电子信息学院现有电子信息工程、通信工程、电子信息科学与技术、电子科学与技术、集成电路设计与集成系统、生物医学工程6个本科专业，其中电子信息工程专业为江苏省特色专业建设点和学校品牌专业。学院现有信息与通信工程、电子科学与技术2个一级学科，其中，通信与信息系统二级学科2005年获得硕士学位授予点和江苏省优秀学科梯队称号，2006年被遴选为“十一五期间”江苏省重点学科，信息与通信工程学科2009年被遴选为博士授权建设学科。学院建有南通大学信息科学技术研究中心和南通市电子信息技术公共服务平台。学院设有通信工程系、信息工程系、电子工程系和生物电子学系4个系、学院实验中心、南通大学EDA实验中心和南通大学信息与通信工程实验中心，共有教职员工79人，其中专任教师68人，教授10名，副教授17名，博士25人，硕士40人（其中博士在读11人），专任教师的高职比为39.7%，具有博士、硕士学位的人数占专任教师总数的96%。学院现有全日制本科51个班级，共有学生1432人，硕士生106人。