原名自然辩证法教研室，建于1982年5月，1985年更名为哲学与科学系，首任系主任是我国著名的哲学家萧焜焘教授。该系是以培养研究生为主的教学科研单位，设有科技哲学、伦理学、外国哲学、社会学4个教研室和伦理学、科学哲学2个研究所，东南大学与省委宣传部、省委教育工委和省教委共建江苏省道德建设研究中心由该系主办，有伦理学博士点，科技哲学、外国哲学、伦理学硕士点，社会学本科专业。
　　
　　全系现有专职教师19人，其中教授7人，副教授8人，讲师4人，博士占75%，硕士占25%.近几年来，该系承担并完成国家给、省部级科研成果奖60多项。人均科研成果数历年在全校居前列。该系还积极从事高层次人才的培养工作。目前已培养出硕士研究生286名，现有在校研究生76人。1993年以来，受江苏省高教工委、江苏省委组织部、广西壮族自治区党委组织部、江苏省审计厅、镇江市组织部等部门委托，举办了各类领导干部研究生课程进修班，已有千余名学员结业。在培养研究生的过程中，该系在注重辩证思维和哲学分析的同时，还注意面向社会，理论与实际引结合，培养出的研究生，不仅有扎实的理论功底，还有广博的知识和宽广的适应面。目前，该系经过20年的发展，已发展成为在学术界有较大知名度并具有工科院校特色的哲学系。