南京医科大学第四临床医学院渊源于“江苏医学院”1953年成立的儿科学教研组。同年，开始招收儿科学五年制本科生。1959年12月成立儿科系。1962年起始招收三年制硕士研究生。1981年“儿科学”被国务院首批批准为硕士学位授予点，1986年又被批准为博士学位授予点。1994年“儿科学”被江苏省政府评为省级重点学科。1999年又被国家教委授予“儿科学博士后流动站”。1999年7月，以儿科学为核心成立了第二临床医学院。

　　2007年1月，为优化整合临床教育资源，在原第二临床医学院的基础上，新组建第四临床医学院。现其构成为“六院一所”，即附属脑科医院、附属南京儿童医院、附属南京妇幼保健院、附属眼科医院、附属友谊整形外科医院、附属明基医院及儿科医学研究所。其中有三所三级甲等医院，学科力量较强，儿科学为江苏省重点学科，妇产科学、神经病学、精神病与精神卫生学、小儿心胸外科为“十一五”校级重点学科。儿科学为博士点，神经病学、精神卫生学、应用心理学、内科学、妇产科学、眼科学为硕士点。儿科医学研究所下设儿童保健、小儿肾脏病两个研究中心，儿童营养、小儿肾脏病的相关研究处于国内一流水平，为保持专业特色打下了良好基础。学院目前设置七年制儿科学、四年制眼视光学专业。

　　学院现有教研室27个，博士生导师10名，科研型硕导50名，临床型硕导80名，教授19名，副教授80名，讲师274名，在读全日制研究生164名，七年制116名，本科生174名，毕业生总数2336名，整体就业率98.8％。

　　学院由七个单位组成，有各自特征，更有共同目标，学院院训是：“业精于勤，贵在创新；大善和谐，沟通共赢。”全院师生员工以学校大局为重，以学院平台为实，积极坚持共存共荣原则，为医学教育事业和医疗卫生事业的可持续科学发展，负重前行，开拓进取，精诚团结，合作共享。