吉林大学药学院前身为原白求恩医科大学药学院，始创于1998年，是应社会对药学专业人才的大量需求，由著名天然药物化学家徐景达教授等一批著名的科学家和教育学家积极倡导并参与创办的，同年开始招收药学专业本科生。原白求恩医科大学开办了国际领先的热门专业生物工程（再生医学）本科专业。2000年6月12日五校合并后，生物工程（再生医学）本科专业划归药学院，2001年5月更名为吉林大学药学院。
　　学院现有三个系：药学系、生物药学系、再生医学系。十二个教研室，三个本科教学实验中心。
　　设有两个专业：药学和生物工程学。
　　药学专业包括六个学科：药物化学（天然药物化学）、药剂学、药物分析学、药理学、生药学和微生物与生化药学。
　　生物医学工程专业包括五个专业方向：再生医学、组织工程学、细胞工程学、蛋白质工程学、基因工程学、生物医用材料学。
　　学院共有五个博士学位授权点（药理学、微生物与生化药学、生物化学与分子生物学、病理学与病理生理学、医学生物工程学）；七个硕士学位授权点（药理学、药物化学、药物分析学、微生物与生化药学、生物化学与分子生物学、病理学与病理生理学、医学生物工程学）；二个博士后流动站（基础医学、生物学）。设有二个吉林省重点学科：药学和生物医学工程学。
　　学院现有十一个重点实验室：吉林省卫生厅再生医学重点实验室（主任：颜炜群教授）；吉林省卫生厅药物研发重点实验室（副主任：杨晓虹教授）；吉林省中医局中药药理重点研究室（主任：睢大筼教授）；吉林省中医药科技二级实验室—中药药理实验室（主任：睢大筼教授）；吉林省中医药科技二级实验室—中药药剂实验室（主任：金向群教授）；吉林省中医药科技二级实验室—生物工程实验室（主任：颜炜群教授）。国家中医药科技三级实验室—中药化学实验室（主任：杨晓虹教授）；国家中医药科技三级实验室—生物工程实验室（主任：颜炜群教授）；国家中医药科技三级实验室—中药药理实验室（主任：睢大筼教授）；国家中医药科技三级实验室—中药药代实验室（主任：顾景凯教授）；吉林省肿瘤疫苗工程研究中心（主任：王毅教授）。
　　药学院现有教职工124人，其中教授28人（含2名流动编）、副教授25人，讲师30人，助教2人，高级实验师5人，高级工程师5人，工程师1人，实验师12人，助理工程师3人，技术员1人，技师1人，工人2人，管理干部11人。博士生指导教师20人，硕士生指导教师45人。药学院培养人才的层次较多，有大学本科生、硕士研究生、博士研究生、成人教育本科生及专科生等，同时招收在职攻读学位各类研究生，包括以研究生毕业同等学力在职申请硕士学位、生物工程专业学位研究生、制药工程专业学位研究生、高校教师培训计划等。
　　截止2009年在校研究生190人，本科生468人，成人教育本科生33人。
　　学院拥有一批优秀的学科带头人和科研骨干，他们在各自学科领域中都取得了可喜的成果。建院以来完成国家科技攻关、国家“863”项目、国家自然科学基金重点及面上项目、高等院校博士点专项科研基金项目以及省级科研项目等共计50余项，其它横向联合项目60余项。获得省部级科技奖励的科研成果共20余项。发表学术论文1180篇，其中核心期刊1025篇，SCI、EI共收录文章50余篇。现承担国家科技攻关项目1项，国家自然科学基金13项，省科技厅项目34项。
　　药学科学是一门综合性科学，它与生命科学、医学、环境科学及化学有着密切的联系，药学的发展史是人类文明史的一个重要组成部分，药学的发展将会给人类提供更多防病、治病的新药，也将为生命科学等学科发展提供新的概念、理论、方法和技术。吉林大学药学院是一所以药学及生物工程（再生医学）为特色，理、医、工等多学科协调发展，传统研究与现代研究并举的研究型学院。学院设备先进，环境优越、学术氛围浓厚，学风严谨，已经培育出一批又一批的高层次人才。如今，药学院全体教职员工同心同德，励精图治，正以勃发的生机，阔步前进，为早日跻身于世界一流的药学学科而不懈奋斗。