南京航空航天大学自动化学院前身——南京航空航天大学自动控制系，成立于1952年，发展至今已成为一个在自动控制、导航制导、电气和测试工程等领域具有广泛影响的多学科的教学、科研群体。2000年10月20日新成立的自动化学院，下属四系一所：自动控制系、电气工程系、测试工程系、生物医学工程系以及飞行控制研究所。
　　
　　目前，该学院拥有控制科学与工程博士后流动站一个；控制理论与控制工程、导航制导与控制、电力电子与电力传动、测试计量技术及仪器、精密仪器与机械等五个博士点；导航制导与控制、控制理论与控制工程、模式识别与智能控制、电力电子与电力传动、电机与电器、测试计量技术及仪器、精密仪器与机械等七个硕士点；设有电气工程与自动化、测控技术与仪器、民航电气工程与自动化、生物医学工程等四个本科专业。此外，仪器科学与技术已通过了一级学科的审批。另外该院还拥有航空电源国防重点实验室，以及导航制导与控制、电力电子与电力传动两个江苏省重点学科。
　　
　　自动化学院师资力量雄厚，学科配备齐全，有一支知识结构和年龄结构合理的师资队伍：目前全院在岗教师中有教授16名、副教授58名、讲师和工程师52名，其中博士生导师13名、硕士生导师近60名，而且教师中博士学历的比例达到了40%以上。近年来，自动化学院在教学和科研上硕果累累，多次获得国家级、省部级教学成果和科研成果奖。
　　
　　科学研究工作一直是该院工作的一个主要方面。每年承担国家、部委和省下达项目、横向合作项目以及各类基金项目等数十项科研任务。年平均科研经费近千万元，已形成若干有特色处于国内领先地位或具有国际水平的研究领域。
　　
　　在控制科学与工程学科，有智能和鲁棒控制、地形跟随/回避、飞行器主动控制和综合控制、直升机控制、捷联惯导系统、卫星/惯性组合导航和微结构惯性仪表、工业过程控制和系统仿真等技术领域。
　　
　　在电气工程学科，有变速恒频电源、电机调速系统、电磁无损检测、电磁场数值计算、特种电机（稀土、永磁、开关磁阻等）的设计与控制等技术领域。
　　
　　在仪器科学与技术学科，有现代计算机测控系统、自动化仪表、计量测控技术、信号分析与综合、传感技术、光电测试技术等领域。
　　
　　在生物医学工程学科，有医学影像科学和技术、生物医学电子仪器技术、虚拟人体器官及其在医学中的应用，多参数实时医用监控网络系统等领域。
　　
　　这些领域均已取得丰硕的研究成果，绝大部分科研成果在国内处于领先水平，部分研究成果达到国际先进水平。特别是该院为无人驾驶飞机系列成功地研制和生产了飞行控制系统，曾获国家科技进步一等奖。
　　
　　自动化学院拥有十个独立的实验室。拥有三轴飞行模拟转台、加速度转台、航空电源、高速拖动台等大中型设备；并配有各种精密仪器和设备。良好的实验条件为教学、科研及人才培养提供了有力的保证。
　　
　　该院十分重视学术交流和国际合作。1981年以来陆续向国外派出访问学者或留学人员130余人，许多留学人员已学成回国，成为科研教学的骨干力量。该院1995年以来主办过3次国际学术会议和6次国内学术会议，邀请外国专家、教授来校讲学30余人次。并且与美国新墨西哥大学、华盛顿大学、卡罗拉多大学、加拿大皇后大学、法国苏派来克大学、俄罗斯莫斯科航空学院、香港理工大学等建立了有成效的合作关系。
　　
　　自动化学院素以教学严谨、管理有序、学生成绩优异而著称。目前已具备相当的规模，教学、科研与学科的建设相辅相成，并具有该学院自身的特点，学院的各专业受社会欢迎和青睐程度高，本科和研究生的生源好，毕业生就业市场十分火爆，产学研结合有自身特色，科研和产业工作进入良性循环，部分学科和学术带头人在国内外有较大影响，学院与国内外一些科研院校建立了良好的交流和联系，扩大了影响，这些都是该学院的优势。
　　
　　该院现有在校学生2200余人。1995年以来该院已经为国家培养了博士后、博士、硕士400余人，本科生1500余人。毕业学生中有的已经成为学科带头人、国内外知名专家，有的成为企业或科研院所的技术骨干，还有部分毕业生出国深造，取得显著成就。自动化学院的毕业生具有知识面宽、适应性强、实践和创新能力突出等特点，可在自动控制理论与应用、自动化装置与系统、通讯及计算机应用、电机电气和电器设备、电源、飞行器控制、惯性导航技术、全球卫星定位、工业自动化、测试与显示系统、测控技术等领域大显身手。
　　
　　该学院热忱欢迎国内外有兴趣的学者、毕业研究生来学院任教，共同为学院的发展献计献策。现任学院领导：