土壤环境与污染修复重点实验室是于2007年2月以中国科学院南京土壤研究所土壤与环境生物修复研究中心为基础成立的。该重点实验室的研究与发展目标是综合地运用地学、化学、生命科学、环境科学与工程、信息科学等多学科的先进理论、方法和技术，主要针对在社会经济发展过程中出现的重大土壤环境污染问题和国家迫切需要的土壤环境污染监测和修复技术，围绕土壤环境监测与安全、土壤环境过程与健康、土壤环境修复与管理等三大研究领域，以环境污染物质为主要研究对象，多尺度地重点研究土壤内部、界面与相邻环境介质的物质功能、过程预测、监测评价、污染修复和风险管理等内容，旨在建立现代土壤环境学和土壤修复学基础理论、方法和技术体系，为改善土壤环境质量，确保农产品安全，保障生态系统和人体健康以及区域社会经济持续发展提供决策依据和关键技术；建立国际一流的土壤环境科学和土壤修复技术研究中心和高级人才培养基地，在国际土壤环境与污染修复科技研究中发挥引领与示范作用。