南京医科大学病理学系为博士学位授权点，江苏省重点学科，江苏省教育厅I类优秀课程和优秀学科建设梯队，所在党支部为江苏省先进党支部。

　　病理学系前身是南京医科大学病理学教研室，1981年成为国务院学位办首批硕士学位授权点，1999年6月与病理生理学教研室、动脉硬化研究中心、法医学教研室合并成为南京医科大学病理学与病理生理学系，2003年9月成立病理学系。现在编人数为10人，其中高级职称3人（教授3人、均为博士生导师），中级职称6人（讲师4人、实验师2人），初级职称1人。江苏省青蓝工程优秀中青年骨干教师、跨世纪学术带头人和333工程第三层次培养人选各1人。近5年来，承担省部级以上课题30项，其中国家自然科学基金2项，863课题1项，获科研经费140万元，发表论文150余篇，出版专著5部，共获得省部级以上奖励9项。近五年来，病理学系累计承担学校教学工作量13 000学时以上。培养硕士生26人，博士生2人，在读研究生21人。近年来，致力于教学改革、创新，教学成果显著，累计发表教学论文30篇，获江苏省教育厅优秀教学成果奖2项，南京医科大学优秀教学成果奖5项。共有5名教师获得南京医科大学优秀教师奖教金，2名教师获得基础医学院青年教师讲课比赛一、二等奖。病理学系还积极开始对外交流与合作，近年来共选派6人次出国访问考察与进修。与香港中文大学、美国Van Andel肿瘤研究所建立了合作关系，开展科研合作，共同培养研究生，并聘请了香港中文大学吴浩强教授、黎永祥教授、刘宗石教授等为我校客座教授。每年邀请多名国内外著名专家我校讲学，开展学术交流。

　　肿瘤病理学研究：阐明了乙肝病毒、癌基因在肝癌发病中的作用。在肿瘤病理诊断，特别在软组织肿瘤病理诊断方面尤为突出，每年完成病理检验2万例，全国软组织肿瘤会诊700例左右，来自世界各国会诊80例左右，在全国有很高的知名度。

　　血吸虫病抗病免疫和抗病疫苗的研究：对血吸虫病抗病免疫机制进行了深入研究，研制成功血吸虫病抗独特型抗体疫苗，已在小鼠和山羊取得了较好的保护效果，为国内外首创。经专家鉴定，认为在血吸虫病抗病免疫和抗独特型抗体疫苗研究方面达到国际领先水平。