浅水湖泊综合治理与资源开发教育部重点实验室于2003年12月获教育部批准以河海大学为依托单位，实验室学科分类为地学，学科领域为湖泊学。实验室以河海大学环境科学与工程实验中心、水利部生态水环境中心、陆地-水域交接带仿真实验室及水环境综合治理技术应用基础研究实验室为基础、以国家重点学科“水文学及水资源”、水利部重点建设学科“水力学及河流动力学”、江苏省重点建设学科“环境科学与工程”及环境科学与工程学科博士后流动站为依托，是集全校优势力量和资源组建为以应用基础理论研究和高新技术开发为特色的实验室。