东南大学数学系可追溯到1921年。当时，著名数学家熊庆来先生从欧洲学成回国，于1921年秋开创东南大学算学系，任系主任。1952年院系调整后，南京工学院把所有基础学科合并成立基础课系，1984年成立数学力学系，1997年成立应用数学系，2002年改为数学系。
　　
　　东南大学数学系在最近二十多年来发展较快，1977年恢复高考高考后即开始招收本科生，1982年该届学生毕业时开始招收研究生，期间通过大力引进和培养人才，逐步建成一支年龄结构、学历结构较合理，学科方向覆盖面广，学术水平较高的师资队伍。现全系有在职教师73人，其中教授20人，副教授29人，具有博士学位教师18人，另有8人正在在职攻读博士学位。特别可喜的是45岁以下教师有53人，占教师总数的72.6%，显示了师资队伍的勃勃生机。
　　
　　经国务院学位委员会批准，我系于1986年获“应用数学”硕士学位授予权，后又在1990年，1995年和1998年先后获得“概率论与数理统计”、“运筹学与控制论”和“基础数学”等硕士学位授予权。2000年获得“应用数学”博士学位授予权。现有“数学与应用数学”、“信息与计算科学”两个本科专业。现每年招收本科生100名左右，硕士研究生近50名，博士研究生约5名左右。在校本专科学生（专科为成人教育系列）规模已达500多人，硕士研究生近100名，博士研究生近10名。