管理科学与工程学院是由原南京建筑工程学院工程管理专业、房地产经营管理专业工业工程专业与原南京化工大学信息管理和信息系统专业、工程管理专业于2002年3月合并组建而成，是南京工业大学组建后新成立的第一批学院之一。管理科学与工程学科是我校四大学科群之一的经济管理学科群中的骨干学科和特色学科，该学科紧密结合和依托南京工业大学的工科学科优势和工程专业学科优势，是学科交叉、融合、创新的重要生长点和发展区，既是在工大条件和环境下拉动、促进、支撑其他经济管理学科的骨干学科、先导学科，又是与建筑工程管理、建设投资经济、房地产开发与经营、电子商务、物流管理、计算机在管理中的应用、社会经济系统工程等方面密切联系，有成果有特色有亮点的学科。
　　
　　管理科学与工程学院的总体办学思路为：牢记“明德厚学，沉毅笃行”的办学校训；发扬“奋发进取，忠诚精实”的办学精神，坚持“立足江苏，面向经济”的办学方向，打造“积极上进，潜力巨大”的师资队伍，培养“素质综合，能干实干”的高级专业人才，建设“数字化、高效能、集约式、教研型”的管理学院。管理科学与工程学院成立初期是以本科教学为主的教学型学院，以重应用、重质量、重管理为教学培养特色，培养了11届本科专业毕业生，以适应能力强、工作上手快、勤奋踏实而受到用人单位的好评。《管理科学与工程学院“十五”发展规划纲要》提出到2005年底努力形成1个博士点（管理科学与工程）、管理科学与工程硕士点下的2个在省内领先、国内有一定影响的特色研究方向（管理工程、工程管理）和3个特色或品牌本科专业（工程管理、信息管理与信息系统、工业工程）（简称“123工程”）。为此我院提出了“重点突出，整体推进；发挥优势，加强特色；教学与科研并重，以科研带动学科发展”的学科建设发展思路，提出了要实现“123”工程学院必须从教学型向教学研究型转变。学院重视加强学科建设责任制，明确院党政领导，学科、学术带头人、骨干教师和系、研究所、中心负责人在学科建设中的目标、任务、权限和责任，大力加强硕士点建设和研究生教育工作，把研究生培养工作作为学科建设的重要手段之一。建院3年来，管理科学与工程学院结合我国国情，紧密结合和依托南京工业大学的工科学科优势和工程专业学科优势，依据学院自身条件，明确学院的战略定位，确定学院的发展目标，对学院专业建设提出了既现实可行又兼顾未来发展的目标，科学规划，突出教学，深化实践环节，在探索培养社会急需的掌握管理前沿知识、德智体全面发展的高级工程技术应用管理人才方面取得了较大的成绩。随着学院学科建设的不断推进，科研工作不断发展，学院已进入向教学研究型学院过渡的阶段，“十五”末、“十一五”初将建设成教学研究型学院。
　　
　　管理科学与工程学院现有教职工48人，教授4人，副教授18人，博士、在读博士12人。现有在校本科生1255人（不含浦江学院一、二年级），硕士研究生60人。
　　
　　学院现有“管理科学与管理工程”一个硕士点，有“项目管理”、“工业工程”、“物流管理”等三个工程硕士点，有“工程管理”、“信息管理与信息系统”、“工业工程”、“电子商务”四个本科专业（“工程管理”专业下设工程管理和房地产开发经营两个方向，“信息管理与信息系统”专业下设电子商务和管理信息系统两个方向，“工业工程”专业下设物流管理和生产与运作管理二个方向），其中“工程管理”专业通过建设部专业评估，被江苏省遴选为特色专业。同时学院是国家、江苏省监理工程师岗位培训、监理工程师执业资格考试、造价工程师执业资格考试、房地产经纪人资格考试、房地产估价师资格考试等定点培训单位，为国家培养了大批工程管理中、高级管理人才。
　　
　　学院下设“工程管理系”、“房地产经营管理系”、“电子商务系”、“工业工程系”、“管理科学系”和“管理与社会科学实验中心”等教学机构，并设有“南京工业大学天诚不动产研究所”、“建筑工程与房地产经济研究所”、“管理信息系统研究所”、“江苏建华工程造价咨询公司”等研究机构。