硕士研究生导师简介
姓名
方雷
研究方向：
蛋白质组学与大数据


联系方式
Email:njfanglei@nju.edu.cn

学术兼职：
美国质谱学会会员、中国细胞生物学会会员
江苏省细胞与发育生物学会理事
Scientific Reports和Journal of Proteome Research审稿专家
国家自然科学基金函审专家

个人简介

教育经历：
2001/09–2006/12， 南京大学， 生化与分子生物学， 博士
1997/09–2001/06， 山东大学， 生物学与生物技术， 学士
科研与学术工作经历：
2019/09-至今，南京大学化学与生物医药创新研究院，双聘PI
2015/03-至今，南京大学医学院，副教授
2011/10-2015/02，美国纽约大学Langone医学中心，助理研究员
2007/03-2011/09，美国加州大学Irvine分校，博士后
教学：
主持主讲南京大学医学院8年制和“5+3”本科生课程《细胞生物学》、科教融合课程《蛋白质组学驱动的肿瘤精准医学》以及公选课《生物组学与人类疾病》，主持主讲研究生课程《生物医学仪器分析》等课程。



科研情况简介：
作为主要完成人参与了“微生物基因工程可溶性表达及产物后加工新技术”项目，获得了江苏省科技进步一等奖(排名第三)和国家技术发明二等奖(排名第四)。目前在Nature Communications，EMBO J，J Pathol.，J Biol Chem.以及蛋白质组学顶尖期刊Mol Cell Proteomics和J Proteome Res.共发表SCI论文40余篇，其中发表于J Proteome Res.的第一作者论文被Faculty1000收录并推荐。主持国家自然科学基金面上项目两项和青年基金项目一项，主持江苏省自然科学基金面上项目一项，参与国家自然科学基金重点项目和军队后勤开放研究项目各一项。自2015年7月回国工作以来，在南京大学医学院从头搭建了稳定高效的蛋白质质谱平台，并逐步建立了多种疾病蛋白质组学研究的技术手段和方法，广泛开展基于疾病蛋白质组学的精准医学研究。
研究方向：
基于蛋白质组学的精准医学研究：筛选和鉴定具有临床诊断和治疗靶点价值的疾病蛋白质标记物。
药物或代谢小分子体内靶点蛋白的鉴定和生物学功能研究。
蛋白质组学的研究策略和方法开发：包括蛋白质复合物的高效亲和纯化和鉴定（AP-MS）；蛋白质翻译后修饰位点（PTMs，磷酸化、乙酰化、泛素化和异戊二烯化修饰等）的鉴定和生物学功能研究；利用蛋白质化学交联技术研究特定蛋白复合物结合蛋白网络的动态变化（QTAX）。



近五年来代表性论文
Yue Zhao, Meng-Fei Zhao, Shan Jiang, Jing Wu, Jia Liu, Xian-Wen Yuan, Di Shen, Jing-Zi Zhang, Nan Zhou, Jian He, Lei Fang*, Xi-Tai Sun*, Bin Xue*, Chao-Jun Li*. Liver governs adipose remodelling viaextracellular vesicles in response to lipid overload. Nature Communications. 2020 Feb 5;11(1):719. doi: 10.1038/s41467-020-14450-6. * Co-corresponding author. IF 11.9，学科群一流。
Xiao Jiang, Xinyi Wang, Xianming Ding,MengjieDu, Boran Li, Xialian Weng, Jingzi Zhang, Lin Li, Rui Tian, Qi Zhu, She Chen, Liang Wang, Wei Liu, Lei Fang(*), Dante Neculai(*), Qiming Sun(*). FAM134B oligomerization drives endoplasmic reticulum membrane scission for ER-phagy. EMBO J.2020 Jan 13:e102608. doi: 10.15252/embj.. * Co-corresponding author. IF 11.2，南大A区、1区。
Jingzi Zhang, Neng Tang, Yinjuan Zhao, Ruoyu Zhao, Xiao Fu, Dandan Zhao, Yue Zhao, Lan Huang, Chaojun Li, Yudong Qiu*, Bin Xue*, Lei Fang*. Global Phosphoproteomic Analysis Reveals Significant Metabolic Reprogramming in the Termination of Liver Regeneration in Mice. J Proteome Res.2020 Feb 27. doi: 10.1021/acs.jproteome.0c00028. 南大B区, 1区。
Zhang J, Zhao R, Yu C, Bryant CLN, Wu K, Liu Z, Ding Y, Zhao Y, Xue B, Pan ZQ, Li C, Huang L, Fang L. IKK-mediated regulation of the COP9 signalosome viaphosphorylation of CSN5. J Proteome Res.2020 Jan 17. doi: 10.1021/acs.jproteome.9b00626. 南大B区, 1区。
Niikura, Y.^(#), Fang, L.^(#), Kitagawa, R., Li, P., Xi, Y., You, J., Guo, Y., Kitagawa, K. Mass Spectrometry Analysis to Identify Ubiquitylation of EYFP-tagged CENP-A (EYFP-CENP-A). J. Vis. Exp. 2020 Jun 10;(160). doi: 10.3791/61138.
Cao Y, Ding W, Zhang J, Gao Q, Yang H, Cao W, Wang Z, Fang L(*), Du R(*). Significant down-regulation of urea cycle generates clinically relevant proteomic signature in hepatocellular carcinoma patients with macrovascular invasion. J Proteome Res.2019 May 3;18(5):2032-2044. * Co-corresponding author. 南大B区, 1区。
Liu J，Jiang S，Zhao Y, Sun Q，Zhang J，Shen D，Wu J，Shen N，Fu X，Sun X，Yu D，Chen J，He J，Shi T，Ding Y，Fang L(*)，Xue B(*)，Li C(*). Geranylgeranyl diphosphate synthase (GGPPS) regulates non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD)-fibrosis progression by determining hepatic glucose/fatty acid preference under high-fat diet conditions. J Pathol.2018 Nov;246(3):277-288.* Co-corresponding author. 南大A区、1区。
Wu Y, Zhang J, Fang L(*), Lee HC(*), Zhao YJ(*). A cytosolic chaperone complex controls folding and degradation of type III CD38. J Biol Chem.2019 Mar 15;294(11):4247-4258. * Co-corresponding author. 南大A区。
Fang L， Chen D， Yu C， Li H， Brocato J， Huang L， Jin C.， Mechanisms Underlying Acrolein-mediated Inhibition of Chromatin Assembly. Mol Cell Biol.2016 Nov 14; 36(23):2995-3008. 南大B区,1区。
Brocato J (#)，Fang L(#) ，Chervona Y，Chen D，Kiok K，Sun H，Tseng HC，Xu D，Shamy M，Jin C，Costa M.，Arsenic induces polyadenylation of canonical histone mRNA by downregulating stem-loop binding protein gene expression.，J. Biol. Chem.，2014，289（46）：31751-31764。# Co-first author. 南大A区。


承担科研项目

1．国家自然科学基金面上项目，**，“VCP/p97-20S蛋白酶体调控肝癌复发的分子机制及其临床应用”，2021/01-2024/12，58万，在研，主持。
2．国家自然科学基金面上项目，**，“GGPP结合FBP1调控糖脂代谢参与肝细胞癌发生发展的机制研究”，2018/01-2021/12，60万，在研，主持。
3. 国家自然科学基金青年基金项目，**，“利用质谱表征TNF-α诱导的COP9信号小体作用蛋白网络变化”，2016/01-2018/12，20万，已结题，主持。
4. 江苏省自然科学基金面上项目，BK**，“GGPP结合CPT1alpha调控肝脏脂质代谢的机制研究”，2017/07-2020/06，10万，在研，主持。
5. 国家自然科学基金重点项目，**，“蛋白质异戊二烯化调控初级卵泡/次级卵泡转换的作用和机制研究”，2016/01-2020/12，280万，在研，参与。
6. 2020年度军队后勤开放研究项目，“人体寒冷适应的评估和提升关键技术研究”，2020/05-2023/12，275万，在研，骨干。
7. 与南京诺唯赞生物科技有限公司技术开发横向合作项目，“基于二代测序和蛋白质组学的基因工程抗体开发”，2018/01-2020/12，40万，在研，主持。
8. 主持南京大学中央高校基本费教育部创新团队项目、原创与交叉项目、国际合作交流项目、技术创新基金项目和人才引进启动基金项目等近10项，合计超过200万。