南京大学生物化学专业是我国设立最早的生物化学专业之一。根据学科建设的需要，经过近三十年的发展，南京大学于1985年在国内率先成立了生物化学系。1989年以生化系为依托，经国家计委立项，通过论证，由世界银行贷款，建立了医药生物技术国家重点实验室，并于1995年通过了教育部的验收，在1998年参加教育部组织的重点实验室评估中得到好评。南京大学生物化学专业在教学和科研上的实力和优秀业绩在国内外已具有一定的影响。1981年被批准为博士学位授权学科，1988年批准为国家重点学科。

　　南京大学生物化学系建系之初，根据学科的发展趋势以及自身的工作基础，确定了蛋白质工程、基因工程、生物无机化学和细胞周期调控机制等四个主要研究方向。经过十多年的发展，结合我国社会和经济发展的需要，南京大学生物化学系已将蛋白质工程和基因工程方向的研究目标集中在生物技术制药领域，同时开展相关的基础研究，取得明显的成效。自1996至2000年共发表论文188篇，其中SCI 97篇，获得技术专利6项，向华北制药厂等生产单位转让技术4项，尿激酶原的蛋白质工程研究取得重大突破，于1998年获教育部科技进步一等奖，并于2000年获国家自然科学二等奖。完成了人重组尿激酶原的中试，已获得国家基因工程一类新药临床试验批文。

　　学科间的相互渗透已成为当前科学发展的重要趋势。十多年来生物化学学科也出现了许多新方向、新领域。为此，南京大学生化系在努力发展优势研究领域的同时，积极扶持新兴学科，大力发展交叉、边缘学科。因此研究方向作了调整，详细情况请参见我系各位教师的工作介绍。