南京医科大学病原生物学系由病原生物学科（原寄生虫学科）组成。本学科1993年被江苏省政府首批分别确定为江苏省重点学科和江苏省医学分子生物学重点实验室（现重组更名为江苏省现代病原生物学重点实验室）（主要组成部分），1993年被江苏省教委评为江苏省高校优秀学科梯队，1994年被江苏省教委评为江苏省高校实验室先进集体，1997年江苏省省级重点学科中期评估和2000年验收评估均被评为A类学科，2001年被江苏省政府确定为新一轮江苏省省级重点学科。

　　本学科现在编16人，其中教授8人、副教授2人（博士生导师6人、硕士生导师4人）、讲师2人和助教1人，技术员3人，其中12人具有研究生学历。

　　本学科以病原生物及其相关疾病的分子免疫学以及免疫调节为主要研究方向，近5年来承担省、部级以上研究课题56项，其中国家九五攻关和863项目各1项、国家自然科学基金题8项、欧共体等合作课题2项；获科研与建设经费868万元；发表论文148篇，其中绝大部分为国内外检索系统收录；出版专著18部，其中主编、副主编8部；主办国际学术会议1次，国内学术会议2次；鉴定科研成果17项；获省、部级以上科技进步奖19项；科研成果转化项目4项，其中获中国高新技术、新产品博览会金奖2项、中国预防医学科学院成果推广奖1项。

　　本学科点在认真完成本、专科教学任务的同时，注重对硕、博士研究生的专业基础、相关学科知识及科研技能的培养。本学科点首创了研究生专业课以研究生大量阅读国内外文献与讨论、导师适当讲释的形式，增进了研究生对学科前沿研究现况的了解，提高了研究生阅读外文专业文献和分析问题、解决问题的能力。本学科点还积极鼓励研究生深入防治第一线，增加了他们对我国寄生虫病流行现场的感性认识，增强了他们的专业责任心和使命感。1994年以来，本学科点培养（包括在读）博士研究生24人和硕士研究生35人，获江苏省优秀教学成果一等奖1项、卫生部科技进步二等奖（教材奖）1项；毕业研究生绝大多数成为所在单位的主要学术骨干。本学科点有12人（次）在国内外专业期刊担任编委、副主编；18人（次）在省级以上学术团体担任领导职务；23人（次）获得省级以上荣誉称号；5人享受政府特殊津贴。

　　本学科点在日本血吸虫病易感性的分子免疫学基础、抗独特型抗体、分子诊断及基因工程疫苗的研究，肺吸虫单克隆抗体库的构建和应用，恶性疟原虫基因探针的制备和应用，蚊虫生化分型技术的建立和应用，蚊虫抗药性相关基因研究，我国人体隐孢子虫首例病例的发现及检测技术的推广和应用，C6膜检测日本血吸虫尾蚴，肠蠕虫病防治方法和对策的研究等均处国内领先地位，部分达国际先进水平。

　　在今后几年内，本学科点将进一步加强学科梯队建设和人才培养，积极开展科学研究，推动教学协调发展，巩固和发展特色和优势，拓展国内外学术交流和合作，保持学科点在全国同类学科中继续处于领先地位，以实际发展和成绩进入世界一流学科行列。