南京工业大学药学院成立于2008年12月，由南京工业大学和江苏省药物研究所联合建立。江苏省药物研究所1962年成立，为国内著名的新药研发专业机构。2006年底江苏省药物研究所划归南京工业大学。药学院结合了大学的人才培养优势和科研院所的研究开发力量，致力于建设高水平的医药学科，培养高层次、复合型的医药人才，建立产学研一体的研究开发中心，加速高新技术产业化。

　　南京工业大学药学院现有生物化工（生化药物方向）、制药工程博士点，药物化学、生物化工、微生物（生化药学）等三个硕士点，制药工程领域工程硕士授予权，已有博士研究生、硕士研究生及本科三个培养层次，药物制剂、药学两个本科专业。现有本科生500人，博士、硕士研究生近80人。
　　现有江苏省唯一的通过国家GLP认证的江苏省药物安全性评价中心、江苏省药物新制剂研究及工程化技术服务中心、江苏省实验动物质量检测站、财政部与地方共建药学实验教学与工程实训中心、国家生化工程技术研究中心（生化药物方向）、南京中美肿瘤研究中心（筹）等良好的学科及科研平台。现有化学制药研究室、天然药物研究室、生物药物研究室、药理与毒理研究室、药物分析与药物代谢研究室、药物制剂研究室、药物信息学研究室、新药发现与创制中心等。与企业共建一批药学研发中心、生产和中试研究基地，为药学人才培养提供优良的教学基地和科研基地。
　　药学院成立以后，在国内外招聘了一批年轻的博士和学术带头人，与南京工业大学原有的师资力量组成了基本教师队伍。江苏省药物研究所选派了优秀科技人员担任学院的兼职教授。现有教育部跨世纪人才1名，博士生导师5人，教授21人，副教授25人等。
　　学院具有较强的科研能力，近年来，学院承担了包括国家973项目、国家863项目、国家支撑计划项目、国家自然科学基金项目等国家级重要科研项目20余项，省部级项目20余项，以及一大批企业委托科研项目。获国家科技发明奖1项，省部级科技进步奖多项。自1986年以来，共获得国家新药证书140多份，成功研发我国药典上第一个缓释制剂，成功地研发了国内仅有的两个脂质体类上市品种（注射两性霉素B、注射紫杉醇），其中注射紫杉醇脂质体为国际上首个上市的品种。
　　在对学生的教育管理过程中，学院秉持以学生为本的理念，以学风建设为主线，全面推进科学素质、人文素质、技术素质的教育。我院培养的学生以良好的职业道德、扎实的专业功底、全面的综合素质，深受用人单位的欢迎。