食品科学与工程学院源于1986年创办的农畜产品贮藏与加工专业，前身是食品科学系，食品科学系是在原畜牧兽医学院农畜产品贮藏与加工专业和原工程技术学院农副产品加工专业的基础上于1994年6月组建而成的。新成立的食品科学系设置了农产品贮运与加工、食品科技与贸易两个本专科专业。1995年农产品贮运与加工调整为食品科学与工程专业。2003年获批农产品加工及贮藏工程硕士点，2004年新增轻化工程、食品质量与安全两个本科专业。2006年5月经批准，成立食品科学与工程学院。