项目管理
工程管理学院在项目管理领域有较高的教学水平和科研实力。为拥有四项世界之最的“苏通大桥”研究开发了项目管理体系。2004年在国际项目管理协会的组织支持下，我院承办了“中国第三届项目管理国际论坛”。我院培养的项目管理硕士分为工程项目管理、IT项目管理、政府项目管理和投融资项目管理四个方向。
物流工程
工程管理学院在物流技术开发、物流供应链系统的规划设计方面有较强的研究和开发力量，拥有江苏省政府支持建立的“江苏省物流技术工程中心”。南京大学工程管理学院是全国物流工程教育协作组的组长单位。我学院培养的物流工程硕士可同时获得英国皇家物流与运输管理协会CILT（UK）授予的物流资质三级证书。
工业工程
工程管理学院在工业工程的理论、方法以及应用等方面做了大量的科研和教学工作，取得了很好的成绩。工业工程强调综合运用数学、信息科学和社会科学方面的专门知识和技术,以及工程分析和设计的原理和方法,对制造与服务系统绩效进行分析、预测和评价，从而对这些系统进行设计、改进提出对策方案。
2014年南京大学工程硕士学位班招生简章
