农药科学系是2000年对农业昆虫和植物病理进行专业调整成立的二级学科，是我国较早设立博士点的学科，是江苏省唯一的农药学博士点，2002年被评为江苏省重点学科。目前学科包括农药毒理与抗药性（杀虫剂、杀菌剂、除草剂）、农药合成、农药加工应用与管理、农药残留与环境毒理、天然农药与防生农药等5个方向，基本覆盖了农药学的各个重要领域，形成了自己的研究特色。