本学科为环境科学与环境工程的二级学科，是南京农业大学的重点学科，授予理学硕士学位。1984年在植物营养学学科开始招收农业环境保护方向硕士研究生，1993年获得硕士学位授予权。
　　
　　主要研究方向：（1）环境过程与系统模型。研究陆地生态系统碳氮循环过程、模型及其对全球变化的响应；研究污染物（重金属和农药等）在土壤-植物-水体系统的迁移、转化和积累过程及其模型。导师：黄耀教授、宗良纲教授。（2）资源环境信息系统。综合运用计算机模型、地理信息系统（GIS）和遥感技术，研究自然过程和人类活动对区域环境和社会经济发展的影响。导师：黄耀教授、孙涵研究员。（3）环境污染控制与生物修复。研究污染物在水体、土壤环境中存在形态、迁移转化过程以及有毒难降解有机物在陆地生态系统中生物富集机理。重点研究重金属（Pb、Cd、Cu、Zn等）和有机污染物在土壤-植物系统中迁移转化规律。导师：宗良纲教授、兰叶青教授、代静玉副教授。（4）环境质量与食品安全。研究农业环境质量管理和评价体系，探讨农业环境质量与食品安全性之间的关系以及控制环境质量变化和保障食品安全的途径和对策。导师：宗良纲教授、林玉锁研究员、杨永岗副研究员。（5）环境监测与评价。主要开展区域环境监测技术与环境质量评价研究。
　　
　　导师：吴以中副教授、张利民研究员。
　　
　　本学科具有相关研究方向的中、大型进口仪器设备，包括气相色谱仪、原子吸收光谱仪、自动连续流动分析仪、土壤碳氮循环监测系统BaPS等。近年来先后承担和完成30多项国家、省部级及国际合作项目，其中多项研究成果获得省、部级奖励。在国内外刊物发表科研论文150余篇，其中SCI和EI收录40余篇，出版专著5部。