南京农业大学工学院是由我国最早创办的两个农业工程系——原金陵大学农业工程系和原中央大学农业工程系合并、发展而来，是我国农业工程学科的发源地之一。1952年院系调整时，两校的农业工程系合并成立南京农学院农业机械化系。1958年，南京农学院农业机械化系与江苏省南京农业机械化学校合并成立南京农学院农业机械化分院。1970年搬迁到镇江，与镇江农机学院（现江苏大学）合并，1985年迁回南京浦镇原址建立南京农业大学农业工程学院，2000年更名为南京农业大学工学院。我国老一辈农业工程专家吴相淦、吴起亚、高良润、潘君拯等教授曾先后在学院任教。办学六十多年来，学院培养了一批包括中国工程院院士在内的专家、教授、企业家和其它方面的杰出人才。
　　学院位于南京市浦口区，校园面积716亩，北邻老山风景区，山林遍布，鸟语花香。经过多年的发展，学院形成了以本科教育为主体、研究生教育迅速发展的办学格局。目前，学院的农业工程学科为一级学科博士学位授权点；拥有农业机械化工程、农业生物环境与能源工程、农业电气化与自动化三个学科博士点，机械制造及其自动化等八个学科硕士点，工程硕士（农业工程）等三个专业学位领域硕士授权点；设有农业机械化及其自动化、交通运输、车辆工程、机械设计制造及其自动化、材料成型与控制工程、工业设计、自动化、电子信息科学与技术、农业电气化与自动化、工程管理、工业工程、物流工程等十二个本科专业。
　　多年来，学院依托农业工程优势学科，在水田土壤流变性能、农业机器人、土壤耕作及旋耕机械、农业能源等研究方向取得的研究成果受到国内外瞩目。近三年来，学院承担863计划、国家自然科学基金、国家科技攻关等各类项目100多项，其中获国家、省部级科研成果4项，发表学术论文近1000篇，被 SCI、EI、ISTP收录近100篇。
　　在新的世纪里，学院将秉承学校百年办学传统，践行“诚朴勤仁”的校训，弘扬“团结、勤奋、求实、创新”的优良校风，发扬艰苦奋斗、务实奋进优良传统，营造团结融洽、和睦和谐校园文化氛围，努力将学院建设成为以农业工程学科为优势，以工为主，理工结合，农工融合，特色鲜明的工科学院。