食品科学系源于1986年创办的农畜产品加工专业，1994年成立食品科学系。现设有食品科学与工程、食品质量与安全、轻化工程三个本科专业和农产品加工及贮藏工程硕士点。食品科学与工程本科专业1996年列为校级重点建设学科，2002年评为江西省品牌专业。

　　食品科学系拥有较为雄厚的师资力量和完善的教学、科研条件，现有教职工27人，其中教授3人、副教授8人、讲师5人、高级实验师2人、实验师2人；博士和正在攻读博士学位的6人，具有硕士学位的5人；江西省学科带头人1人，省中青年骨干教师2人，聘请校外专家学者担任兼职教授3人。食品科学系拥有实验室3000平方米，教学仪器设备价值253万元，校内实习基地——南昌三康食品厂拥有固定资产90万元。

　　食品科学系已为国家培养食品工程技术人才581人。毕业生具有扎实的理论基础和较强的实践能力，大多数已成为食品行业的技术和经营管理骨干，许多毕业生被推荐为免试硕士研究生、考取浙江大学、华南理工大学、华东理工大学、中国食品发酵工业研究院、南昌大学、华南农业大学等院校硕士研究生，其中又有多人硕士毕业后继续在国内外攻读博士学位。

　　食品科学系为国家培养人才的同时，还致力于科学研究和科技开发，获得国家、省级课题30余项，完成省级科研课题13项，横向科技服务项目几十项。目前全系教师承担国家科技部星火计划项目1项，省级课题21项，教学研究项目10余项。在国内外刊物上发表论文125篇，主编或参编教材和著作10余部。