建国后历届所长有: 黄秉维、 任美锷、 周立山、 屠清瑛、 虞孝感、 秦伯强。 其中中国科学院院士黄秉维、任美锷、周立三都曾先后担任所长。
现任领导：杨桂山（所长）
个 人概况： 1965 年 8 月生，江苏兴化人，博士，研究员。
简历：
1987 年毕业于南京大学地理系（现城市与资源学系），获理学学士学位，同年进入中国科学院南京地理与湖泊研究所工作，于 1993 年和 1997 年在职获得理学硕士和理学博士学位。主要从事资源利用与环境效应、海岸环境变化与区域响应以及流域综合管理等研究。现任中国科学院南京地理与湖泊研究所所长，兼任中国自然资源学会资源持续利用与减灾专业委员会副主任、中国地理学会自然地理专业委员会委员、江苏省地理学会副理事长。为《自然灾害学报》、《湖泊科学》、《长江流域资源与环境》等学术期刊编委。曾先后荣获中国科学院自然科学一等奖、三等奖、科技进步二等奖、全国首届优秀博士论文奖、第四届全国青年地理科技奖等， 2002 年被确定为江苏省“ 333 新世纪科学技术带头人培养工程”第二层次培养对象。以第一作者公开发表论文 50 余篇，出版专著 3 部。

中国科学院南京地理与湖泊研究所的前身为中国地理研究所，于 1940 年 8 月在重庆北碚建立，是中国地理学的摇篮。 1988 年 1 月改名为中国科学院南京地理与湖泊研究所。
本所是全国唯一以湖泊——流域系统为研究对象的国立综合研究机构，具有湖泊与环境国家重点实验室、湖泊生态与环境工程研究中心、区域发展与规划研究中心、湖泊野外观测与数据中心（含太湖湖泊生态系统国家野外观测研究站、鄱阳湖湖泊湿地综合研究站、抚仙湖高原深水湖泊研究站和中国湖泊－流域数据中心）“一室三中心”的创新研究平台，主导着中国湖泊科学的发展方向，并在长江中下游和东南沿海资源环境与区域发展研究方面拥有无可比拟的综合优势和特色，在国际上具有重要影响。
本所主要业务是瞄准国家在湖泊—流域社会经济发展与生态环境建设方面的强大需求，以湖泊—流域系统为研究核心，在湖泊资源与环境、湖泊—流域相互作用以及流域发展与管理三大领域开展基础性、战略性和前瞻性研究。经过六十余年的发展，积累了丰富的研究成果和经验，形成了一个既有坚实理论基础、又能攻克学术难关的人才群体。迄今已有 200 余项成果获国家、部、省级奖励，其中获国家自然科学二等奖一项，国家科技进步一等奖 2 项、二等奖 7 项、三等奖 5 项。
目前本所承担了有关研究领域的国家支撑计划项目、“ 973 ” 计划项目、“ 863 ” 专项、国家水重大专项项目以及中国科学院重大、重点项目等共 80 余项。
本所现有职工 171 名，其中研究员 40 名（含中国科学院院士 1 名），副研究员和高级工程师 80 多名，博士生导师 34 名，硕士生导师 20 多名。拥有地理学博士后流动站，自然地理学、人文地理学和环境科学博士学位授予点，以及自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统和环境科学硕士学位授予点，是培养湖泊学、区域地理学和环境科学高层次人才的重点单位之一。
在办学条件方面， 作为一个有着 60 多年发展历史的国家级研究所，本所在办公条件，科研仪器设备，野外观测手段，图书情报资料，生活后勤等方面均形成了较强的保障体系，在科研经费上也具备了强大的实力；在生活上享有高额助学金和创新研究津贴。 2010 年计划招生自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统和环境科学硕士研究生共计约 26 名（含推免生约 9 名）。报名和考试时间与国家教育部同步，报名在全国各报名点，考试在各报名点规定的考场。欢迎有志于从事湖泊学、区域地理学和环境科学研究的优秀青年报考本所研究生并真诚期待着您的到来！

欢迎访问本所网站： http://www.niglas.ac.cn
电 子信箱咨询 :wwgu@niglas.ac.cn

本所地处南京市中心，背靠湖光山色、风景幽美的玄武湖公园，东接雄伟壮观的九华山，西临南京市人民政府，周围高校众多，具有极好的人文和自然环境，是从事学习和科研的良好去处。

所内环境优美，花木成荫，湖水粼粼，与整洁的现代化办公与科研楼连成一体，在此情此景下学习与工作，心身可以得到最大的放松，科研的想象力和创造力可以得到最大的发挥。

本所周边交通可以说是四通八达，仅公交车在本所门口设车站（北京东路站）的就有 8辆之多，距离南京火车站仅4.8公里，距市中心繁华商业区仅约2公里。