南京医科大学组织胚胎学系由组织胚胎学科组成。组织胚胎学科是1981年国务院首次批准的硕士学位授权点，现有教师7人，技术人员3人，其中教授3人，副教授1人，讲师2人，助教1人。博士生导师2人，硕士生导师1人。

　　本学科长期从事生殖医学的研究工作，重点进行人睾丸和卵巢发育和功能相关基因的研究、中药对女性生育影响的研究和干细胞的研究，1997年和其它相关科室共同成立了江苏省生殖医学重点实验室，实验室现已建立了形态学、功能基因组学和蛋白质组学研究的一系列实验手段，包括电子显微镜、激光共聚焦显微镜、免疫组化、原为杂交、基因重组、real-time PCR、二维电泳、质谱技术等。近年来承担了国家973子课题1项，国家自然科学基金课题3项，同时承担了多项部省级课题的研究工作，每年获得科研资助约100万元。近年来获得国家卫生部、国家计生委和江苏省政府科技成果二等奖一项，三等奖四项，国内外发表论文50余篇，其中Sci文章10篇。编写教材6部。

　　承担了组织学和胚胎学的教学工作，每年承担的的课程学时数约为2000学时。教学中首先注重教材建设，作为主编或副主编，编写了供7年制、5年制和3年制学生使用的组织学和胚胎学教科书共六部，同时不断改进教学手段，推广多媒体教学，现已将多媒体手段用于70%课程的教学，获得了良好的教学效果。同时在全国率先在本科生中开设了生殖医学选修课。

　　本室自1981年起就为硕士学位授予点，2003年被批准为博士研究生培养点，现有博士生导师2人，硕士生导师1人，每年招收博士生3-4名，硕士生5-6名。在完成本学科研究生培养任务的同时，还在全校研究生中开设了细胞培养、功能基因组学和生殖生物学课程。