东南大学公共卫生学院，建立于1976年，其前身为铁道部所属的原南京铁道医学院预防医学系，1999年更名为南京铁道医学院公共卫生学院，是全国铁路系统卫生防疫工作人才培养和科学研究的重要基地。2000年4月，南京铁道医学院与教育部直属的重点大学----东南大学合并，组建新的东南大学，公共卫生学院成为东南大学下设的二级院系之一。
　　公共卫生学院现设有预防医学和劳动与社会保障（医疗保险专业方向）2个本科专业。建有“公共卫生与预防医学”一级学科博士点；“公共卫生与预防医学”博士后科研流动站；也是教育部批准的首批开展公共卫生硕士（MPH）培养试点单位之一。劳动与社会保障专业（医疗保险专业方向），是江苏省教育厅批准的省重点建设的特色专业，现设有社会保障学硕士点。
　　学院设有劳动卫生与环境卫生学、营养与食品卫生学、流行病与卫生统计学和医疗保险学等4个学科系；预防医学、站车卫生、医疗保险、医学应用技术、伤害流行病学等5个研究所。“公共卫生与预防医学”一级学科为江苏省一级学科重点学科，此外还有2个铁道部重点学科，1个与省CDC共建的重点实验室。
　　学院拥有一支素质优良，数量、结构合理的师资队伍。教师中，现有博士生导师7人，教授（研究员）13人，副教授20人，其中担任国家自然基金评审委员2人，教育部专业指导委员会委员2人，江苏省333工程领军人才2人，全国高校优秀骨干教师1人，卫生部国家食品安全风险评估专家委员会委员1人。具有博士学位和在读博士学位的教师占到教师总数的80%以上，一半以上的教师具有海外留学或研修的经历，此外学院还在国内外著名专家学者中聘请了一批兼职教授、客座教授，在省市一级重点疾控中心聘请了十余位基地研究生导师。
　　学院秉承百年名校—东南大学“止于至善”的办学理念，发挥东南大学以工为主，文理管医艺多学科的资源优势，积极探索走医工结合、精而强的特色发展之路，近几年来，学院适当控制本科生招生规模，大力发展研究生教育，不断提高办学层次和办学水平，现有在校本科生约430人，博士、硕士研究生130人（不包括专业硕士）。在加强人才培养的同时，学院注重围绕国家和区域经济社会发展的公共卫生重大问题，积极开展科学研究，重点在环境与健康、纳米毒理、太湖水环境治理、健康膳食干预、重大传染病防治以及卫生政策研究等方面形成了稳定的研究方向。目前承担有国家973、863计划、国家自然基金，卫生部重大专项、科技部支撑计划以及省自然基金和国际合作课题等40余项。近五年来，获得纵向科研经费3000余万元。
　　学院拥有教学科研用房6000余平方米，建有教学实验中心、计算机中心和分析检测中心以及SPF动物实验室等，并建有“环境医学工程”教育部重点实验室和卫生部批准的保健功能食品检验单位。
　　学院积极开展国内外的学术交流，先后邀请美国、德国、澳大利亚以及香港、台湾等国家和地区的多所高校的著名专家学者来院访问交流，并积极选派青年教师前往国外著名高校访问研修，与香港大学公共卫生学院建立了院际交流合作关系，与澳大利亚莫纳什大学公共卫生学院在联合培养方面开展了密切合作。
　　2009年，在教育部组织的全国高校与科研院所一级学科评估排名中，学院“公共卫生与预防医学”一级学科位列第9位。