我校公共管理教育始于土地问题与农业政策的研究。20世纪初，南京农业大学的前身——中央大学和金陵大学就开始了有关土地利用、土地经济与政策和农政学的研究，并一直处于全国的领先地位。
　　
　　1952年全国院校调整后，金陵大学和中央大学农学院连同浙江大学农学院的部分系科，合并成立南京农学院，有关土地政策、农政管理的系科随之划入，1952年开设农业经济管理专业，1960年设置土地规划专业。
　　
　　1992年全国第一所土地管理学院在南京农业大学成立，1993年我国第一个土地管理专业博士点在南京农业大学设立，而实际招收土地管理方向的博士研究生始于1987年的农业经济及管理学科的资源经济与土地管理方向。1997年土地资源管理（二级学科）划归公共管理一级学科后，学校开始以土地资源管理学科为基础，大力发展公共管理学科体系，相继招收行政管理、公共经济与政策、资源环境经济与管理、土地法学等方向的博士、硕士研究生。该学科分别被评为农业部、江苏省重点学科。
　　
　　1999年在土地资源管理博士点的基础上，我校在全国率先建立了公共管理博士后流动站，1998年以来，我校陆续设立了公共事业管理、劳动与社会保障和行政管理本科专业，并增设了行政管理、教育经济与管理、人口资源与环境经济学、地图学与地理信息系统硕士学位点和公共管理专业学位点（MPA）。一个以土地资源管理为优势，各学科协调发展的公共管理学科体系基本形成。
　　
　　2003年11月8日，在原土地资源管理学院的基础上，调入经管学院和人文学院的部分教师、学生，成立公共管理学院。