公共卫生学院是1995年12月在原预防医学系基础上建立的，它的前身可追溯到1941年5月江苏医学院成立的公共卫生学系。公共卫生学院原设有11个教研室，为培养适应21世纪经济和社会发展需要的预防医学优秀人才，学院在1999年重组了职业医学与环境卫生学系（劳动卫生与职业病学、环境卫生学、卫生毒理学和卫生学教研室）、营养与食品科学系（营养与食品卫生学、卫生化学、妇幼卫生学、儿少卫生学教研室）、流行病与卫生统计学系（流行病学、卫生统计学、社会医学）三个学科群和预防医学教学中心，2002年9月起调整设立了卫生检验学系。
　　
　　现设有江苏省应用毒理学重点实验室、江苏省高技术研究重点实验室-医药、农药、兽药安全性评价与研究中心、1个博士点（劳动卫生与环境卫生学）、6个硕士点（流行病与卫生统计学、营养与食品卫生学、劳动卫生与环境卫生学、卫生毒理学、卫生事业管理、公共卫生硕士）、4个本科专业（预防医学、营养与食品卫生学、卫生检验学、妇幼卫生学）；还设有应用毒理学研究所、营养与食品科学技术研究所、卫生分析检测中心等3个校级研究所和中心，以及南京医科大学与哈佛大学公共卫生学院生态遗传与临床流行病学合作研究中心、南京医科大学与日本蜂乃宝株式会社合作研究中心等2个中外合作研究中心。
　　
　　教学基地包括4个省市级疾病预防和控制中心（江苏省、南京市、常州市、南通市），1所附属医院（仪征化纤职工医院和预防保健中心）和1个教学实习基地（扬子石化职工医院和职业病防治所）。1995年6月，公共卫生学院成为中国预防医学科学院江苏分院的重要组成单位之一。
　　
　　现有教职工60人，其中高级职称者近50％，85%为中青年骨干教师。全院现有万元以上大型仪器设备40余台件，仪器设备总固定资产约1500万元，能满足教学和研究工作需要。
　　
　　1995年以来承担和参加国际合作科研项目、国家九五攻关科研项目、国家自然科学基金项目和部、省级科研项目等近100项，科技服务项目近500项。已在职业医学与环境卫生学、医学营养学和食品科学、药物毒理学、流行病学与卫生统计学等方面形成较好特色，并在保健食品、三药（医药、农药和兽药）的安全性评价方面为社会服务取得较好的社会效益和经济效益。