研究表明，核酸（nucleic acids, 包括DNA 和RNA）不仅是储存和传递遗传信息的载体，而且参与和调控细胞内多种生命活动。功能核酸如核酸开关(riboswitch)、核糖酶(ribozyme）和非编码核糖核酸(ncRNA)等越来越被认为是潜在的药物分子靶点。在筛选和设计一个新药时，预期的效果是新药能有效地与靶核酸特异性结合，同时又尽量少地与其它核酸或其它生物分子(如蛋白)发生作用，从而避免副作用的产生。如何量化核酸与小分子识别特异性是当前研究的难点。
汪劲和晏致强通过漏斗能量地貌（funnel-like energy landscape）理论, 提出了特异性理论计算方法，该方法能有效地区分特异性复合物结构与非特异性结构。针对核酸与小分子识别体系，在特异性量化的基础上开发了一套全新的核酸-小分子相互作用打分函数SPA-LN，改进了传统的核酸-小分子相互作用打分函数开发方法；并显著提高了核酸与小分子相互作用预测准确性。SPA-LN可广泛应用于以核酸为靶点的分子对接和药物分子设计与筛选。
上述工作得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金等项目的资助。
（电分析化学国家重点实验室）
图A为核酸结构与小分子（红色）形成的天然构象，三维长方体表示小分子在核酸表面可能的搜索空间。图B为多个对接构象的能量谱与能量分布图，包括天然构象的能量（红色），以及漏斗能量地貌拓扑结构的特征量（能量差与能量涨落）。
