers in Bioengineering and Biotechnology、International Journal of Oncology、Frontiers in Genetics、Molecular BioSystems、PLoS ONE、BMC Bioinformatics、BMC Systems Biology、International Journal of Molecular Sciences、Journal of Biomedical Informatics、IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics、Computational and Structural Biotechnology Journal、Carcinogenesis、Molecular Genetics and Genomics、Genes、Expert Opinion On Drug Metabolism and Toxicology、Computer Methods and Programs in Biomedicine、Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems、Molecular Therapy - Methods & Clinical Development、Cells、Artificial Intelligence in Medicine、Frontiers in Cell and Developmental Biology、IEEE Transactions on NanoBioscience、Molecular Omics、International Journal of Molecular Medicine、Journal of Theoretical Biology、Journal of Molecular Structure、IEEE Access、Current Gene Therapy、Cancer Management and Research、Current Genomics、Archives of Biochemistry and Biophysics、RSC Advances、BioMed Research International、Cell Proliferation、Phytomedicine、Molecules、FEBS Letters、Biomarkers in Medicine、Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering、OncoTargets and Therapy、Chemical Biology & Drug Design、Physica A-Statistical Mechanics and its Applications、Journal of Central South University、Oncology Letters、Cancer Biology & Therapy、Oncology Reports、The Scientific World Journal、The Computer Journal、Interdisciplinary Sciences-Computational Life Sciences、Neurocomputing、IET Systems Biology、Computational and Mathematical Methods in Medicine、Current Bioinformatics、Bulletin of Mathematical Biology 、Computational Biology and Chemistry、Molecular Medicine Reports、Theory in Biosciences、Biophysical Chemistry、BioSystems、Complexity、Quantitative Biology、Current Proteomics、Genomics, Proteomics & Bioinformatics、Journal of Biological Systems、Computers in Biology and Medicine、Computational Intelligence、Clinical and Translational Medicine、Journal of Computer Science and Technology、Experimental and Therapeutic Medicine、Acta Mathematicae Applicatae Sinica、Biomedical Engineering、Chinese Journal of Biochemistry Molecular Biology、Machine Vision and Applications和国际会议ISB2012, ISB 2013, ISB 2014, TBC 2014, InCoB2014, ISB 2016, ISMB/ECCB 2017, RECOMB 2020, ICIC2020

研究领域
现代分子系统生物学倡导人Lee Hood 教授将未来医学描述为以系统生物学为核心的P4 医学（预测、预防、个性化和参与性为特点的医学的简称），早在2005年当时的卫生部长陈竺教授也著文“系统生物学——21世纪医学和生物学发展的核心驱动力”.对于复杂疾病和药物治疗而言，传统的基于单靶点的药物设计、生物标志物的发现以及治疗方案，逐渐显得无能为力.当今转化医学、个性化医学和大数据的时代为系统生物学在医学中的应用提供了条件和挑战.
本人从事生物信息学和系统生物学领域的相关研究，主要研究工作集中在开发和利用复杂网络、机器学习、深度学习、图论、组合数学等方法对于复杂疾病、非编码RNA和网络药理学方面的系统生物学领域的多个重要问题进行探索和研究，并取得一系列重要进展.研究方向包括致病基因识别、miRNA与疾病关系预测、疾病相关的 非编码RNA-环境因子组合作用预测、lncRNA与疾病关系研究、非编码RNA大规模功能类似性网络构建、疾病-微生物关联预测研究、药物靶点预测、药物组合研究、蛋白质相互作用预测等.这些研究方向是近年来数学、计算机科学和生命科学等诸多领域交叉研究的前沿和热点，具有很重要的理论意义和实际指导意义.
具体研究方向包括：
1.智能算法、机器学习、数据挖掘及其应用
2.大数据分析、处理和预测
3.生物信息学：网络药理学；非编码RNA和人类复杂疾病预测研究；复杂疾病和环境因子预测结果；复杂疾病和微生物预测研究；基因和人类复杂疾病预测研究；蛋白质相互作用预测
4.复杂网络及其应用
需要解释的是，我们课题组的优势在于模型和算法， 我们主要解决的是生物大数据的分析、处理和预测问题，所以计算机和自动化出身的同学不要有任何的顾虑，我们的生物问题很明确，不需要任何的已知生物基础，我们的数据也很齐全，我们只是将我们的技术方法应用到生物医学这样一个重要的领域！当然啦，我们也非常欢迎生物的人的加入，大家互相补充交叉合作

科研项目
深圳大学深圳移动互联网应用中间件技术工程实验室开放课题，基于生物大数据的人类复杂疾病相关微生物预测研究，2020/12-2022/12，2.9万，在研，项目主持
中国矿业大学重大项目培育专项，深度学习方法在大数据分析预测上的应用研究，2020/08-2023/07，50万，在研，项目主持
中国矿业大学优秀****专项，人工智能方法在大数据分析预测上的应用研究，2020/08-2020/12，20万，在研，项目主持
国家自然科学基金面上项目，**，基于多源数据融合的药物响应和药物相关非编码RNA靶点预测研究，2020/01-2023/12，72万，在研，项目主持
国家自然科学基金重点项目，**，基于图与组合优化的生物数据和网络数据挖掘算法研究，2020/01-2024/12，270万，在研，项目骨干
中国矿业大学重大项目培育专项，基于生物医学信息的非编码RNA药物靶点数据分析与智能预测方法研究，2019/08-2022/07，30万，在研，项目主持
深圳大学深圳移动互联网应用中间件技术工程实验室开放课题，基于智能算法的长非编码RNA与疾病关联类型预测研究，2019/06-2020/06，5万，在研，项目主持
广东省移动互联网应用中间件工程技术研究中心开发课题，基于机器学习和复杂网络方法的药物靶点相互作用预测研究，2018/12-2019/11，5万，在研，项目主持
江苏省“双创计划”团队项目，新型非晶合金的制备原理及其在能源环境领域的开发应用，2018/10-2021/10，500万，在研，项目核心成员
深圳大学大数据系统计算技术国家工程实验室开放课题，SZU-BDSC-XY-2018-01，基于智能算法的lncRNA功能预测研究，2018/04-2020/03，5万，在研，项目主持
国家自然科学基金面上项目，**，多视角识别长非编码RNA和人类复杂疾病关联预测研究，2018/01-2018/12，19.2万，在研，项目主持
广东省移动互联网应用中间件工程技术研究中心开发课题，疾病相关miRNA预测研究，2017/12-2018/11，5万，在研，项目主持
江苏省第十四批“六大人才高峰”高层次人才项目，SWYY-089，长非编码RNA生物大数据处理和预测，2017/07-2020/06，4万，在研，项目主持
中国矿业大学学科前沿科学研究专项面上项目，基于计算智能算法的药物靶点预测研究，2017/01-2019/12，20万，在研，项目主持
国家自然科学基金重点项目，**，图理论和算法研究及其在生物信息学中的应用，2017/01-2021/12，230万，在研，项目骨干
中国矿业大学越崎****人才引进项目，基于非编码RNA的生物大数据研究及生物信息研究所平台建设，2016/06-2021/05，200万，在研，项目主持
北京理工大学智能控制与复杂系统国家重点实验室基金，基于问题结构的自学习群智能优化生产调度理论与方法，2015/01-2015/12，3万，结题，项目骨干
国家自然科学基金青年基金，**，多视角识别人类复杂疾病相关microRNA的数学模型与方法研究，2014/01-2016/12，22万，在研，项目主持
国家自然科学基金专项基金项目数学天元基金，**，协同药物研发中的关键数学问题，2013/10-2014/09，20万，已结题，项目骨干
国家自然科学基金重大研究计划培育项目，**，非可控性炎症调控网络体内定量监视预测技术研究，2013/01-2015/12，110万，已结题，项目骨干
中国科学院国家数学与交叉科学中心数学与生物医学交叉研究部重大专项，重大慢性多发疾病的动态网络系统构建，2012/07-2016/05，参加
首都安全技术支撑平台（一期），安全生产数据挖掘与模型构建，2012/01-2013/06，结题，项目骨干
中国科学院研究生科技创新与社会实践资助专项科技创新类项目，药物靶点作用预测，2010/12-2012/06，2万，已结题，项目主持
中国科学院研究生科技创新与社会实践资助专项社会实践类项目，北京和威海青年创业现状分析及调研，2009/12-2010/12，1万，已结题，项目主持
北京市科技计划项目，城市公共设施事故应急的多部门协同决策模型研究，2009/06-2010/12，已结题，项目骨干
北京市科委课题，首都安全生产风险评估与预测预警技术研究的子课题安全生产数据挖掘与模型构建研究，2009/06-2010/12，已结题，项目骨干
中科院知识创新工程重要方向项目，生物分子网络中的模型与算法，2008/01-2012/12，已结题，参加

发表论文
在Bioinformatics (影响因子5.481，5篇，数学与计算生物学中科院一区，4篇第一作者，5篇通讯作者)、PLoS Computational Biology(影响因子4.428, 6篇，数学与计算生物学中科院一区，4篇第一作者，5篇通讯作者)、Nucleic Acids Research (影响因子11.561, 2篇，生物大类中科院一区，生化与分子生物学中科院一区，1篇通讯作者) 、Briefings in Bioinformatics (影响因子9.101，9篇，生物大类中科院一区，数学与计算生物学中科院一区，生化研究方法中科院一区，均为通讯作者，7篇第一作者)等国际期刊发表SCI论文119篇，其中第一作者55篇, 通讯作者99篇。以一作或通讯发表中科院一区论文21篇，以一作或者通讯发表中科院二区以上论文61篇。发表论文被Nature Reviews Genetics、Nature Chemistry、Nature Reviews Endocrinology等国际著名杂志引用共计3050次，14篇论文入选最新一期ESI高被引论文，其中被影响因子5以上杂志他引400余次，H-因子为29，20篇论文引用次数超过50，8篇论文引用次数超过100，单篇最高引用次数为441，引起国内外相关研究人员的广泛兴趣.

论文如下，按照时间顺序, *表示通讯作者,#表示共同第一作者,标注影响因子均为发表当年杂志因子

2020年
Xing Chen (陈兴)*,Lian-Gang Sun, Yan Zhao. NCMCMDA: miRNA–disease association prediction through neighborhood constraint matrix completion. Briefings in Bioinformatics. 2020 Advance Access(SCI,影响因子9.101，数学与计算生物学中科院一区，生化研究方法中科院一区, JCR 1区).
Xing Chen (陈兴)*, Na-Na Guan, Ya-Zhou Sun, Jian-Qiang Li*, Jia Qu. MicroRNA-small molecule association identification: from experimental results to computational models. Briefings in Bioinformatics.2020 21(1): 47-61(SCI,影响因子9.101，数学与计算生物学中科院一区，生化研究方法中科院一区, JCR 1区，入选ESI高被引论文).
Xing Chen (陈兴)*, Tian-Hao Li, Yan Zhao, Chun-Chun Wang, Chi-Chi Zhu. Deep-belief network for predicting potential miRNA-disease associations. Briefings in Bioinformatics. 2020 Advance Access (SCI,影响因子9.101，数学与计算生物学中科院一区，生化研究方法中科院一区, JCR 1区).
Chun-Chun Wang, Yan Zhao, Xing Chen (陈兴)*. Drug-pathway association prediction: from experimental results to computational models. Briefings in Bioinformatics. 2020 Advance Access (SCI,影响因子9.101，数学与计算生物学中科院一区，生化研究方法中科院一区, JCR 1区).
Yan Zhao,Chun-Chun Wang, Xing Chen (陈兴)*.Microbes and complex diseases: from experimental results to computational models. Briefings in Bioinformatics. 2020 Advance Access (SCI,影响因子9.101，数学与计算生物学中科院一区，生化研究方法中科院一区, JCR 1区).
Yan Zhao, Xing Chen (陈兴)*,Jun Yin, Jia Qu. SNMFSMMA: using symmetric nonnegative matrix factorization and Kronecker regularized least squares to predict potential small molecule-microRNA association. RNA Biology.2020 17(2): 281-291(SCI,影响因子5.477,生物大类中科院二区,生化与分子生物学中科院二区, JCR 1区).
Xing Chen (陈兴)*, Shao-Xin Li, Jun Yin, Chun-Chun Wang. Potential miRNA-disease association prediction based on kernelized Bayesian matrix factorization. Genomics.2020 112(1): 809-819(SCI, 影响因子3.16).
Xing Chen (陈兴)*,Hongsheng Liu, Qi Zhao*. Editorial: Bioinformatics in Microbiota. Frontiers in Microbiology. 2020 11: 100(SCI,影响因子4.259,生物大类中科院二区,微生物学中科院二区, JCR 1区).
Xing Chen (陈兴)*,Chun-Chun Wang, Na-Na Guan. Computational Models in Non-Coding RNA and Human Disease. International Journal of Molecular Sciences. 2020 21(5):1557(SCI,影响因子4.183,生物大类中科院二区).
Li-Hong Peng, Li-Qian Zhou*, Xing Chen (陈兴)*, Xue Piao*. A computational study of potential miRNA-disease association inference based on ensemble learning and kernel ridge regression. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. 2020 8:40 (SCI,影响因子5.122，JCR 1区).
Xing Chen (陈兴)*, Qi Zhao*. Current Computational Models for Prediction of the Varied Interactions Related to Protein - PART 2. Protein & Peptide Letters. 2020 27(5):347-347 (SCI, 影响因子 1.168) .
2019年
Xing Chen (陈兴)*, Di Xie, Qi Zhao, Zhu-Hong You. MicroRNAs and complex diseases: from experimental results to computational models. Briefings in Bioinformatics. 2019 20(2):515-539 (SCI, 影响因子9.101,生物大类中科院一区，数学与计算生物学中科院一区，生化研究方法中科院一区,JCR 1区，入选ESI高被引论文).
Xing Chen (陈兴)*, Ya-Zhou Sun, Hui Liu, Lin Zhang*, Jian-Qiang Li*, Jia Meng. RNA methylation and diseases: experimental results, databases, web servers and computational models. Briefings in Bioinformatics. 2019 20(3):896-917 (SCI,影响因子9.101,生物大类中科院一区，数学与计算生物学中科院一区，生化研究方法中科院一区,JCR 1区).
Xing Chen (陈兴)*, Chi-Chi Zhu, Jun Yin. Ensemble of decision tree reveals potential miRNA-disease associations. PLoS Computational Biology. 2019 15(7): e** (SCI, 影响因子4.428，数学与计算生物学中科院一区, JCR 1区).
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Ji-Yong An, Zhu-Hong You ^*, Xing Chen (陈兴) ^*, De-Shuang Huang, Guiying Yan, Da-Fu Wang. Robust and accurate prediction of protein self-interactions from amino acids sequence using evolutionary information. Molecular BioSystems. 2016 12(12): 3702-3710 (SCI, 影响因子3.21).
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Yu-An Huang, Zhu-Hong You^*, Xiao Li^*, Xing Chen (陈兴), Pengwei Hu, Shuai Li, Xin Luo. Construction of reliable protein–protein interaction networks using weighted sparse representation based classifier with pseudo substitution matrix representation features. Neurocomputing. 2016 218:131-138 (SCI, 影响因子 2.392,工程技术大类中科院二区,JCR 1区).
2015年
Xing Chen (陈兴) ^*. KATZLDA: KATZ measure for the lncRNA-disease association prediction. Scientific Reports. 2015 5:16840 (SCI, 影响因子 5.578, 综合性期刊中科院二区, JCR 1区) .
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Xing Chen (陈兴) ^{#, *}, Chenggang Clarence Yan^#, Xiaotian Zhang, Zhaohui Li, Lixi Deng, Yongdong Zhang, Qionghai Dai. RBMMMDA: predicting multiple types of disease-microRNA associations. Scientific Reports. 2015 5: 13877 (SCI, 影响因子 5.578, 综合性期刊中科院二区, JCR 1区) .
Xing Chen (陈兴) ^{#, *}, Chenggang Clarence Yan^#, Cai Luo, Wen Ji, Yongdong Zhang, Qionghai Dai. Constructing lncRNA functional similarity network based on lncRNA-disease associations and disease semantic similarity. Scientific Reports. 2015 5:11338 (SCI, 影响因子 5.578, 综合性期刊中科院二区, JCR 1区) .
2014年
Xing Chen (陈兴) ^* and Gui-ying Yan^*. Semi-supervised learning for potential human microRNA-disease associations inference. Scientific Reports. 2014 4:5501 (SCI, 影响因子 5.078, 综合性期刊中科院二区, JCR 1区) .
Xing Chen (陈兴) ^#, Riao Ren^#, Ming Chen, Ming-xi Liu, Wei Ren, Quan-xin Wang, Li-xin Zhang^* and Gui-ying Yan^*. ASDCD: Antifungal Synergistic Drug Combination Database. PLOS ONE. 2014 9(1): e86499 (SCI, 影响因子 3.73, JCR 1区).
Ming-xi Liu, Xing Chen (陈兴), Geng Chen, Qing-hua Cui^* and Gui-ying Yan^*. A computational framework to infer human disease-associated long noncoding RNAs. PLOS ONE. 2014 9(1): e84408 (SCI, 影响因子 3.73, JCR 1区).
Liang Li, Chenggang Yan, Xing Chen (陈兴), Shuqiang Jiang, Seungmin Rho, Jian Yin, Baochen Jiang, Qingming Huang. Large Scale Image Understanding with Non-convex Multi-task Learning. The 2014 5th International Conference on Game Theory for Networks. 2014 (Best Paper Award).
2013年
Xing Chen (陈兴) ^* and Gui-ying Yan^*. Novel human lncRNA–disease association inference based on lncRNA expression profiles. Bioinformatics. 2013 29(20): 2617-2624 (SCI, 影响因子 5.323, 数学与计算生物学中科院一区, JCR 1区，入选ESI高被引论文).
Geng Chen ^#, Zi-yun Wang ^#, Dong-qing Wang ^#, Cheng-xiang Qiu, Ming-xi Liu, Xing Chen (陈兴), Qi-peng Zhang, Gui-ying Yan^* and Qing-hua Cui^*. LncRNADisease: a database for long-non-coding RNA-associated diseases. Nucleic Acids Research. 2013 41(Database issue): D983-D986 (SCI, 影响因子 8.026, 生物大类中科院一区, JCR 1区,入选ESI高被引论文).
2012年
Xing Chen (陈兴), Ming-xi Liu and Gui-ying Yan^*. Drug-target interaction prediction by random walk on the heterogeneous network. Molecular BioSystems.2012 8(7): 1970-1978 (SCI, 影响因子 3.825, Top ten most accessed articles in June 2012, Featured in the top 10% of the most highly cited articles published in the latest Impact Factor window (2011-2012)).
Xing Chen (陈兴), Ming-xi Liu and Gui-ying Yan^*. RWRMDA: predicting novel human microRNA–disease associations. Molecular BioSystems.2012 8(10): 2792-2798 (SCI, 影响因子 3.825).
Xing Chen (陈兴), Ming-xi Liu, Qing-hua Cui^* and Gui-ying Yan^*. Prediction of disease-related interactions between microRNAs and environmental factors based on a semi-supervised classifier. PLoS ONE. 2012 7(8):e43425 (SCI, 影响因子 4.092, JCR 1区).
2010年
Xing Chen (陈兴) ^*，Gui-ying Yan and Xiao-ping Liao. A novel candidate disease genes prioritization method based on module partition and rank fusion. OMICS: A Journal of Integrative Biology.2010 14 (4):337-356 (SCI, 影响因子 3.17).
陈兴^* 王勇 吴凌云 闫桂英 朱伟. 多阶段多目标多部门应急决策模型. 系统工程理论与实践.2010 30(11):1977-1985 (EI, 影响因子 0.896).
Xing Chen (陈兴) ^* and Gui-ying Yan. NRWRH for drug target prediction. The 4th International conference on computational Systems Biology, Lecture Notes in Operations Research. 2010 13:219-226 (ISTP).
2009年
Xing Chen (陈兴) ^*， Gui-ying Yan， Wei Ren and Ji-bin Qu. Modularized random walk with restart for candidate disease genes prioritization. Optimization and Systems Biology. 2009 11:353-360 (ISTP).


科研创新
一种药物增效组合预测方法及实验验证. 8.0 闫桂英 张立新 陈兴 任彪 陈明 王令新 刘明熹 正式授权

教学活动
2018.7-2020.7主持中国矿业大学2018年在线课程建设项目《大数据时代的人工智能算法及其应用》 2018ZX20
大数据时代的人工智能算法及其应用（入选2018年度高质量通识教育公选课课程http://jwb.cumt.edu.cn/c3/fb/c3377a508923/page.htm）
大数据分析处理与预测
生物信息学基础
文献检索与科技论文写作

指导学生情况
团队成员（24人）：
教授1人: 陈兴
副教授5人：赵琪 管娜娜 李政伟 刘辉 张林
助理研究员1人：赵迪斐
博士后2人：郭昌放 陈凯
博士4人：
赵岩(荣获2018年研究生国家奖学金、2020年研究生国家奖学金、2019第九届江苏省生物信息学学术会议暨生物医学大数据论坛青年****优秀报告二等奖 、2017-2018学年度中国矿业大学研究生“校级优秀学生”、2019-2020学年度中国矿业大学研究生“校级优秀学生”、主持2019年江苏省研究生科研创新计划项目《基于机器学习的疾病与miRNAs之间关联的预测研究》、主持2019年中国矿业大学博士创新专项基金项目《基于机器学习方法的药物小分子与miRNA相互作用预测研究》)
王纯纯（荣获2019年研究生国家奖学金、2020年研究生国家奖学金、2019第九届江苏省生物信息学学术会议暨生物医学大数据论坛优秀墙报奖、2019-2020学年度中国矿业大学研究生“校级优秀学生”、主持2020年江苏省研究生科研创新计划项目《基于网络算法的药物和生物学通路关联预测研究》、主持2020年中国矿业大学研究生创新计划项目）
张立
朴雪
硕士10人：
李天皓 （荣获2020年研究生国家奖学金、2019-2020学年度中国矿业大学研究生“校级优秀学生”）
孙连刚 （荣获2020年研究生国家奖学金、2019-2020学年度中国矿业大学研究生“校级优秀学生”）
林竹楠（荣获2019年江苏省研究生数学建模科研创新实践大赛三等奖）
袁文婕（荣获2019年江苏省研究生数学建模科研创新实践大赛三等奖）
沈明军（荣获中国矿业大学2019届优秀毕业生）
冯思度 韩晨迪 王淑灏 吴大凡 周赤
本科生1人：
徐紫仪（中国矿业大学江苏帝奥微电子奖学金二等奖）
已经毕业：
瞿佳（博士，已毕业，共发表SCI论文16篇，荣获2019年研究生国家奖学金、2018-2019学年度中国矿业大学优秀创新博士奖学金、2018-2019学年度中国矿业大学研究生“校级优秀学生”、2017-2018年度中国矿业大学十佳女研究生）
张德宏 （硕士，已毕业，共发表SCI论文5篇）
殷俊(硕士，已毕业，共发表SCI论文15篇，荣获2018年研究生国家奖学金、2019年研究生国家奖学金、2017-2018学年度中国矿业大学研究生“校级优秀学生”、2018-2019学年度中国矿业大学研究生“校级优秀学生”)
王磊(硕士，已毕业，共发表SCI论文2篇，荣获2018年研究生国家奖学金、2017-2018学年度中国矿业大学研究生“校级优秀学生”、2019年江苏省研究生数学建模科研创新实践大赛三等奖)
朱迟迟（硕士，已毕业，共发表SCI论文2篇，荣获2019年研究生国家奖学金、2018-2019学年度中国矿业大学研究生“校级优秀学生”）
李绍鑫（硕士，已毕业，共发表SCI论文1篇）
学生发表SCI论文数目（只计算在我团队期间完成论文）
赵岩17篇 博士二年级
瞿佳16篇 博士已经毕业
殷俊15篇 硕士已经毕业
王纯纯13篇 博士二年级
管娜娜11篇 博士后已经出站
孙亚舟11篇 博士后已经出站
张德宏5篇 硕士已经毕业
朴雪4篇 博士四年级
张立3篇 博士一年级
王磊2篇 硕士已经毕业
朱迟迟2篇 硕士已经毕业
李绍鑫1篇 硕士已经毕业
孙连刚1篇 硕士三年级
李天皓1篇 硕士三年级
学生论文引用次数（只计算在我团队期间完成论文）
瞿佳556次
殷俊346次
管娜娜341次
王磊335次
孙亚舟260次
赵岩190次
张德宏122次
王纯纯95次
朱迟迟34次
朴雪18次
孙连刚8次
张立7次
李绍鑫5次


我的团队
中国矿业大学人工智能研究院大数据研究中心
中国矿业大学生物信息研究所