南京农业大学作物遗传育种学科历史悠久、基础雄厚，教学和科研实力强，其总体水平一直居国内同类学科先进行列，某些方面居国内领先地位、达国际先进水平。
　　
　　本学科1981年被批准为我国第一批农学博士学位授予点；1989年被批准为国家重点学科；1990年被批准为全国首批农学博士后流动站；在全国“农科学位点与研究生教育质量评估”中两次均在同类学科中排名第一；1994年被江苏省教委评为“优秀学科梯队”；1998年被列为国家“211工程”重点建设学科；1999年被批准设立“****奖励计划”特聘教授岗位。本学科点设立有“作物遗传与种质创新国家重点实验室”，国家大豆改良中心及1个省级工程中心。现有教学研究人员42人，其中工程院院士2人，“****奖励计划”特聘教授2人，“国家杰出青年基金”获得者2人，教授16人，副教授15人，45岁以下的正、副教授占总人数的48%，具有博士学位的人员占研究人员总数的46%.
　　
　　研究人员目前承担“973”、“863”、国家自然科学基金、省（部）级和国际合作等课题多项，科研经费充足。“九五”期间本学科获得省（部）级以上科研和教学成果18项，其中国家科技进步一等奖一项、二等奖3项，国家科技发明三等奖一项，省部级奖多项。主编和参编全国高等农业院校统编教材10部，共发表科技论文700多篇，其中国内外核心刊物600多篇，有近100篇被SCI收录。针对水稻、小麦、棉花、大豆等主要农作物，从事以下8个方向的研究：①植物育种的原理和方法，②植物遗传资源的研究和利用，③植物细胞遗传与育种，④植物数量遗传与育种，⑤植物分子遗传与育种，⑥植物基因组学研究与分子育种，⑦植物基因工程、细胞工程，⑧种子科学与技术。