南通大学医学院是南通大学规模最大的二级学院，渊源于1912年3月清末状元张謇及其兄张詧创办的私立南通医学专门学校，是我国最早创办的高等医学院校之一，至今已有百年的办学历史。1927年南通医学专门学校改为私立南通医科大学，1928年南通的农、纺、医三所大学合并为私立南通大学，继而成为南通大学医科。1930年11月私立南通大学改为南通学院。1937年抗日战争爆发后，南通学院被迫停课，医科于当年秋迁至扬州组建重伤医院。后辗转迁至湖南沅陵，并于1938年8月与江苏省立医政学院合并建成国立江苏医学院。1946年，南通学院院本部迁返南通，同时恢复医科。1952年全国高等学校院系调整，南通学院医科改建为公立医学院，定名苏北医学院，1956年改名南通医学院。1957年南通医学院迁往苏州，改名苏州医学院，同时，留在南通的部分成立苏州医学院南通分部，1958年南通分部恢复原校名南通医学院，归属江苏省管理。1978年9月，改为交通部和江苏省双重领导，以交通部领导为主。2000年2月起，南通医学院由隶属交通部划转江苏省人民政府管理，实行中央与地方共建，以地方为主的管理体制。

　　2004年原南通医学院、南通工学院、南通师范学院组建南通大学，原南通医学院分设为南通大学基础医学院、临床医学院等院系，2006年9月，原南通大学基础医学院和临床医学院合并组建南通大学医学院。回顾近百年的办学历史，南通大学医学院续衍着悠久而厚重的文化底蕴，秉承着“祈通中西，以宏慈善”的人文精神，谱写着光辉而艳丽的育人篇章。

　　学院现有21个系室，其中临床医学系、影像医学系下设18个教研室；有基础医学实验教学中心，下设5个实验教学实验室；临床医学实验教学中心，下设3个实验教学实验室；学院设有1个基础医学研究中心及13个校级或院级研究所和研究室。

　　学院现有国家重点学科培育点1个、省级重点学科4个、江苏省高校重点建设学科1个，基础医学一级学科是江苏省高校优势学科。学院有省级“十大临床医学中心”1个、省级医学重点学科2个、省级医学重点建设学科2个、江苏省临床医学重点专科12个、江苏省优秀学科梯队2个、江苏省优秀科技创新团队1个。学院现有省一级学科博士学位授权建设点2个，人体解剖学与组织胚胎学已依托苏州大学联合培养博士，有一级学科硕士学位授权点4个、二级学科硕士学位授权点31个。

　　近五年来，我院承担国家级科研项目56项，部省级科研项目61项，市级课题206项；获省级奖项13项，市级奖项206项。学院以第一作者单位发表SCI论文300余篇。学院协办《中华医学教育杂志》，是《中国高等医学教育》的会员单位。

　　学院重视对外交流与合作，已与美国、日本、德国、澳大利亚、印度、巴基斯坦等国家的医学教育、医疗卫生和科研机构建立了双边合作、学术交流关系，聘请了一批知名专家、学者担任学院名誉教授、客座教授。同时，学院也先后派出了百余名教师出国交流访问、留学进修。

　　学院有一支教学经验丰富、医疗技术精湛、学术水平较高的师资队伍。现有学院编制教职员工363人，专任教师264人；参与各类教学的正高职183人，副高职429人，另外还有一大批兼职教师；博士生导师17人，硕士生导师258人。学院教学条件优越，教学科研仪器设备精良，能满足基础医学与临床医学各专业的教学科研工作需要。现有供各专业临床教学和毕业实习的附属医院20所，教学实习医院55所。学院努力创建高品质教学质量工程，在国家级、省级的教学团队、教学成果奖、精品课程、精品教材、实验教学示范中心建设等方面取得显著成绩。

　　学院现有临床医学、口腔医学、医学影像学、医学信息学、康复治疗学、药学等6个本科专业。临床医学专业为国家级特色专业建设点、江苏省品牌专业，医学影像学专业为江苏省特色专业。

　　目前我院全日制在校生3876人，其中博士生23人、硕士生研究生712人、留学生186人、全日制本专科生2955人。在长期的办学实践中，秉承张謇先生“祈通中西，以宏慈善”的教育思想，强调对学生的基础理论和创新能力的培养教育，注重人文知识教育，拓宽学生的知识面，大力加强学生的实践教育，培养学生的动手能力。学院的毕业生素以基础扎实、实践能力强、勤奋实干而著称。毕业生遍及全国各省市，为我国的医疗卫生事业作出了贡献，受到了社会的肯定和广泛的赞誉，他们中的一大批人已成为医疗、科研、教学和管理的中坚。