东北地理所大豆分子育种学科组利用IlluminaSoySNP8k iSelectBeadChip(中等密度芯片)对来自中国、日本、美国、加拿大和其他国家的235份大豆资源进行基因型分型，获得了4471个多态性SNP分子标记，揭示了一个相对复杂的群体结构并将该群体分为7个亚群体，与品种的地理起源相对应。通过GWAS分析，共鉴定了30个与生育期相关的QTNs（Quantitative trait nucleotides）位点，16个种子蛋白及油分含量相关的QTNs位点。其中大部分QTNs与SoyBase (soybase.org)中报道的已知相关性状的QTL一致，证明了在遗传研究及分子育种中，中等密度SNP芯片在基因分型上的重要作用，有助于有关生育期及种子蛋白和油分含量QTL鉴定及基因克隆,对农业生产具有重要的指导意义。
图 1 235份大豆品种或个体遗传多样性及群体结构
(a) K=7 235份大豆品种的群体结构
(b) ΔK，群组数估算值
(c) 临近似然法构建的群体遗传进化树
(d) 大豆基因组LD衰变率
图2.种脐颜色，种皮颜色，开花时间（R1）,种子蛋白含量，油分含量的GWAS分析图。
本研究成果于2018年5月在Frontiers in plant science期刊在线发表，东北地理所博士生王亚英与李玉秋为论文的共同第一作者，夏正俊研究员为论文通讯作者，相关工作得到了国家重点研发项目、中国科学院战略性先导科技专项和国家自然科学基金的资助。
论文信息：
Yaying Wang#, Yuqiu Li#, Hongyan Wu, Bo Hu, Jiajia Zheng, Hong Zhai, Shixiang Lv, Xinlei Liu, Xin Chen, Hongmei Qiu, JIayin Yang, Chunmei Zong, Dezhi Han, Zixiang Wen, Dechun Wang, Zhengjun Xia* (2018) Genotyping of soybean cultivars with medium-density array reveals the population structure and QTNs underlying maturity and seed traits. Frontiers in Plant Science, 9, 610.
论文链接：
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2018.00610/full
