南京体育学院运动系始建于1994年，自成立以来，经过不断探索、不断创新、锐意进取，在教学、训练、科研、学生管理工作等方面形成了严格规范的办学模式，已为国家培养出2千余名合格毕业生，他们分布于全省乃至全国各行各业之中，为我国体育事业的发展做出了贡献。本系的培养目标是：为国家培养各级教练员、院校体育师资人员、体育行政管理人员，竞赛组织者、科研人员和其他体育工作者。

　　运动系于2010年重新组建，设有运动训练专业。该专业是我省最早开设并以立足本省面向全国单独提前招生的专业。现运动系专业生源充足，人文环境优良、教学设施一流、教师专业水平高，开设运动项目齐全，包括：球类、田径、水上、击剑、跆拳道等14个运动项目。通过十余年的建设，运动系在校学生人数达800余人。
　　
　　目前运动系下设办公室和三个教研室；即运动系办公室、大球技能教研室（篮球、排球、足球）、小球技能教研室（羽毛球、网球、乒乓球、壁球、棒垒球、橄榄球、高尔夫球、击剑）和体能训练教研室（田径、游泳、体能训练、跆拳道）。在编教职工35人，其中拥有高级职称教师14名，硕士生导师4名，有国际和国家级裁判9人，2位学科带头人均为一线教师，并有多人获得国家级或省级优秀体育工作者和优秀体育教师荣誉称号，已形成结构较为合理，教学力量较为雄厚的师资队伍。
　　
　　10多年来，在省教育厅、体育局和社会各界的大力支持帮助下，运动系在专业建设、课程建设、学生培养等方面积累了丰富的经验，具有了鲜明的特色，取得了较为丰硕的成果。运动训练专业于2005年被省教育厅批准为省级特色专业；2008年获得国家级特色专业建设点；同年还获得省级品牌专业建设点。运动系所承担的足球、篮球等课程分别被评为省级精品课程，球类课程被评为“省级优秀课程群”。多项教学成果获得省级优秀教学成果奖。
　　
　　运动系在发展过程中，重视人才培养质量，注重学生实践能力的培养，加强学生素质教育，严格教学管理，充分利用我院教学、训练和科研的优势，开展高水平运动训练。培养的学生专业理论基础扎实、专项技能突出、实践经验丰富、综合素质全面。历年来保持较高就业率和良好的社会声誉。